ミコト姫の冒険からおよそ1000年後。ドリランドからハンターが姿を消し、タブー視される様になった時代に、ハンターに憧れる少年ハガン。家に代々伝わるドリルソードを発見したハガンは、次元の扉｢真宝門(まほうもん)｣を開けてしまい、ドリランドの別のワールドへと訪れてしまう。

カードとなったハンター・キバマルを1000年の封印から復活させたハガンは、真宝門に消えたハルカを必死で探すが、発見することは叶わなかった。そんな二人の前に現れたのは、唯一人1000年を生きてきたハンター・パーンだった。パーンは 1000年の間に起きた事件やハンターカードの謎を語る。

テルール。そこは、ドリランド世界の中央にあるという｢黒い太陽｣が照らす真宝王ゴードが支配する世界。ヒルデに捕まったハガン、キバマルは、ゴード城の玉座まで運ばれる。全てのハンターカードを自らの糧とするゴードは、キバマルのカードを捕食しようとするが、ハガンの機転で拘束を解き辛くも逃げ出す!

パーンの真宝力により、テルールから脱出し別の世界へとやってきたハガンとキバマル。そこは湯の郷の入り口だった。ハテナマークが浮かぶハガン達の肩に馴れ馴れしく手をかけて、 エスコートする少女フェイリンによって二人は、温泉宿｢湯楽｣へと招かれる。そこは、ハンターたちがひっそりと営む温泉宿だった!

ゴードの野望を阻止するカギとなる3女神の復活を目論むハガンたちは、アゲハ神姫マチの神殿を目指す。だが、そこには古びた神殿を改装して作られた｢魅惑の殿堂パリウッド｣なるド派手な建物が待ち受けていた! 愕然とするハガンたちが耳にしたのは女性の悲鳴。ハガンたちは、か弱き乙女を助けようとするが…。

慈愛の女神として人々に敬われていた月天使クララ。そのクララがゴードに捕らわれた今、 ハガンたちは自分たちに出来る事、すなわち残る二人の女神を探す決意する。意外にもその手がかりを示したのはナガレであった。神殿から運ばれた女神像があるという、郷土資料館に向かう一行は…。

火属性最強と謳われる二人目の女神・マチのカードを開放したハガン。 しかし、1000年ぶりの復活に気分がのらない女神マチは、ハガンたちに自分のテンションを上げろと無茶な命令を下す。傍若無人なマチにパシリとして扱われ、振り回されるハガンたち。だが、そんなマチの前に闇に染まったクララが立ちはだかる!

最後の女神ソフィアを探す為、荒野の世界へと来たハガン一行は、ワイルドと名乗るハンターと出会う。ワイルドの強さを見たハガンは、ワイルドに弟子入りを頼むがあっさりと断られた。女神同士の凄まじい戦いを見たハガンは強くなる必要を感じ焦っていたのだ。そこで、キバマルに稽古を付けて貰うが…。

顔にくっつけられたキノピーに我を忘れてパニックとなったキバマルは、一人あらぬ方向に走り去ってしまった。キバマルのキノピー嫌いを目の当たりにしたハガンたちは、キバマルを追いかけるうちにキノピーの里を見つける。里の中で固まったキバマルを発見するが、マシューとマシュネの兄妹に敵対心を向けられ…。

フェイリンの様子がおかしい。どうもこの先に進みたくない様子だ。事情を説明する前に結界を踏んだハガンたちは、見知らぬ空間に放り込まれた。そこは、かつてフェイリンが学んでいた真宝学校。1000年後の今も変わらぬ学舎の様子に懐かしいフェイリンだったが、どこか浮かない顔をしている。

キングエクストラバナナを買えるだけ買ってしまったハガン。旅費がスッカラカンになってしまった一行は、お宝を目指し｢螺旋の迷宮｣に挑む。そこでハガンは一枚のカード手に入れ封印を解いた。現れたハンターは、ハガンと真逆の考えを持つ神風カシム。カシムとソリが合わないハガンは袂を分かつが…。

｢螺旋の迷宮｣の地下通路を進むハガンたちは、ゴード軍が女神の神殿を改築した前線基地に辿り着いた。そこで行われていたのは、“キングモンスターのカード化”。この地の人間を操り、使い切りのキングモンスターのカードを装備させてカード探索の兵隊にするプラーの計画が着々と進行していたのだ。

真宝門をくぐり抜け、落っこちた先で巨大グモの巣に絡め取られていたハガンたちを、かつてのナガレの相棒・烈火の獣将カイが助けた。ナガレは、自分のミスによってカイが命を落としたと思い込んでいたため、再会の感激もひとしお。ところがカイは、ナガレと別れてから1000年の時が過ぎていることを理解しておらず…。

真宝門とその狭間の空間で、ハガンはハンターカードを見つけた。封印を解くと時の番人サラと名乗るハンターが現れ、ハガンたちと共に1000年の時を遡る。そこには、ゴード率いる闇の軍団に立ち向かうミコトたちがいた。突然戦いの場に放り出され驚くハガンたち。そのうえ、ゴードはハガンたちの体をすり抜けてゆく!

