Cette version de 65 minutes du pilote qui a été diffusée sur The Sci-Fi Channel et publiée en tant que DVD exclusif à Best Buy diffère radicalement de la version en 2 parties de 87 minutes qui a été publiée sur DVD au Canada. L'épisode s'ouvre avec Flash Gordon courant un marathon et gagnant. Sa mère et son meilleur ami Nick le félicitent. Pendant ce temps, sur Mongo, Ming et Rankol ouvrent une faille vers la Terre et envoient une sonde. Une faille est montrée s'ouvrant sur Terre et la sonde en sort et s'envole.

Grâce à son système d'alerte, le docteur Zarkov fait une découverte plus qu'inquiétante : il semblerait qu'une nouvelle faille interdimensionnelle ait été ouverte. Avec Flash, il redoute que l'empereur Ming ne l'ait utilisée et en ait profité pour envoyer sur terre une créature de la planète Mongo...

Nick se fait piquer par un mystérieux insecte, venu de Mongo, dont le venin a la propriété de faire mourir sa victime dans un état de douce euphorie. Le seul remède possible est un antidote fabriqué par une tribu de femmes sur Mongo. Une course contre la montre s'engage pour Flash qui, aidé de Baylin, va tout faire pour se le procurer...

Le père de Flash, le docteur Lawrence Gordon, revient sur la planète Terre. Flash est heureux, mais son amie Dale semble malheureusement ne pas apprécier ce retour inattendu. Elle reste donc vigilante car cela lui semble trop beau pour être vrai. Elle craint une nouvelle manipulation de Ming. Bientôt, ses soupçons se trouvent confirmés par la mort de plusieurs des collègues du professeur Gordon...

Après avoir découvert le corps inerte d'un garde, Flash et Dale se lancent sur la piste d'un mystérieux tueur venant de Mongo, qui dérobe la force vitale de jeunes hommes. Les deux amis sont inquiets car la prochaine victime pourrait bien être Joe...

Accompagné de Zarkov et Baylin, Flash retourne à Mongo avec une idée précise : découvrir la vérité sur son père une bonne fois pour toute.

Piégés sur Mongo, Flash, le docteur Zarkov et Baylin se rendent dans la ville de Nascent afin de trouver le chemin qui les ramènera chez eux. Mais Zarkov est capturé et emprisonné. Derrière les barreaux, il fait la connaissance d'un détenu, un certain Krebb, qui affirme avoir connu le père de Flash...

Ming jette un mauvais sort à Aura et Barin. Pour s'en sortir, Aura est alors contrainte d'utiliser une potion magique pour séduire Flash. Mais les choses se compliquent lorsque Ming ordonne un duel à mort entre Aura et Barin...

Rankol envoie l'un de ses hommes pour kidnapper le docteur Zarkov. Il cherche en effet à le convaincre qu'ils devraient effectuer de nouvelles recherches afin de perfectionner la technologie permettant le passage dans les univers parallèles. Pendant ce temps, Flash et Dale sont interrogés par un agent du gouvernement...

De multiples failles apparaissent dans un motel où une déviante de Mongo a été envoyée par accident. Alerté, Joe se rend sur place. A sa grande surprise, il y retrouve Flash et Dale. Un peu plus tard, Flash et Joe sont capturés par les gardes de Ming et envoyés dans des tunnels pour y travailler...

Bloqués sur Mongo, Flash et le docteur Zarkov se retrouvent aux prises avec les Zurns, une tribu de guerriers menés par Azura, une prêtresse sanguinaire. Les Zurns ont déclaré la guerre aux Dactyles, les accusant d'avoir pillé leurs réserves d'eau. En réalité, c'est Ming qui a organisé ce complot dans l'espoir de déclencher une guerre...

Appelée par la voix des morts, Baylin décide de retourner sur Mongo en ce Jour des Honneurs. Il s'agit d'une journée sacrée, pendant laquelle les habitants de Mongo commémorent leurs ancêtres disparus pendant la Grande Catastrophe. Flash et Dale l'y accompagnent. De son côté, Zarkov se prépare à passer un entretien pour décrocher une subvention...

Baylin découvre que le village des Verden a été attaqué par les troupes de Ming. Tous les habitants ont été capturés et conduits à la Nouvelle Cité pour être vendus comme esclaves. Flash et Dale décident d'aider Baylin à délivrer son peuple...

Joe parvient à s'emparer d'un révélateur de failles et à aller sur Mongo, bien décidé à rapporter des preuves de son existence. Inquiets, Flash, Baylin, Zarkov et Dale s'y rendent à leur tour. Mais Joe se fait arrêter par des soldats patriotes...

Flash, Baylin et Zarkov retournent sur Mongo afin de retrouver le révélateur de faille que Joe a égaré. Flash se voit alors confier un nouveau-né déviant, qu'il doit à tout prix cacher pour lui éviter d'être «purgé»...

Les réserves en eau commencent à manquer sur Mongo. Ming demande à Rankol ainsi qu'à la scientifique Lenu de trouver un stratagème afin de s'approvisionner sur Terre. Ils parviennent à ouvrir une faille suffisamment large pour voler l'eau d'un lac entier...

Persuadés que l'eau a été contaminée par les Déviants, les Turins s'en prennent à Terek et menacent de le tuer si Flash ne leur rapporte pas l'antidote qui permettra de guérir les leurs. Vestra découvre que l'eau a été empoisonnée par Esmeline, une puissante sorcière qui a été bannie du village des Omadrians pour avoir utilisé ses pouvoirs à des fins maléfiques...

Le moine Dolan fait passer à Flash un dernier test pour vérifier s'il est réellement l'Elu. Celui-ci doit libérer une reine des glaces pour obtenir son soutien dans son combat contre Ming...

Terek en est désormais certain : il est l'Elu, le seul à pouvoir renverser Ming. Il tente alors d'unir tous les rebelles de la région et prépare une attaque afin d'anéantir l'empereur. De son côté, après avoir appris la vérité sur Rankol, Ming ordonne son exécution. Pendant ce temps, Dale et Norah se voient dans l'obligation de retourner à Mongo...

Alors que Terek et ses hommes arrivent aux portes de la ville, Azura propose à Ming de faire d'elle sa reine en échange de sa protection. De son côté, Baylin quitte Flash et ses compagnons pour participer au combat et permettre à Terek et son armée d'entrer dans la Nouvelle Cité...