ウェニアス王国王立魔法学校の劣等生セービル。入学以前の記憶を失っている彼はどこか空虚な学校生活を送っていた。そんなある日、学長のアルバスから呼び出され、“魔女狩りのある地域で、魔法の有用性を広める”という特別実習への参加を命じられるセービル。自身の目的を果たすため実習先まで“引率の先生”を引き受けた黎明の魔女ロー・クリスタスと共に旅立つが……。

ロスや秀才少女ホルトと共に実習先へと旅立ったセービルだったが、未だに魔女を快く思わない存在が彼らをつけ狙っていた。一方、セービルたちとは別に実習先を目指す“獣堕ち”のクドーは魔女狩りのための戦闘集団＜デア・イグニス＞の裁定官に襲撃され窮地に陥る。生徒を危険な目にあわせまいと、1人で救出に向かうロス。しかし、クドーの悲鳴を聞いたセービルとホルトはいてもたってもいられず……？

＜デア・イグニス＞を退けたセービルたちは旅の仲間にクドーを加えて再び実習先を目指すことに。道中、ロスから様々なことを学び、身につけていくセービル、ホルト、クドー。お互いに過去や素性も明かし、皆の間には少しずつ絆が芽生えていく。さらに旅を続ける一同は大きな町に到着。町にある大浴場で旅の汗を流すことにしたセービルとクドーの前に思いもよらない人物が現れて……！？

猛獣のような見た目の“獣堕ち”に追われる少年ライオスを助け、実習先の村に辿り着いたセービルたち。村はずれの教会で出会ったのは、両目を眼帯で覆った神父だった。神父の話によると、実習生の監督官となる魔女は既におらず、村は2年前から別の魔女に支配されていると言う。神父に引き返すように言われ、実習を諦めそうになる生徒たちだが、ロスは神父が魔女の手下であることを疑って……。

攫われたホルトを救出するため、洞窟に突入したセービルとロス。そこで2人を待っていたのはセービルの記憶に微かに残る泥闇の魔女だった。彼女は「君は特別な存在だ」と恐ろしいほどセービルへの執着をみせ、村を奪ったのも彼のためだと告げる。自分のために大切な仲間を傷つけられたと知り怒りを露わにするセービル。ロスと共に立ち向かうが、その場で特別実習に仕組まれたさらなる真実が明らかになり……！？

実習先で試験に見事合格したセービル、ホルト、クドー。泥闇の魔女ことゼロの指導の下、改めて特別実習をスタートさせる。新たな課題は魔法を使った仕事で村に貢献すること。ホルトは便利屋を開業し、クドーは診療所で働く一方、魔力を供給する仕事を始めたセービルだったが、店に引き籠りがちになってしまう。その状況を心配したロスは、用事を頼みなんとかセービルを外出させるが……。

魔法を仲間に当ててしまったホルトと、魔力切れで倒れてしまったクドー。落ち込む2人はさらなる成長のためゼロに相談しに向かう。しかし、あくまで魔力屋として振るまうセービルは、ゼロに「魔法使いを目指す気がないなら、君がこの村で学ぶことは何もない」と厳しい言葉をかけられてしまう。自分の進むべき道について思い悩むセービルだったが、ライオスと出かけた森で危機に直面することになり……！？

森でセービルとライオスを襲った“災厄の残滓”。何者かが村に放った危険な存在に警戒心を高める一同。そんな折、魔法学校からホルデムがやって来る。「村の視察」が目的だと言う彼に、疑いの眼差しを向けるホルトたち。一方、森でライオスを守れなかったことで、改めて魔法使いを目指す決意を固めるセービル。しかし、何者かの手引きで村に侵入していた暴虐に連れ去られてしまい！？

記憶を取り戻したセービルだったが、いまだに“誰かを好きになる”という気持ちが分からずにいた。しかし、ホルトから“好き”という感覚を教えられたセービル。「僕はロス先生のことが好きなのかもしれない」と自分の気持ちと向き合い始めた。そんな中、ゼロは自身の兄であり、セービルの父である魔術師“十三番”について語り始める……。

教会の反魔女派から魔女の村に送り込まれた少年カディを監視するクドーたち。洗脳によって魔女や“獣堕ち”を敵視するカディだったが、しかし、リーリの作る美味しい食事や村での穏やかな日々は、彼の頑なだった心を溶かしていく。一方、魔法薬の実験をするセービルとロス。その最中、ストレートに好意を向けてくるセービルにタジタジになるロス。だがそんな平和な日常は急に終わりを告げる……。

怪物となったカディを命懸けで止めたホルト、クドー、暴虐。その場に居合わせず、仲間の力になれなかったことに悔しさを滲ませるセービル。そんな折、魔女の村が反魔女派との戦場になるという知らせが届き、セービルたちはウェニアス王国への帰還を命じられる。村に残り戦おうとする一同だったが、ゼロからは命令に従わなければ退学だと告げられる。開戦の時が迫る中、彼らが下した決断とは？