フェイリンが襲ってきたキングモンスターを追撃。ところが、ハガンたちのもとに戻ってきてからどうも様子がおかしい。夕食を自分の部屋で食べると言って、こっそり宿屋を抜け出して行く。後を追ったハガンたちが見たのは、傷ついたキングモンスターを癒やし世話をするフェイリンの姿だった。

ハガンたちは女神ソフィアのカードを求め、鋼鉄都市レトロンを訪れた。かつては科学の力で発展を遂げていたレトロンも、今は朽ち果て、黒い太陽が頭上を覆っている。闇の力で少しずつ消え去ろうとしているのだ。一行はそこにただひとり残る少女・アリソンに出会った。アリソンは、ある研究をしているらしいが…。

女神ソフィアの神殿を探して鋼鉄都市レトロンをさまようハガンたち。ハガンはアリソンと二人きりになったところを、幽玄兵ゼルガドに強襲される。追い詰められたハガンは、地中に活を見いだそうと穴を掘る! が、 床そのものが崩落してしまい、ゼルガド共々下の階層へと落ちてしまった!

女神ソフィアの神殿に辿り着いたハガンは、ついにカードを手に入れる。しかし、すぐさまヒルデに奪われてしまった。取り返そうとするハガンたちだったが、黒い太陽から闇の力を借りてパワーアップしたヒルデに完全に叩きのめされてしまう。消えゆく運命にある鋼鉄都市レトロンに、もう時間は残されていない…。

ついに三柱目の女神ソフィアが復活! しかし、ソフィアは｢ハガンにはゴードを倒せない｣と言い放つ。いきどおるハガンだったが、マチが現れハガンを弁護。そこにクララもが現れ、三大素の女神同士の戦いが繰り広げられる! 闇に染まったクララを滅ばすへきだというソフィアに対し、マチはクララを助けると主張し…。

クララの闇の浄化に成功したハガン。だが、その代償に女神の雫の力を失ってしまった。そんなハガンに対し、ソフィアは無情にもクビを宣告する。｢俺はまだ戦える!｣と必死になるハガンにキバマルたちも同調するが、闇に染まったマチ率いるゴード軍の襲撃との戦いでは足手まといにしかならず…。

無力感にさいなまれ、見知らぬ世界で独りさまようハガンは、奇妙な卵を見つける。卵から孵った｢ペホー｣と鳴く妙な生物。このペホーにまとわりつかれたハガンは、独りで落ち込みたくてもその暇が無い。根負けして仕方なくペホーの世話をするハガンだが、突然ペホーが熱を出して倒れてしまう。

ソフィア率いるキバマルたちは、マチを救う為にテルールへ侵攻する。しかし、そこに立ちはだかったのは、闇に染まったマチ本人であった。クララ&ソフィアVSマチの激しい戦いの最中、キバマルたちはゴード城の奥深くへと潜入する。キバマルたちの目的はマチのカード。だが、それを手中にした時、キバマルが窮地に陥る!

闇の力を蓄えていたゴードが、繭から光の姿で現れた! 神の姿にも似たゴードは、自らの理想を求め、世界の消去を始める。一方、マチの救出に力を使い果たした一同は、エルアに一時撤退。ディアスの言葉によってゴードの歪んだ理想を知る。悲劇を繰り返してはならないと、ハガンたちは打つ手を見いだそうとする。

ミコトの持つイソウェルの剣に三大素の女神の力を宿して真宝の弾丸とし、光と化したゴードの力の集点を貫く! このソフィアの作戦は、力の集点を見極める事ができるハガンに全てかかっていた。 キバマルたちは、ゴードのもとへハガンを運ぶために突き進む。しかし、孤立させられたハガンの前にゼルガドが立ちはだかる!

真宝の弾丸でゴードを討つ作戦は失敗に終わった。しかし、ハガンは自ら真宝の弾丸となって再びゴードに挑む! 光には闇。そう考えたハガンは、黒い太陽の闇をドリルに纏う。特異点同士だからこそなしえる戦い方で、強引にダメージを与えるハガン。キバマルも加わり、ついに二人は宙に浮かぶゴードを大地に叩きつけた!

