Shiina Amo, ein Junge im unterdrückten Japan, findet im Wald eine KI. Zusammen mit ihr gelingt es ihm, eine alte Waffe zum Leben zu erwecken. Doch das Militär ist ihm bereits auf den Fersen und hält seine Freunde als Geisel.

Amo und Gai gelingt die Flucht, doch nun werden sie vom Militär gesucht. Während Gai sich im Schlafzustand befindet, lernt Amo auf der Suche nach etwas Essbarem einen alten Bauern kennen. Doch Verfolger sind bereits unterwegs …

Amo wird von seinem Retter zum Camp einer Widerstandsgruppe gebracht und gefragt, ob er sich anschließen will. Doch er zögert. Der letzte Kampf hat ihn verängstigt zurückgelassen. Doch in Kürze muss er seine Entscheidung treffen.

Amo begibt sich in Risas Heimat und wird dort von ihren alten Freunden empfangen. Doch nach einer Protestaktion werden einige von ihnen vom Militär festgenommen und zum Tode verurteilt. Was wird Amo tun?

Amo und Gashin begeben sich in die nächste Stadt, um Vorräte einzukaufen, doch geraten in ein Gefecht zwischen der asiatischen und der ozeanischen Armee. Die japanischen Anwohner sind in Gefahr. Wie können sie ihre Sicherheit gewährleisten?

Hauptmann Watt rückt mit einer kleinen Eliteeinheit aus, um Ghost zu konfrontieren. Er glaubt an die Überlegenheit bemannter Maschinen. Währenddessen treffen Amo und die anderen im Hauptquartier Yatagarasus ein.

Amo und die anderen begeben sich in ein verlassenes Dorf, in das eine japanische Familie geflüchtet ist. Zusammen mit dem Widerstand wollen sie den Leuten helfen, hier dauerhaft leben zu können. Amo lernt, dass es im Widerstand nicht nur ums Kämpfen geht.

Gashin trifft einen alten Bekannten, der für ihn wie ein Bruder ist. Es stellt sich heraus, dass dieser eine autonome Stadt nur für Japaner gegründet hat. Er lädt Gashin zu sich ein, doch schnell merkt Gashin, dass nicht alles so rosig ist, wie es scheint.

Amo und die anderen begeben sich nach Tohoku, um einer anderen Widerstandsgruppe zu helfen. Diese wurde bereits stark dezimiert und wird nun vom Feind umzingelt. Zu allem Überfluss sind überall Sensoren installiert.

Amo und die anderen können endlich ein wenig verschnaufen. Bei einer Einkaufstour trifft Amo zufällig auf Brad Watt vom nordamerikanischen Militär. Dieser ist fest entschlossen, Ghost mit allen Mitteln in die Finger zu kriegen. Was wird Amo tun?

Amo und die anderen begeben sich zu den Oki-Inseln, um Ghost zu konfrontieren, während die anderen vom Widerstand sich um die Evakuierung der Anwohner kümmern. Doch schnell wird klar, dass Ghost sich abermals weiterentwickelt hat.

Amo und die anderen setzen alles daran, Ghost in die Enge zu treiben, doch Ghost scheint ihnen in jeglicher Hinsicht überlegen zu sein. Dann schlägt Gai vor, Kenbus Limiter zu entfernen. Doch in diesem Zustand können sie nur kurz kämpfen. Wird das reichen, um Ghost zu besiegen?

Acht Monate sind seit der letzten Schlacht vergangen und viel hat sich verändert. Die Japaner leiden sehr unter dem Vorrücken der nordamerikanischen Armee. Um Geflüchteten zur Evakuierung zu verhelfen, müssen Shion und Gashin erneut kämpfen, doch der Feind ist klar im Vorteil …

Nach acht Monaten ist Amo endlich wieder mit Shion und Gashin vereint. Doch aus irgendeinem Grund scheut er sich davor, ihnen zu verraten, was in dieser Zeit passiert ist. Währenddessen klärt Misuzu die anderen über die Ereignisse mit Brenzon auf.

Brad Watt wird in den Kampf geschickt und kann Ghost zum ersten Mal in der Praxis testen. Doch sein Gegner ist Alexei Zelenoy, ein äußerst begnadeter Kommandant. Währenddessen wächst Gashins und Shions Frust über Amos Verschlossenheit.

Amo erzählt den anderen endlich, was in der Zeit vorgefallen ist, die er weg war. Dabei wird klar, dass er sich für ein Geschehnis große Vorwürfe macht.

Amo und die anderen treffen sich mit einem Mann, der ebenfalls einen einsamen Kampf kämpft – als Vorsteher eines geheimen Schutzgebiets für Japaner. Doch der Vormarsch der nordamerikanischen Armee stellt plötzlich eine unmittelbare Gefahr für das bisher friedliche Randgebiet dar.

Amo und die anderen verfolgen einen streng geheimen Plan, von dem Gai & Co. auf keinen Fall Wind bekommen dürfen. Doch all die Geheimniskrämerei spornt die KIs nur noch mehr an, der Sache auf den Grund zu gehen. Was hecken die anderen bloß aus?

Yatagarasu erreicht ein Vorschlag von Eurasien, Asien und Ozeanien, die im Angesicht der nordamerikanischen Bedrohung eine Kooperation planen. Dies könnte eine große Chance für ein neues, autonomes Japan sein – doch es gibt mehr als nur einen Haken.

Kurz bevor die Verhandlungen losgehen, wird Roy Walker opfer eines Attentats und Amo und die anderen werden in einem Hotelzimmer festgehalten. Wer steckt hinter dem Angriff? Und was führt Brad Watt im Schilde?

Amo und Alexei Zelenoy sind zusammen auf der Flucht, doch das nordamerikanische Militär verfolgt sie ohne Erbarmen. Masaki, Shion & Co. eilen ihren Freunden zur Hilfe, doch der Feind hat sie bereits umzingelt …

Die Nordamerikaner bereiten alles für die Offensive auf Hokuriku vor und auch das neue Japan und seine Verbündeten sammeln ihre gesamten Streitkräfte. Die entscheidende Schlacht steht kurz bevor.

Die alles entscheidende Schlacht beginnt. Amo, Gashin und Shion kämpfen an drei Fronten. Wie erwartet taucht auch Ghost auf, doch da Gashin und Shion aufgehalten werden, muss Amo sich ihm allein stellen …

Der Kampf spitzt sich zu und es sieht nicht gut für das neue Japan und seine Verbündeten aus. Doch im entscheidenden Moment hat Misuzu die zündende Idee. Währenddessen setzen Amo und Gai im Kampf gegen Brad Watt alles aufs Spiel …