位于横滨的Nemesis侦探事务所里，团队成员包括：以天才般的灵感引导解决案件的美神安娜、乍一看挺能干而实际上是废柴的侦探风真尚希、有着三十年从业经历的Nemesis侦探事务所社长栗田一秋。对该事务所来说具有纪念意义的第一号委托人，是美丽的医生上原黄以子。她选择Nemesis只是因为上网搜索时发现这间侦探事务所距离她最近。黄以子委托的工作内容大致如下：她的雇主、大富豪涉泽火鬼一今晚要举行庆识80岁生日的派对，但是有人发来恐吓信，信上说如果不阻止派对召开，火鬼一就会没命。据说，外号“矶子的唐璜”的火鬼一写了遗书，在他死后，巨额资产将分给他的六个情人。接受委托后，风真、安娜意气风发地和黄以子前往火鬼一的豪宅。而面对六个情人全是美女、备受女人欢迎的火鬼一，栗田露出苦涩的表情。但是，派对过后第二天，火鬼一真的死于密室中。嫌疑人就是包括黄以子在内的没有不在场证明的七个美女。而且，她们所有人都有杀人动机。

解决“矶子的唐璜之死”案后，Nemesis侦探事务所一举成名，各种委托从全国各地发来，风真喜形于色。这时，可怜的中学生神谷节子敲响了事务所的门。他说，和自己一起住在儿童福利院“红星之家”的哥哥神谷树一周前就音信不通，她希望侦探能帮忙寻找哥哥的下落。侦探三人组马上查找树的行踪，发现立志成为说唱歌手的树经常出入俱乐部“P.O.P”。在那里，他们遇到了友好的说唱歌手们。在老板阿久津、员工木岛面前，安娜即兴演唱了一段RAP，大家都很兴奋。但是，他们从那里得知，树与凶恶的诈骗集团有关。曾经的委托人黄以子和风真的老友、道具店老板星宪章也帮忙调查案件。

Nemesis侦探事务所洗清立志成为说唱歌手的神谷树的冤情后，工作本应越发忙碌，但是天才助手安娜和社长栗田一秋却兴致勃勃在屋顶练习印度武术卡拉里帕亚特。而侦探风真尚希闹唤着太热，明显是找借口早退了。觉得奇怪的安娜和栗田跟踪他，发现他和黄以子在横滨八景岛亲热地约会，栗田很生气，但实际上公园正陷入前所未有的危机中。一个自称“bommer”的连续引爆炸弹犯发来威胁信说，他在公园里放了炸弹，园方明天必须准备好两亿日元。眼看园内的一万多游客成了人质，社长太宰很紧张，得在旧交风真解决了”矶子的唐璜杀人案“后，就向他求救。因为这次状况太危险，栗田把安娜排除在调查之外。安娜很泄气，不过，她在园内偶遇美丽的理科大学生四叶朋美，二人意气相投。实际上，这个朋美是个超级理科系大学生，有着不输于安娜的天才头脑，却对风真一见钟情。而与此同时，“bommer”巧设陷阱，把Nemesis的侦探和警方都玩弄于股掌之中。中了陷阱的栗田、四万十勇次和千曲鹰弘被关进了放有炸弹的公交车中。

Nemesis侦探事务所从连续炸弹狂手中拯救了八景岛乐团。以该事件为契机，天才助手美神安娜认识了天才大学生四叶朋美，二人意气相投。朋美常常来事务所玩，已经了事务所的一员。这次，他们的委托人是精英女子高中的常驻学校生活顾问雪村阳子。学校的美术教师黑田秀臣在午休时从窗口掉到校园中。学校方面以自杀处理，但雪村认为有他杀嫌疑，遂向名侦探风真尚希求助。社长栗田一度指示风真拒绝这个委托，但他听说雪村任职之处是笛卡尔女学院后，就改变主意，爽快地答应了。安娜假装成从印度来的转校生潜入学校内部，风真则与警方在学校外部展开公开搜查。风真被女高生们捧得飘飘然，情绪也变得开朗起来，但是作为名校，这所女学院比其他学院更怕名誉受损。严厉的教导主任南禅寺光江要求他们到16点必须完成调查。这连询问学生和教师的时间都不够。就在这时，风真紧急召唤来姫川烝位。姫川是17岁就开发出引起全世界注目标的AI的天才。风真曾是辅导学校老师，姫川正是他的学生。姫川虽是个好挑剔的怪人，但却是个让女高中生（她们马上就把风真丢在脑后）着迷的帅哥。一瞬间，姬川就用AI成功分析出所有人的不在场证明和证言的真伪，锁定了四个没有不在场证明的人。而作为女高中生卧底调查的安娜，从同学们那里获得了黑田疑似与学生夏本莱娜交往的情报。于是，案件朝着不可思议的方向发展。另一方面，栗田正秘密调查与安娜失踪的父亲美神始的下落有关的“菅容子”，此人正出身于这所女学院。他初次搞明白了菅容子的面目。虽然一点点接近20年前案件的真相了，但有人正企图阻碍栗田的行动。

