在暑假已過去一半的8月16日。長良一行人，36名學生不知為何被關在了虛擬空間的校園裡。他們沒有一人知道回去的方法，卻在漂流的 同時發現了各自不可思議的能力，並用此能力嬉笑玩鬧。看著這種失衡場面，無法忍受此狀況的學生會成員明星和隊長他們，為了恢復學校長久以來定下來的秩序，頒佈了幾項規則，並要求學生們必須好好遵守。對此規則表示抗議的朝風和希兩人被施以了嚴厲的懲罰，雖然的確是讓校內秩序恢復了，但是……。

距漂流已快過去一個月。蔚藍澄澈的天空下，在四周環海的島嶼上，長島一行人在努力尋找辦法想要回到原來的世界。可是，目前身處的情況是，並不用擔心糧食問題，想要什麼東西都能通過使用瑞穗的能力弄到手。因此眾學生之間開始飄蕩著一股不知從哪來的悠哉氣氛，正在此時，突然接二連三發生一系列起因不明的火災案件。這令眾學生一下子從悠閒度日的緩和氣氛中甦醒了過來。到底縱火之人是誰。大家開始尋找作案犯人……。

靈活運用各自的能力，找尋新世界的長良和希、朝風一行人。案件發生在其中一名學生村山身上，他被發現時不知為何全身滿是漆黑並且被凍住了。而且除了他之外，似乎還有其他下落不明的學生……。受此事件影響，學生會長波妮覺得需要探究事情的真相，便拜託瑞穗調查此事端倪，瑞穗指名長良做自己的行動助手。在這次調查中，瞭解到瑞穗在漂流前就發現了自己的能力。與此同時，希從明星那裡聽說了只有他才能聽見的「聲音」。

為回到原來的世界，嘗試了各種辦法。通過使用長良的能力，接二連三地探索新世界的希、朝風、拉吉塔尼和瑞穗5人。另一方面，聚集 在施工中的避難所的學生們，從突然出現的亞希老師那得知了震驚的消息。「你們這群人再也無法回到原來的世界。「亞希老師直言在漂流前就有學生使用了能力，並且此次漂流就是使用了那人所擁有的能力造成的不良後果。聽了此話的學生們理所當然地將懷疑的目標鎖定到了長良身上。

亞希老師帶領著學生們尋找消失了的長良已有兩個月。與此同時，長良和拉吉塔尼到達了外觀像電影院的名叫「膠捲製作人」的世界。觀摩著電影院播放著的電影，兩人在這些畫面中尋找線索，看著看著拉吉塔尼突然意識到，在那兒上映的電影其實都是以長良的視角為中心的影片。長良他們把這些膠捲拿了回來，展開調查途中，瑞穗帶回了一隻流浪狗。這只名叫山彥的狗，和長良他們一樣是漂流者，並且還是同一所中學的學長。

了解到世界真相的長良一行人，由亞希老師帶領的朝風他們，以及託付給方舟命運的明星這組，這批人都各自分開著手準備接下來的旅途。與此同時，留在校園的長良在小山包上走著走著，忽然映入眼簾的是一個單杠。受好奇心驅使的長良嘗試挑戰了一下單杠翻轉上杠，一瞬間竟然刷的一下跳躍到了上下整個顛倒的另一世界裡。與一位名叫兩顆星的少年相遇，就這樣順勢在一直向下延伸的一座叫「巴別塔」的施工現場展開勞作……。

留下了希一人，踏上荒野旅途的長良和瑞穗、山彥。圍在火堆旁把手上的東西都進食完畢的瑞穗面向山彥，開始詢問起他變成狗的緣由。於是山彥一開口最初講述的是他在5000年前，還是人類時的故事。離開自己的同班同學們，隻身一人繼續踏上旅途的山彥，旅行途中進入了一個叫「慶典之村」的世界。在那裡與一位名叫小玉的少女相遇，並逐漸開始對其抱有好感。但是屬於他的幸福時光卻並不那麼長久。

到處都是廣闊的冰原，這裡是白雪覆蓋的世界。在此處，莊和誠司這兩個雙胞胎兄弟已經爭吵了數千年。亞希老師說：「想要改變這個世界就需要借助莊和誠司擁有的「倒轉」能力——這是為將所有東西恢復到原有的狀態，或是將整個世界重置所不可或缺的能力。「想要改變就必須依靠他們雙胞胎兄弟的「倒轉」能力。長良一行人被捲入了那對兄弟之間的爭吵中，並幫助了遇到困難的學生們。此時，山彥向瑞穗樣的三隻貓中的一隻叫「櫻花」…

曾經歸屬於亞希老師帶領的隊伍的其中一名成員骨折，出現在人山人海且人群擁擠的一個名叫「最偏遠的車站」的世界裡。骨折能用「獨白」能力，聽取在她身邊一個個路過的人們心中所想之事。她回想起了自己與暗戀物件朝風度過的日子，那些生活上的點點滴滴依稀在眼前掠過。即使她知道朝風是對希抱有好意，但自己卻沒對此採取任何行動去爭取自身所愛……。另一邊，與此同時，在盡頭島的長良一行人，為瞭解3隻貓各自的具體能力從而…

從骨折那收到的信上，長良和瑞穗得知希已經「死亡」。他們將裝有回憶的東西一個個放入箱子，將她的照片鑲入了相框後，兩人靜靜地送走了希……。正在這時，改頭換面了的拉吉塔尼突然出現在了眼前。得到拉吉塔尼的幫助，長良的發射場地建設有了些許進展。面對無法忘記希的長良，拉吉塔尼跟他講起了一個關於發明「死亡」這個東西的男人的故事。

天空淅淅瀝瀝地下著陰鬱的雨，心情也跟著逐漸低落。就讀於工業高中2年級的長良，出席了第2學期的開學典禮。他看著仿佛什麼都沒發生過的周圍人的面孔，不知為何怎麼努力也抑制不住內心的厭惡。他兜兜轉轉回到了中學時期的母校，碰巧與瑞穗再度相見，看著對方那熟悉的面容，可她的眼神和舉動卻無不透露出冷漠。這讓長良不得不想，那次漂流，是真實發生的事嗎……。獨自回到了漆黑的房間，他盯著正在不停轉動著的指南針，長良…