Speciaal agent Scott Forrester en zijn FBI-vliegteam in Boedapest gaan naar Kroatië, nadat Isobel Castille hun hulp inroept om een ​​Amerikaanse voortvluchtige te vangen die met een 14-jarig meisje naar Zagreb is gevlucht. OA gaat door met de missie in het buitenland, met de bedoeling de voortvluchtige voor het gerecht te brengen, terwijl Europol-agent Katrin Jaeger het team probeert te helpen de nodige steun en toegang te krijgen van de minder dan coöperatieve lokale autoriteiten.

De crossover begint op FBI S04E01 All That Glitters (I) en FBI: Most Wanted S03E01 Exposed (II).

Een jonge moeder vlucht met haar zoon naar Hongarije, nadat ze de gedeeltelijke voogdij over haar zoon in de VS is kwijtgeraakt. Als de jongen op klaarlichte dag in Boedapest bij zijn moeder wordt ontvoerd, vraagt het team zich af welke ouder het gevaar vormt in het leven van het kind.

Tijdens het transport van cryptogeld naar een veiligheidskluis in Zwitserland wordt deze gekaapt. Een van de Amerikaanse transporteurs komt hierbij om het leven en een andere slaat op de vlucht. Het team onderzoekt de zaak.

Een Amerikaan komt de Amerikaanse ambassade in Madrid binnen onder het bloed van zijn vermoorde Spaanse vriend. Hij beweert onschuldig te zijn en het team gaat op onderzoek uit. De vriendschap van Vo en Raines blijft groeien.

Het team onderzoekt de dood van een vergiftigde Amerikaanse journalist, nadat hij een anonieme bron in Polen probeerde te ontmoeten. Kellett heeft kritiek op Forrester, omdat hij haar tijdens de missie te veel wilde beschermen.

Een onderhandelaar van de Amerikaanse inlichtingendienst wordt vermist, terwijl haar overgehaalde appartement in Parijs onder haar bloed zit. Het team moet haar vinden, voordat de nucleaire geheimen van het land in de verkeerde handen vallen.

Wanneer een Amerikaanse oprichter van een illegale site voor volwassenen wordt vermoord in Praag, moet het team zijn mede-oprichter opsporen, die nog steeds voortvluchtig is in Tsjechië; Kellett heeft moeite om een ​​relatie met haar moeder te onderhouden.

Wanneer een groep Amerikanen tot de slachtoffers behoort van een bomaanslag op een festival in Boedapest, wordt het team ingeschakeld om de daders te vinden voordat ze opnieuw toeslaan. Ook, wanneer Vo's nieuwe schoonheid gewond raakt bij de ontploffing, evalueert ze opnieuw wat daten echt betekent terwijl ze in het bureau zit.

Een van Kelletts louche maar waardevolle informanten is gearresteerd voor zijn betrokkenheid bij een overval en moord. Hij belt haar om zijn naam te zuiveren. Met tegenzin doen Kellett en het vliegteam mee aan het onderzoek in Noord-Ierland.

Een New Yorkse politieagent in Transnistrië wordt vastgehouden wegens zware mishandeling. Hij beweert te zijn geïnfiltreerd bij een bende mensenhandelaren die beschermd wordt door autoriteiten. Het vliegteam onderzoekt of zijn verhaal klopt. Forrester ontvangt een vreemd bericht van een onbekende afzender.

Een beruchte Amerikaanse techgigant raakt betrokken bij een moord in Frankfurt. Het vliegteam achtervolgt hem door de lokale demonstranten die hij heeft opgehitst met zijn complottheorieën op sociale media. Jaeger vindt het heerlijk om in haar thuisland te werken, terwijl Forrester een beslissing moet nemen waarbij het verleden van zijn moeder een rol speelt.

Een stel vlucht naar Albanië in afwachting van een veroordeling voor het sluizen van miljoenen aan COVID-hulpfondsen van de Amerikaanse regering. Jaeger en het team krijgen de criminele familie van de vrouw op hun dak, terwijl ze het duo opsporen. Kellett werkt aan de zaak vanuit Boedapest, terwijl zij en Forrester hun professionele grenzen opnieuw bepalen

Het team zoekt uit hoe ze de Amerikaanse procureur-generaal kunnen beschermen gedurende een beveiligingsinbreuk, tijdens haar bezoek aan Hongarije voor een belangrijke vergadering. De zus van Raines komt naar Boedapest.

Wanneer Raines' zus vermist wordt in Kosovo, gaat hij schurkenstaten om haar te vinden, waardoor zijn baan en zijn leven op het spel komen te staan; Kellett en Forrester worden vanuit het bureau verder onder de loep genomen.

Het Fly Team belandt in heet water wanneer Vo wordt gevonden op de plaats waar een Hongaarse goktoezichthouder werd vermoord.

Wanneer een Amerikaanse wijnboer wordt doodgeschoten op zijn wijndomein in Frankrijk, moet het team bepalen of de lokale protestgroep in de regio met een geschiedenis van geweld tegen buitenlanders schuldig is.

Na een waanzinnige aanval door gewapende mannen aan boord van een Amerikaans riviercruiseschip op de Donau, gaat het Fly Team naar Wenen om te onderzoeken waarom de boot het doelwit was. Forrester realiseert zich ook dat zijn gevoelens van wantrouwen veroorzaakt door zijn verleden zijn persoonlijke relaties beïnvloeden.

Het Fly Team werkt aan de jacht op de sluipschutter die verantwoordelijk is voor het doden van een Amerikaan tijdens een aanval op een biomedisch laboratorium in België. Ook heeft Jaeger ruzie met haar baas bij Europol over haar trouw aan het Fly Team.

The Fly Team en Jaeger gaan naar Berlijn wanneer de 19-jarige zoon van een Amerikaanse miljardair niet meer reageert in zijn appartement. Terwijl het team probeert vast te stellen of er vals spel in het spel was, realiseren ze zich dat er ook een schimmige groep op de zaak zit.

Wanneer een privéjet met Amerikaanse burgers wordt neergeschoten buiten een klein stadje in Polen, kijkt het Fly Team naar de man die de vlucht heeft gemist. Ook is Forrester in de war als hij informatie van zijn moeder ontvangt.