ゴードを倒して一年が過ぎ、ハガンは久しぶりにキバマル、フェイリン、ナガレと会う。四人が集うのは、メッキ&シャッキが経営する喫茶店。そこを目指し、天から火の玉が降ってきた! ハガンは火の玉をドリルで打ち払うが、巨大化したドリルで、メッキ&シャッキの喫茶店を全壊させてしまう。

ハガンは不思議な空間・月下大地で、謎の賢者エリクスに、ドリ魔界へ向かうのだと道を示される。彼は、ベリンダの父親を見つける決意を固める。だが、慣れない赤ん坊の世話に、気力と体力はあっという間に限界。そのうえ、刺客が迫る中、目を離した隙にベリンダがいなくなってしまう!

ドリ魔界へと向かう事を決めたハガンたちだったが、何故か真宝門が使えない。赤ん坊のベリンダを歩かせる訳にもいかず、ナガレの提案で乳母車を購入することになった。そんな一行に、デスメノスにベリンダの捕獲を命ぜられた自称｢ドリ魔界一の育メン魔族｣セアドが、キングモンスターを伴って襲いかかってくる!

赤ん坊から幼児に成長したベリンダは、みんなの手を一層焼かすことになる。ハガンが｢バナナは皮をむいてたべる｣と教えると、皮だけ残して全部捨ててしまっていたり。ハガンが怒ると、ベリンダは泣きながら飛び出していってしまった。心配して後を追うフェイリン。ようやく見つけたベリンダは…。

魔族の懸賞金目当てにベリンダを狙うハンターが現れた。だが、ハンターはハガンたちに囲まれると瞬時に降参。何と彼は、ハガンがかつてカードから開放したファビオだった。すかさずご機嫌を取るファビオに懐いたベリンダは、ファビオのことがすっかり気に入った様子。そこにドリ天界からの刺客が現れる!

魔族騎姫アデリアの計略によって、ベリンダが呪いをかけられてしまった! 危機を救ったのは、フェイリンの師であるラインハルトだった。だが、呪いを解くためには、フェイリンがベリンダの力でカードに封じられねばならないという。カード化を決意するフェイリン。ところが、ラインハルトは…。

アデリアが差し出した小魔剣を手にしたフェイリンは、おぼろげながらも前世の記憶を呼び覚ます。アデリアに促されて訪れた城には、フェイリンとベリンダに似た古い肖像画が数多く残されていた。本当の事を知りたい、そう願うフェイリンが小魔剣の力に触れると、天にも届く雷を放出する。

破壊された闇の門を修復できるのは、闇の門のカギだけ。カギを探すハガンは、ベリンダのお守りをナガレに任せる。寝ている間に置いてきぼりにされた形のベリンダは、ハガンと一緒に行くと駄々をこねるが、ナガレがそれを許さない。完璧なるボディーガードを約束するナガレ。だが、そこに闇のカギの門番が現れる!

ハガンたちは、｢闇の翡翠石｣を求めて冥王城に向かう。だが、ドリ魔界を進むにはベリンダは目立ちすぎる。そこで、ハルカの提案で、ハニワの着ぐるみで変装する事に。なぜハニワなのか? それは壮絶なハニワマニアであるハルカの趣味だった…。ところが、これが原因で、ベリンダはハニワ姫と間違えられてしまう。

ドリ魔界を進むハガンたちは、目立たない様に3つのグループに分かれて冥王城を目指す。道中、ハガンはハルカの出自と彼女が思い描く夢を知る。一方のフェイリンとメッキのチームを、獄炎王子ヘルメレクが強襲! 追い詰められたフェイリンは、意図せず秘められた力を解放してしまう。興味をひかれたヘルメレクは…。

冥王城に辿り着いたハガンたちは、いかにして城内に潜り込むか思案していた。魔族であるメッキとシャッキを囮として、パーンの手引きで潜入。ところが、デスメノスの意を汲んだパーンは、デスメノスの玉座にハガンとキバマルを通してしまう。だが、それはパーンの二重の囮作戦で、本命は別にいたのだ!

