괴이 토벌군 입대일을 맞은 유이토 스메라기와 나기 카르만는 서로 사기를 북돋우다. 반면 카사네 랜들은 자주 꾸는 기묘한 꿈을 걱정했다. 입대하자마자 도시에는 괴이가 나타나고 어린 소녀가 절체절명의 위기를 맞는다. 유이토는 대기 명령을 받는데…….

유이토의 어린 시절 구세주에 대한 기억이 되살아난다. 비번인 유이토와 나기는 나오미와 카사네와 마주친다. 시란에서 뭔가 진행되고 있는데...

나오미에게 뭔가 끔찍한 일이 일어나고, 그녀의 동료들은 멍하고 혼란스러웠다. 그들에게 조용히 하라고 할 때 더 많은 것이 있다는 것은 분명하다. 카사네는 유이토에게 충격적인 비밀을 누설하고, 세토와 교카 소대는 뜻밖의 적과 맞닥뜨리게 된다...

카렌의 계략은 새로운 위협이 닥칠 때까지 동료들 간의 싸움으로 이어지며...유이토와 회사는 카렌의 동료에 대해 알게 되면서 그들의 상처를 이야기 하게 된다..

카렌의 반란이 힘을 얻으면서 유이토와 뉴히무카에게 충성하는 세력들은 어려움을 겪게 된다. 후부키는 충신들의 무리를 지휘하고 유이토에게 그의 아버지가 무사한지 확인하라고 명령한다. 카렌은 공개적으로 동기를 밝히고, 유이토는 충격적인 만남을 갖게 된다.

카사네와 교카 소대원들은 황폐한 고속도로 아래 에서 눈을 떴다.하지만 뭔가 심상치는 않다...카사네는 거기서 한 인물로부터 지금까지 일어났던 일의 수수께끼를 푸는 놀라운 사실을 듣게 된다..

몸에 이상을 느낀 유이토는 괴이 토벌군 병원으로 간다.., ㅡ 나기 카르만을 따라 일동은 괴이 토벌군 병원 구관으로 향한다, 그곳은 유이토와 도 인연이 있는 장소였는데...

함께 오도록 나기로 설득을 시도하는 유잇입니다.그런데 그때 예기치 못한 사태가 벌어집니다.유이트가 후부키로부터 구 괴벌군병원의 비밀을 전해받는 한편, 까사네는 나오미를 만나기 위해 특이 생명연구시설로 향합니다.

괴벌군 이탈병들을 수색하는 임무를 맡은 유이트대. 그중 일동은 특이 생명연구시설에 도착합니다.카사네와 해후하는 유이트였지만 두 사람의 입장은 크게 달랐습니다.

우리 유이트들은 나기들의 기억 데이터를 구하기 위해 다시 구 괴벌군 병원으로 향합니다. 한편 까사네는 유이트와 굴나도 게이트의 연관성이 과학적으로 나타나면서 다시 한 번 50년 후 유이트의 말이 사실임을 깨닫게 됩니다. 가야할 길을 잃은 까사네. 그럴 때 쿄우카에게서 한 가지 제안이 이루어집니다.

토게츠로

Yuito and Kasane try to flee Togetsu with their platoons. Kyoka attempts to thwart Kasane's escape. Yuito's platoon learns of Kasane's past and why she tried to kill him. Kagero's past comes to light, and he confirms Togetsu's story about the moon.

Kagero provides more info on the Ark mission and explains the Extinction Belt's origin. A new threat stalks the platoons, but their escape route is even more dangerous. They must decide their next step once Togetsu's ultimate objective is revealed.

Nagi confronts Yuito's platoon. Arashi has a plan. Yuito's brother tells him the truth about their family. Yuito prepares to expose New Himuka's agenda. Kasane's platoon receives shocking news as they prepare to approach Seiran's leadership.

Suoh prepares to deploy Naomi, Alice, and the rest of the human-derived Others. Kasane's platoon rushes to stop them. Yuito's platoon ventures into Arahabaki to broadcast the secretly recorded video to the public. Karen uses his Brain Eater power.

After stealing Kasane's power, Karen sets his sights on Yuito's. Yuito's broadcast triggers unrest. Yuito's platoon hatches a plan to save him. The New Himukan government orders a lockdown. Fubuki escapes, but will he reach Yuito in time?

Fubuki and Yuito's platoon exchange info. Fubuki recounts the past he, Alice, and Karen share and explains what happened to Alice and why Karen is taking desperate measures. Yuito's platoon forms a plan to stop Togetsu. Kagero makes a shocking confession.

Kagero explains what's behind his actions. Yuito and company learn what really happened the day Chairman Sumeragi was killed. Yuito and Kagero have a reckoning. Yuito and Kasane's platoons infiltrate Togetsu again, but little do they know what's in store.

Yuito and Kasane learn about their mother's past as their platoons continue their mission to shut down BABE. Kasane travels to the past to meet with someone who knows about the Red Strings, but when she returns to the present, she's not alone!

Yuito and Kasane spend some quality time with their mom. After she tells them about dimension entanglements and the Kunad Gate, Yuito and Kasane set off to unravel them. Will they succeed and return safely? And what is their mother not telling them?

Wakana's return to her own time doesn't have the intended result. Yuito and Kasane have a new and complex entanglement to deal with. Yuito meets Kaito for what could be the last time, but will he give him what he wants? Fubuki comes to the rescue.

All hell breaks loose when the Extinction Belt descends to a record-low elevation. Kaito resumes his post as the Others threaten to overrun Suoh. Yuito and company head into the Sumeragi Mausoleum to unravel the last entanglement.

A shock awaits Yuito and company when they confront Karen in the mausoleum. Can they convince him to help? Yuito and Kasane deal with their regrets over what happened to Nagi and Naomi, and they must take drastic measures in an attempt to save the world.

Yuito and company try to convince Karen to help save the world. A bold plan is hatched to kill two birds with one stone, but is Yuito up to snuff? Karen makes a fateful decision to try one last time to travel back to the past and change the future.

Yuito begins a new journey, and Kasane is tasked with a new mission. Promotions and new challenges await their comrades. But as they each go their separate ways, will anyone remember Karen's sacrifice or that he even existed?