杭州和芳斋糕团店女工傅如玉因劳累过度早产，而她一生下来儿子却被近视眼师傅当做米粉娃娃上笼蒸煮竟大难不死。傅如玉的丈夫魏进忠嗜赌成性，不惜抛妻弃子妻。在赌场杀人后为求自保只得净身投靠皇宫并改名魏忠贤。魏忠贤进宫后巧遇已贵为皇太子奶妈的旧时情人客印月，两人狼狈为奸遭。

和芳斋掌柜和则进为人刻薄，他临死前要把所有钱财带入棺材，没想到阴差阳错，被胡涂的郎中曲解了意思，于是傅如玉的儿子傅应星成了和芳斋的新老板。 傅应星心地善良，常布施糕点给饥民，同时好心救下刚从法场逃脱身受重伤的胥丽娘。

应星布施糕点导致饥民都不去工地工作，惹怒了一心要建生祠向魏忠贤邀功的杭州知府李是，处处找应星麻烦，幸得熊丽娘暗中出手搭救。应星收留胥丽娘在和芳斋养伤，对她日久生情，可丽娘有血海深仇在身，无心儿女之情。而丽娘遇到了正在到处寻找她的表哥酸秀才贾梦梅。

应星与梦梅便被恼羞成怒的李是抓进了大牢，并被派去修建魏忠贤生祠。因为应星从小做糕团练就了造像的手艺，被派去做魏忠贤的头像。为救自己和酸秀才的命，应星只得就范，但此举却遭到一身正气的梦梅的鄙夷。此时，江南已经连续多年大旱，熹宗皇帝下旨张贴皇榜，希望能求得能人术士求雨以缓解旱情。

梦梅故意把错误的头像尺寸告诉识字不多的应星，结果魏忠贤的爪牙们大怒，要杀了俩人。丽娘为掩护应星，让其穿上女装蒙混过关，谁知这边刚脱离虎口的应星竟无意中揭了求雨皇榜，被当成仙姑请进了杭州知府周伯康府衙中。

面对李是等魏忠贤的爪牙，应星虽极力掩饰，但终被识破，身份暴露。于是他灵机一动，称自己为糕团大仙，揭了皇榜要为民请雨。加上周知府力保，应星暂时保住了小命。

在丽娘逼李是从大牢中放出酸秀才。熹宗皇帝派钦差杨涟去杭州主持求雨，为不使求雨人成为杨涟的同党，魏忠贤特派遣武林高手，要先杀了“何仙姑”陷害杨涟。而应星继续留在周府内做他的“糕团大仙”，浑然不知危险已经一步步向他靠近了。

魏忠贤派来的杀手潜入周府欲杀应星，在丽娘的再一次搭救下，应星得以从杀手刀下捡回一条命。杨涟念应星为人耿直忠心，能明辨是非，于是要应星和他联合做场好戏，借求雨之际，将在杭州的不法粮贩和昏官都一网打尽为民除害。

应星果然是个多福之人，求雨台上，居然真的被他求下雨来，原来杨涟早就猜出当天会下雨。杀手见应星真的求雨成功，欲上前刺杀应星。关键时刻丽娘杀死杀手，保护了应星。

杨涟让应星随自己一同回京面见皇上，劫后余生的应星向丽娘说出爱意不想被丽娘拒绝，沮丧不已。无望中，想起痴情于自己的周云裳，便拎了糕团上门提亲，谁知周小姐刚刚答应了另一门亲事。

傅应星，酸秀才，丽娘随杨涟一起踏上进京之路，这时，魏忠贤已派刑部尚书许显纯到了济南抓捕杨涟，并将杨涟迫害至死在济南大牢中。杨涟临死前托付前去探望的应星将状告魏忠贤的奏本面呈皇上，应星含泪答应。

带着未血的深仇大恨，丽娘陪应星一起上京告御状。熹宗不仅给予应星诸多封赏，让应星在北京城内也开一家和芳斋，还将雄弼廷将军的旧宅赐给应星作为府底。

熹宗看了应星呈上的杨涟所写状告魏忠贤二十四条罪状的奏折后大怒，打算惩办魏忠贤，谁知魏忠贤老谋深算，他上下疏通串联，魏忠贤最终竟有惊无险，安然脱身。魏忠贤在朝中见到熹宗后帝十分喜欢应星，决定先拉拢应星以为已用。

冯铨假称得了怪病告假，回山东老家修养，实际上是以退为进欲与魏忠贤暗中周旋。熹宗无奈，再次挂出皇榜，寻求名医为宰相冯铨治病。此榜一出，冯铨和魏忠贤都立刻派人要去揭榜。

这一次，应星又成了有“鬼见愁”之称郎中。进入冯府为冯铨看病，应星为给冯铨“治病”自作聪明给冯铨开出了泻药。奇怪的是泻药为什么没有效果，因此也尝试喝了一些开给冯铨的泻药以探究竟，不想腹泻的厉害，终于，应星发现为什么给冯铨服泻药但没任何反应的原因。

多日未与应星玩乐的熹宗对这个玩伴十分想念，遂微服去济南找他。为使给熹宗做的糕团生色，识字不多的应星将“如朕亲临”四个字印在了糕团上，但熹宗又把它们赏赐给了一个小乞丐，无意中被东厂密探发现，于是，一场全城糕团店的大洗劫开始了。