｢闇の翡翠石｣を手に入れるため冥王城に潜入したハガンたちは、デスメノスに捕らえられてしまった。ハガンは、仲間の解放を条件に、あるハンターと決闘することを強いられる。相手となったのは、ハガンのご先祖様でありキバマルの師匠｢回転師ディグラス｣に強い憧れを抱く、｢愛騎士リンコ｣だった。

キバマルの故郷トカジでハガンたちを出迎えたのは、スズメだった。彼女はキバマルの妹。ハガンは、刀鍛冶師のスズメに折れたドリルを直してくれる様に頼むが、スズメはこれまでドリルを打った事が無いため｢できない｣と断る。そこをアヴィエル、セアドが強襲! ドリルが折れたままのハガンたちは…。

折れたドリルを修復するための材料となる｢天地鳴動の鋼｣を求めて、ラセン山を登るハガンたち。だが、山頂の社には残っているはずの｢天地鳴動の鋼｣は存在せず、ハガンたちの前に｢魔神騎ヴァンデル｣がたちはだかる!｢魔神騎ヴァンデル｣とは、ベリンダ捕獲のために呼び覚まされた古のハンターだった!

｢天地鳴動の鋼｣を愛騎士リンコから譲り受けて、ドリルの修理を開始するキバマルの妹スズメ。そこに現れたのは、キバマルの師匠にしてハガンのご先祖様である、回転師ディグラスその人だった。しかし、闇のオーラを纏って襲いかかってくるディグラスを本物と思えずに敵と認識するハガンは、キバマルと対立し…。

ドリ天界に辿り着いたハガンたちを待ち受けていたのは、フェイリンの先生であるラインハルトだった。ラインハルトはフェイリンに戦いを強要。ハガンたちは行動の自由を奪われ、フェイリンは応じざるを得ない状況に。それでも彼女は納得がいかない。自らの命を削ってまで挑んでくる真意とは一体…?

ハガンたちはドリ天界へ。ドリランド界にとり残されたナガレは、本当に友・ハガンの力になったのだろうかと思い悩む。ため息ばかりで気もそぞろなナガレにイラッときたのは、ブリちゃんことアメリア王国のブリリアント王子だった。そこにナガレを訪ねて、一人の女性が姿を現す。

ドリ天界に現れた賢者エリクスによって、ドリ天界とドリ魔界が戦争に向かおうとしていることを知るハガンたち。全ての世界が混沌に飲まれて滅び、創造の力で再生する運命は変えられないというのだ。だが、ハガンたちはベリンダの進むべき道を自分たち自身で見つけようと決意を固める。

アヴィエルに捕らえられたベリンダを救ったのは、極光の翼の輝きだった。しかし、三種の神器が揃ったことで世界を破壊すると言われたベリンダの表情は暗くなる。それを見たフェイリンは、ベリンダを励まして笑顔を取り戻すと、彼女を守り抜くためついに女神になろうと…。

空中楼閣から落とされたハガンたちは、ドリ天界をさまようセアドと出くわした。ハガンはセアドに訴える。今ここで争っている場合ではなく、大切な者たちのためにも戦争を止めるべきだと! 一方、極光の翼を手に入れたフェイリンは、ハガンと合流するために空中楼閣を訪れるが…。

ドリ天界とドリ魔界の戦争を止める! そう決意したハガンは、レナス説得の為に空中楼閣を再び訪れる。レナスに人間の道理は届かなかったが、ベリンダをおもうハガンの気持ちが特異点としての力をみなぎらせた。世界を変えるかも知れぬハガンのあり方を感じたレナスは、力を貸す事を決意する。

デスメノスがヘルメレクによって殺された! 月下大地ではドリ天界とドリ魔界の軍勢が衝突し、世界に｢混沌｣が増していく。ディオルは、満ちていく混沌を利用して、ベリンダを本来の姿｢混沌の子｣として目覚めさせ、世界を無に帰そうとする。ハガンたちは捕らわれたベリンダを救うため、久遠の扉へと向かうが…。

ベリンダは混沌の子してではなく人間の子として目覚めた。それでも神の召喚をあきらめないディオルは、創造の子フェイリンの命を代償に召喚を企む。一方、月が満ちた月下大地では、ドリ魔界とドリ天界の戦争が開始されようとしていた。必死に両軍を止めようとする三女神だったが、ヘルメレクの執念が両軍を激突させる。

ディオルの眼前に蘇ったミコト姫は、ハガンたちと共にディオルに立ち向かう! ディオルは死者の力を我がものとする反魂(はんごん)の能力を使って抵抗する。だが、その力がハガンたちの怒りの炎を燃え上がらせた。ハガンたちはディオルをドリ天界から叩き落とし、月下大地に叩きつける!

ディオルは自ら“混沌”となるため、ヴァンデルへと姿を変えた。圧倒的な力からハガンを守るため、混沌の子として覚醒したベリンダが戦う! しかし、ベリンダが戦えば、世界は混沌に飲み込まれてしまう。自力での必死の抵抗を試みるハガンたち。その光景を見たベリンダは、ある決心を固める…!