Nemesis侦探事务所曝光了女子高中美术教师摔死的真相。某天，风真尚希表情凝重地盯着新闻节目。电视画面上出现了记者神田凪沙的身影。尽管天才助手美神安娜挖苦他是不是看上这位女性了，但风真却罕见地不予理会。这时，安娜喜欢的神秘料理店龙杨一愁眉苦脸地来访。在社长栗田一秋追问下，龙说出心事。在盛传天狗传说的深山里，有个叫“天狗三文鱼”的三文鱼养殖场。老板天久潮喝醉后从山崖掉下去摔死了。周刊以“天狗作祟”为题暗示说是自杀。但是，龙在社长摔死前一天偶然遇到他，那时的社长正国为离家单过的三个儿子——长子一鱼、次子二鱼、三子三鱼——回家继承家业而高兴，应该不会自杀。栗田看了三个儿子中一人的履历后，马上答应了委托。为了尽快查明真相，Nemesis侦探事务所的三人和龙前往深山中的养殖。迎接他们的是态度并不友好的潮的家人们——三个儿子加上潮的内弟天久洋、潮的后妻郁子。这一家子为了保险金、土地权利、继承等等问题纠缠不清，全家都怪怪的。风真在安娜失踪的父亲始的同事大和猛流的建议帮助下，顺利展开调查。而一直在观察侦探事务所一行人的是“天狗”。突然，发生了危及风真性命的事。另一方面，栗为了寻找安娜父亲的下落而正秘密调查的菅研究所也有了新动作，凪沙出现在19年前的事故现场。

Nemesis侦探事务所的三人漂亮地揭露了暴露系视频UP主多治见一善的可怕犯罪。新的委托人是与Nemesi一起逮捕多治见一善的记者神田凪沙。凪沙是安娜失踪的父亲所引发的19年前的事故中与美神芽衣子一起死去的神田水帆的妹妹。神田是风真的前同事。凪沙所要委托的是调查出咨询公司社长鸟丸的真实身份。鸟丸就是给多治见一善很多钱，让凪沙追查的“临床试验的可疑死亡”的报道化为泡影的人。栗田确信鸟丸与菅研所有联系，于是以“不向安娜说出20年前的事件”为条件，答应与凪沙一起调查。风真马上去调查鸟丸的品行，但鸟丸总是和外界用手机联系。而且强壮的保卫志叶一整天都守在他身边，风真完全无法靠近。但是，风真调查到鸟丸每周都会去某非法赌场，栗田命令风真寻机抢走鸟丸手机里的数据。而风真的对象是他曾拜为老师的前欺诈师、现为魔术师的绯邑晶。风真跟绯邑学了伪装术，与安娜一起潜入非法赌场。但是，菅研究所的魔爪正伸向他们。

由于菅研究所的大和猛流的揭露，安娜终于得知自己是父亲美神始制造的世界上第一个“DNA编辑婴儿”。她追问风真尚希与栗田一秋，要求他们说出全部真相。而栗田与风真所说的内容，是之前一系列案件的答案。至此，安娜为何在幕后推理而由风真在前台扮演侦探的原因、风真过去做各种工作的原因，以及20年前的事件与19年前的事故的关系，这种种事情之间的联系也水落石出了。

菅研究所的最大幕后黑手是美神安娜视为好友的大学生四叶朋美。朋美的本名是“菅朋美”，她是菅研究所的创始人菅容子的女儿。20年前，与安娜的父亲立花始一起进行基因研究的大得猛流如今是菅研究所的核心人物。大和应容子之邀，参加菅研究所，从世界上第一个进行基因编辑的美神始的研究所盗走GE10.6受精卵，将其放入代孕母亲美马芽衣子的腹中着床。但是，芽衣子在分娩前夕逃出菅研究所，向美神始求救，结果引发“19年前的交通事故”。因为那个事故，GE10.6受精卵的提供者神田水帆与芽衣子一起死亡。但是，芽衣子临死前，用最后的力气产下婴儿。风真尚希与栗田一秋向安娜说出全部事实，安娜受不了这残酷的事实，从侦探事务所跑了出去。她愤怒地扯掉项链，那是父亲送给她的珍贵的项链。项链中其实保存着大量与安娜有关的数据。风真小心地把项链保管起来，但却被菅研究所的爪牙志叶抢走了。伤心的安娜没有及时看穿朋美的真实身份，结果被菅研究所绑架。在那里，她被采集了血液和各处的细胞。而被囚禁在她隔壁的就是她朝思暮想的父亲美神始。她与找寻多年的父亲面对面，本应高兴，但是，已知晓全部真相的她，实在无法信任父亲的感情。和过去相比仿佛换了一个人似的朋美则冷冰冰地注视着这对父女。此时，为了救出安娜，风真准备召集“八武士”。这其中有刑警二人组千曲鹰、四万十勇次，有表面是速度狂实则医术了不起的医生上原黄以子，有孤高的道具店主星宪章，有天才AI开发者姫川烝位，有自称是中国杂技团五军出身的厨师龙杨一，有美女骗子绯邑晶，有在19年前的事故中失去姐姐的自由记者神田凪沙。为了安娜，Nemesis团队赌上了性命，向菅研究所发起进攻。

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