結人與那歧，兩人士氣高昂地迎來入伍怪伐隊的日子。另一方面，重經常夢到奇怪的夢境…。入伍沒多久，街道上出現了怪異，年幼的少 女暴露在危險之中；此時被命令帶機的結人…。

鏡花小隊與賽特小隊，舉辦迎新共同特訓會，此時，不知為何重對結人猛烈攻擊。結束特訓沒多久，下達了出動命令；根據直見的超腦力，預知到重即將面玲危機的未來…。

執行任務途中，胸口被擊中的直見發生了變化。因此產生動搖的結人和重，在尚未得到喘息前又被下達了出擊的任務。然而在現場迎面而來的是，令人意外的場面。

不分緣由，結人一行人與同伴們之間突然打了起來。其中，那岐做出了許多奇妙的舉動。結人和重，被突如其來的異空間吸入，眼前出現的是異樣的景象。

蘇芳市區的超腦網路斷線，怪異橫行於街道，國家呈現混亂狀態；其叛亂首謀卡連，對新日向國民說明他叛亂的理由。結人接受命令，出發保護身為評議會議長的父親條，被捲入了最糟的事態。

鏡花小隊的重一行人，在荒廢的岐高速運輸公路上醒來；但，場景似乎有些奇怪。重，從某個人口中，解開了至今發生的不明事件，並得知了令人震驚的事實。

結人感到身體有所異狀，因此到怪伐軍醫院檢查；在那裡發現行蹤不明的那歧。一夥人追著那歧，來到怪伐軍醫院舊館，那裡是過去與結人有緣的場所。

結人試著說服那歧一起回去，此時，發生了令人難以預料的事。結人從吹雪口中得知舊怪伐軍醫院的秘密；另一方面，重為了見到直見，而前往怪異特異生命研究設施。

結人一行人正在執行搜尋怪罰軍逃脫兵的任務，此時，他們一同抵達特異生命研究設施。再次重逢的重和結人，兩人的立場早已大不相同。

結人一行人為了得到那岐記憶資料，再次來到舊怪伐軍醫院。另一方面，科學證明了結人與岐之門的關聯性，重再次意識到50年後的結人所說的話是事實。重猶豫不知道下一步該怎麼走。此時，鏡花提出了個建議。

為了知道救怪伐軍醫院的秘密，結人被迫成為反叛者。另一方面，重為了救直見，另尋其他方法。身處兩地的人馬，同時煩惱著，是否前往信仰月球的宗教自治區渡月。最終，兩人在渡月會遇見什麼呢…。

在渡月，結人小隊得到新日向建國及岐之門等相關衝擊情報，大家都對於這難以置信的情報感到疑惑。另一方面，重在朦朧的意識中，回想起自己的身世；同時，也想起幼時愛慕著母親的記憶。

結人小隊的腦，險些被渡月的主電腦貝比奪走；重小隊遇到強力追兵，進行了一場戰鬥。兩小隊許久不見，共享彼此找到的情報；然而，聽到各種難以相信的事實之後，陽炎突然說出更驚人的話。

從陽炎的口中得知，斷絕之帶與怪異的真面目，以及為何會誕生紅色繫線的原因。眾人理解必須阻止渡月的企圖，結人和重終於擁有相同目的。

為了阻止渡月的企圖，結人小隊回到蘇芳；然而那岐，卻在蘇芳等帶著結人。經過一場激鬥後，結人及其同伴們，終於知道兩千年來皇家的使命。

界人為了達成皇家使命，及面犧牲國民性命也在所不辭。結人一行人為了公開此言論影片檔案，而前往荒吐神。另一方面，重一行人正與利用從人類變成的怪異的怪伐軍對抗；此時，出現了第三方勢力。情勢發展成三方對立了。

知道愛麗絲發生何事的卡連，為了奪走紅色繫線，而來到結人身邊。結人小隊一行人與之對戰，然而卡連的力量壓倒性獲勝。另一方面，人民知道界人後，蘇芳京開始陷入混亂。

吹雪得知卡連，為了拯救愛麗絲而發動了紅色繫線後，開始跟結人一行人訴說與卡連的過去。那是吹雪、卡連、愛麗斯三人的溫馨回憶；也是這一切悲劇的序章。

陽炎告知大家，是自己殺了條皇。結人聽聞後，與他戰鬥同時得知條皇過世的真相；結人再次感受條皇在自己心中的分量。之後，結人一行人為了阻止渡月的企圖，而入侵了貝比；此時出現的人物，讓結人和重瞠目結舌。

眾人抵達貝比最深處，但卻無法從貝比中找出與岐之門相關的資料；重為了尋找結人死亡以外的解決方法，穿越時空來到某人身邊。

為了解開最後一個維度糾纏，結人與界人見了面。面對為了實現八雲宿願而想奪取結人腦部的界人，結人告知界人自己心中毫無虛假的的想法。結人的話語，能傳達給界人嗎？

結人一行人，為了解開最後的維度糾纏，來到可能是卡連沉睡的皇陵中；在那裡看到的是異樣的空間。而出現在眼前，戴著面具的男子，是卡連，還是八雲呢？

被一心解救愛麗絲的想法所支配的卡連，為了得到腦力紅色繫線而襲擊重和結人。與最強超腦力者卡連的戰鬥開始…。

結人一行人，消除最後的糾纏的同時，也嘗試著消滅斷絕之帶，但須要讓自己的腦與荒吐神連結。大家將希望託付給結人他們，大家抵抗著強烈的痛苦，並持續與世界命運抗衡。

岐之門與斷絕之帶消滅後，過了許久，結人和重，各自踏上不同的道路，心情雀躍地走向他們開創的未來。