翔太郎が夜の埠頭で出会った謎の美女。それは「T字路の魔女」と噂される存在であった。彼女にバッグを盗まれたという坪崎忠太からの依頼を受け、翔太郎は魔女探しに奔走。「ときめ」と名乗る彼女を追う中で、風のない見知らぬ街へと足を踏み入れるのだった。

T字路付近で頻発する殺人事件と、翔太郎が迷い込んだ別次元の世界。フィリップの検索により、事件に絡むガイアメモリは「ロード」と判明。魔女による犯行なのか直接確かめるべく、翔太郎は独断で行動を開始する。

ロード・ドーパントとの直接対決を開始する翔太郎＆フィリップ。Ｗの活躍によりロードは倒され、ときめが殺人犯ではないことも証明された。だが今回の事件には、罪を数えるべき人間がもう一人。果たして翔太郎たちが解き明かした事件の全貌とは？

照井の計らいにより、ときめは鳴海探偵事務所の探偵助手となった。ところが、フィリップとはどこか波長が合わない様子。そんな二人をよそに、新たな依頼に対応する翔太郎と亜樹子。それは、ゲーム会社所属の超人気アイドル・風祭メグの護衛依頼であった。

メガネウラ・ドーパントから風祭メグを守りきったものの、翔太郎は深い傷を負ってしまう。相棒に代わって動き出すフィリップ。ときめも探偵助手としての責務を果たす覚悟を決める。だが、謎の男・万灯雪侍の暗躍により、新たな能力に覚醒したメガネウラがメグに襲い掛かる。

メガネウラ・ドーパントは、Ｗ ファングジョーカーの前に敗れ去った。事件は無事解決。ときめとフィリップのわだかまりも解消され、鳴海探偵事務所には穏やかな空気が流れる。一方、警察病院に搬送された犯人の傍には、「オーロラ」のガイアメモリを持つ男の姿があった。

キノコへの興味が抑えきれなくなったフィリップは、大雪の中、翔太郎と仲良くキノコ狩りへ。雪山で遭難した2人は、立派な屋敷にたどりつく。雪に閉ざされた陸の孤島を舞台に、新たな事件が幕を開ける。

鏡野邸での花嫁候補殺人事件。アルコール・ドーパントに続いて、ドライバーをつけた謎のドーパントが現れる。それは新たなる敵組織の刺客なのか?照井の援護を受け、翔太郎とフィリップは事件の核心に迫っていく。

アルコール・ドーパントの正体は、ミュージアムとの繋がりを持つ人物であった。Ｗ サイクロンジョーカーエクストリームに変身した翔太郎とフィリップは、アルコール・ドーパントと激闘の末、事件を解決する。時同じくしてＷとアクセルの前に、万灯率いる敵幹部たちが姿を現す。

「失踪した祖父を捜してほしい」 幼い依頼人の笑顔を取り戻すため、一同は調査を開始する。事件の手掛かりは、祖父に特殊バルブの開発を依頼した謎の大男。調査の中、ブラキオサウルス・ドーパントに連れ去られたときめを追い、翔太郎たちは裏風都へと飛び込んでいく。

裏風都で翔太郎たちを待ち受けていたのは、リアクターのガイアメモリを持つ大男・二階堂守だった。準幹部級の強敵に苦戦するWとアクセル。街にはときめのほかに、失踪した依頼人の祖父・蘭堂廉太郎の姿もあった。

ときめは裏風都にて蘭堂廉太郎を発見し、救出。裏風都から元の世界へと脱出した二人の前に、二階堂が立ちはだかる。だが、仲間の危機を見過ごす翔太郎たちではなかった。Ｗとアクセル、ガンナーAも加わり、ついにリアクター・ドーパントとの決戦が始まった──！！