해외에서의 처참한 임무에 이어, 해군 특수 부대의 제임스 리스 소령은 작전에 대한 상충되는 기억과 자신의 책임에 대한 의문을 품은 채 집으로 돌아온다.

리스는 첫 표적을 발견하고, 벤에게 도움을 청한다. 리스의 정신 건강이 이상을 보이는 가운데, 케이티와 리스는 답을 찾기 위해 불안하지만 상부상조를 위해 협력하기로 한다.

리스는 복잡한 음모 속으로 더 깊이 빠져들고, 리스트에 새 이름을 추가한다. 한편, 국방부 장관인 로레인 하틀리는 특수 요원을 돕기 위해 극단적인 정책 정비를 공표한다. 케이티는 리스의 뇌에 어떤 문제가 있는지 알아낸다.

최측근의 도움으로 리스는 가족을 죽인 자의 위치를 알아내기 위해 멕시코로 떠난다. 케이티는 외딴곳에서 조사를 이어 나간다. 스티브 혼은 캡스톤의 계약을 유지하기 위해 조처를 하고, 토니 라이운이 이끄는 샌디에이고 FBI 도주자 전담반은 독자적으로 행동하는 해군 특수 부대원인 제임스 리스를 좇기 위해 언쟁을 벌인다.

리스는 이 모든 것의 시초가 된 건지도 모르는 약에 대한 답을 찾아 샌프란시스코로 향한다. 케이티는 뉴벨럼에 대한 캡스톤의 계획을 터뜨리기 위해, 마이크 테데스코를 설득하려고 한다. 토니와 팀원들은 혼 주변에 있으면서 리스가 다음 표적을 죽이기 전에 리스를 막고자 한다.

리스와 가까워지면서 FBI의 수색이 강화된다. 약이 없는 리스의 심신은 증상이 악화된다. 임무에 필사적인 남자는 경찰에 둘러싸인 채, 무고한 생명을 빼앗지 않고 탈출해야 한다.

리스는 자신을 가장 크게 배신한 이들을 처치하기 위해 코로나도로 돌아온다. 가족이 살던 집에서 조각난 기억들이 떠오른다. 케이티는 기사를 마무리하기 위해 FBI에 협조한다.

리스와 케이티, 벤, 토니의 계획과 목적이 충돌하면서, 하틀리 국방부 장관의 오카스섬 자택에서 마지막 결전이 벌어진다.