나가미네는 일찍 아내를 떠나보내고, 혼자 힘으로 키워온 딸 에마와 단란한 삶을 보내고 있다. 일찍 철이 든 에마는 어느 날 아르바이트를 갔다가 귀가하지 않고, 나가미네는 경찰에게 신고해 딸을 찾으려고 하지만 돌아온 것은 잔혹하게 강간당하고 살해당한 딸의 주검. 딸을 잃은 상실감과 복수심으로 가득 찬 나가미네에게 모르는 번호로 한 통의 전화가 온다. 그 전화는 바로 범인의 신상을 알리는 전화. 현행법으로는 사형을 적용할 수 없는 소년이라는 걸 알게 된 나가미네는 직접 복수를 하기 위해 주소지로 찾아 떠난다.

얼마 없는 실마리를 바탕으로 카이지의 행방을 쫓아 온 산을 헤매는 나가미네의 눈 앞에 아내와 딸이 모두 살아 있던 행복한 시절의 기억이 담긴 펜션을 발견한다. 펜션의 주인인 타카아키와 딸 와카코는 나가미네의 정체를 알지 못한 채 그를 맞아들인다. 모처럼 따뜻한 식사에 눈물짓는 나가미네. 한편, 나가미네가 경찰에게 보낸 편지는 큰 반향을 일으킨다. 여론이 나가미네를 응원하는 사람과 반발하는 사람 두 의견으로 크게 갈리고, 경찰과 언론은 앞다투어 나가미네를 찾아내려고 한다. 펜션을 운영하는 와카코는 어느 날 안경을 벗은 나가미네의 모습을 보고 그의 정체를 의심하는데...

나가미네의 정체를 안 와카코는 의외의 반응을 보인다. 그것은 오랜 세월 안고 있던 괴로움을 나가미네와 함께 나눌 수 있다고 느꼈기 때문에 각오한 행동이었다. 나가미네를 쫓는 형사, 오리베는 아내와 딸에 대한 애틋한 마음을, 히사츠카는 예전에 다루었던 소년 범죄와 이번 사건을 겹쳐 떠올리며 각자 생각에 잠긴다. 그 무렵, 카이지는 어떤 소녀와 함께 산속에 숨어 생활하며 자신의 고독함을 달랜다.

와카코의 부자연스러운 모습을 보고 무언가 깨달은 타카아키는 계속해서 나가미네를 도우려 하는 와카코를 설득한다. 그 무렵, 도쿄에서는 카이지에 의한 또 다른 범죄 피해자의 아버지, 아유무라가 오다기리가 쓴 선정적인 기사에 분노하고 있었다. 아버지가 사이가 좋지 않아 집을 나온 마코토 역시 설 자리를 잃고 일선을 넘게 되는데... 한편, 나가미네와 와카코 앞에 마침내 카이지가 모습을 드러낸다.

경찰은 마코토를 이용하여 카이지를 유인해낼 작전을 계획한다. 와카코의 설득으로 자진 출두를 다짐했던 나가미네는 카이지가 신주쿠 중앙 공원에 나타날 거라는 밀고 메시지를 받고, 다시 엽총을 쥔 채 도쿄로 향한다. 뒤쫓아 오는 와카코를 뿌리치고 이윽고 신주쿠 중앙 공원에 도착한 나가미네의 눈에는 경찰에게 둘러싸여 마코토를 인질로 잡고 칼부림을 하는 카이지의 모습이 들어온다. 나가미네의 총구는 카이지로 향하고, 과연 그는 딸을 위한 복수를 끝낼 수 있을 것인가?