丽娘与应星躲进冯府，谁料正中冯铨的计谋，老奸俱滑的冯铨怎么也想不到自己竟会成为应星的阶下囚。为保全大局，熹宗只得对魏忠贤和冯铨稍作惩处，虽心有不甘但也无可奈何。同时，立下大功的应星更得熹宗赏识，被封为“糕团大臣”，命他留在京城开店。

应星在为自己的和芳斋新店选址的时候，再次巧遇查姜女，此次重逢后，应星对查姜女好感与日俱增，天天去面馆吃面，结果查姜女一顿捉弄，又引出一串笑话。后来，应星索性决定将自己的糕团店就开在炸酱面店旁，以便去和亲爱的查姜女多些时间沟通，增进感情。

应星在京城的糕团店开张，魏忠贤也来到店内，谁知，竟碰到失散十八年的发妻傅如玉，如梦初醒，终于明白了原来傅应星就是自己的亲身骨肉。由于糕团店开张，拉走了查姜女许多客源，为了让查姜女高兴，应星设计让熹宗去吃炸酱面，本是没什么人的冷清地一时间成了人气旺盛的聚集地，两家店的生意也火爆起来。

丽娘和查姜女相遇，由于丽娘是男装打扮，故而被应星以为是查姜女爱上了别的男人，为了自己的爱情，他乔装打扮以探原委，一时间玩笑百出。

魏忠贤找到了傅如玉，提出要她把儿子还给他，俩人闹得不欢而散，应星竟当众人对查姜女求婚，为了让他死了这条心，查姜女要求如应星能考中今科状元就嫁给他，为了心爱的查妹，应星发愤图强。

魏忠贤暗中舞弊调换了应星和酸秀才的考卷，将应星推到状元的宝座上去。应星真的成为状元之后，查姜女心急如焚，不知如何是好，在应星向要她兑现成亲的承诺后，想出各种方法百般刁难，想阻止这场不情不愿的婚姻，但最终查姜女也无话可说。

查姜女只得应了这门自己答应的亲事，应星自然是喜不自禁，应星想把考得状元的文章装裱后挂在新房内，拜托酸秀才帮忙此事，事情真相大白，三位好友都离开了他。

感情受打击后的应星整天把自己泡在酒缸中，魏忠贤为了帮儿子，暗中调查查姜女的背景，结果把意图起兵的燕山义军给查了出来，就在丽娘他们商量起义大计的时候，东厂密探冲了进去，双方发生了激烈的打斗，偏偏应星还要忙中添乱，让人无可奈何。

应星以为丽娘和查姜女被燕山的强盗所掳，心急如焚，想方设法要救出他们，其实魏忠贤早带了精兵埋伏，要把燕山熊将军的旧部下一举消灭，危急之时，应星挺身而出，誓要保证丽娘他们的安全。

关外清兵大举来袭，明军连败，战事吃紧，熹宗皇帝想派人前往满州与满人军队议和，可是朝中无人敢往，熹宗无奈再次下旨张贴皇榜，希望有贤之士能代表大明出使北方与满人议和，停止边关战事。

应星居然三揭皇榜，当上了钦差大臣赴满州议和，应星也趁此机会救出了丽娘和查姜女，袁崇焕将军大败清军，应星一行人去清军军营与懿亲王谈判，应星一套“饺子”理论，竟让懿亲王最后答应三年不出兵，立下奇功劳。

应星为使查姜女爱上自己，给她喝了回心转意茶，不想竟是春药，结果阴差阳错，成全了酸秀才查姜女的婚事，让应星好不懊悔，熹宗皇帝亲自给应星做媒，让应星娶公主为妻。

魏忠贤和客印月为了自身利益也要追杀应星，于是，又一次的逃亡开始了。皇后冒着极大危险偷偷出宫，亲自将熹宗的圣旨交到应星手中，命他调查满清间谍案的真相，于是，应星又一次成了钦差。

应星和丽娘小用计策就找出了面店里的查姜女和酸秀才四个人再度一起面对挑战应星得知自己是魏忠贤的儿子这个消息对他来说无疑是晴天霹雳！熹宗病危应星挑着糕团进宫探望。

魏忠贤软禁了皇帝和应星。皇后冒死出宫恳求傅如玉，让应星的其他三个知己朋友探明真相。寻觅魏忠贤的行动踪迹，丽娘偶然发现客印月偷运大量宫女出宫。为了达到一已私欲想要上演一场“狸猫换太子”的把戏。皇上为防不测，命令应星秘密火速去衡阳召信王朱由俭回宫继承王位。

魏忠贤为了不让信王继位命人把他关在地窖中并让和信王长得极象的扫地阿三冒充信王想要以此来骗应星但阿三破绽太多很快被识破应星遇到了被关在地窖的信王俩人协力成功逃脱丽娘被应星的真心诚意所感动终于原谅了应星再度与他重修旧好

信王奉旨进宫继位客印月带着怀有野种的八个宫女强加阻挠客印月誓要杀了应星等四人护子心切的魏忠贤在关键时刻提醒了应星才免去了一场劫难并且在酸秀才的帮助下信王很容易就找到了客印月做假的证据

信王顺利登基应星气不过那酸秀才什么也没做就混了一官半职，而自己为两位皇帝都做出了汗马功劳，但什么都没得到。心中郁闷不堪。应星拒绝了信王的封赏后与母亲和丽娘准备回杭州安静地开和芳斋。回去途中碰巧遇到被发配的魏忠贤，父子俩第一次好好地聊着。应星也终于知道了救他们于危验中的神秘人就是自己父亲，也许是天意。魏忠贤最终竟被儿子做的糕团噎死。一段孽债终于了却了。