太阳神炎帝带领天神义和、战神刑天和星神夸父在追杀地魔兽时，不幸倒在万年毒火中。战神刑天被杀，夸父救走刑天的儿子后羿，逃往北极冥海。邪魔从恶水中得到幽暗之灵，统治了大地上的人类。太阳神炎帝不忍人类遭受残害，联手众神建起不周仙山，到人间驱逐妖魔、治理水患。炎帝爱上了人间女子，并有了可爱的女儿精卫。西王母一直暗恋炎帝，将精卫带到瑶池抚养。炎帝遇害的真相流传着不同的版本，小精卫还不知道父亲正在经受的苦难。战神刑天临死之时，将他的神力凝聚在圣灵石中，加在儿子后羿体内。

由于天神忙于内乱，忽视了保护人类的职责，竟使大地上妖魔又起。人间有穷国遭到瘟疫的伤害，国王让巫师离洛祭祀天神，请求天神拯救爱女湘瑶公主和百姓。西王母在抚育小精卫的同时决心用自己的方法拯救炎帝。小精卫在瑶池已度过一千多年，学会了仙术神咒，是个快乐的小神仙。被天神视为邪魔的刑天遗留在人间的儿子后羿也已长大成人，成为一个猎人，在武伯的保护下，浑然不知自己身世。

西王母决心让精卫一起承担救出炎帝的重任，精卫并不能明白王母的心意，盗取了王母的神兵白虎令，独自前往炎谷。青鸟拦住了精卫，精卫用白虎令赶走青鸟，从一条暗道闯进充满危险的炎谷。精卫手持白虎令，终于闯到镇压炎帝的镇魔石下，却被镇魔石上的封印所困，危急万分。炎谷的镇守神火神祝融视太阳神为仇敌，和天帝走到一起，他们救出精卫，却布下了更为阴险的圈套。

白灵法师盯住了正孤身打猎的后羿，施计将其捉住。后羿体内的圣灵石已苏醒，在他遇到危险时，能自动发出神力来保护他。后羿挣脱了白灵法师的束缚，惊恐的武伯领着后羿奔向迷雾鬼林。雷神龙王被后羿的神力引到森林，想置后羿于死地。武伯为了保护后羿，牺牲了自己的生命，临死之前说出后羿是天神的儿子，让他去寻找叫做老鬼的魔怪。火神狂怒中祭起了四大神兵之一的朱雀旗，后羿陷于生死关头。

西王母和精卫也感受到朱雀旗上的太阳神力，精卫想起父亲，忍不住就要飞身前去擒杀小邪魔后羿，却被西王母紧紧拉住。西王母深知神兵互相攻击，会破坏不周仙山的天维之力，为了救出炎帝，她流着痛苦的泪，还是毫不犹豫地举起了白虎令，白虎令发出巨大的太阳之灵，将后羿从朱雀旗下救出。西王母讲出一番令精卫极度震惊的话，天帝义和才是暗害炎帝的元凶。

西王母告诉精卫，只要和后羿联合起来，就能打败义和，这也正是她救后羿的原因。精卫怎么也不愿和暗害父亲的仇人之子联手，可这又是解救父亲的唯一希望。后羿昏倒在路边，被善良的蒙大爷救回家中。将军归丁对国王宠信巫师离洛早就心怀不满，故意用得罪过国王的蒙蓬子来充当祭祀白帝的祭品，后羿自愿代替蒙蓬子。白灵法师捉住化为人间少女的精卫，两人一同被充作祭品，被推到河水中。

后羿天生具有的灵力使他挣脱束缚，他安慰着精卫，说一定会救出她，精卫没有想到仇人之子竟如此善良勇敢，但还是利用幻术暗中整治了后羿一番，弄得后羿狼狈不堪。精卫为了取得后羿的信任，与后羿一起深入白帝的洞穴。

白帝卷起浪潮，将精卫和后羿吸入水穴深处，精卫和后羿勇敢地扑向白帝。精卫以为白帝只是个小小的邪魔，能轻松打败，却不料白帝竟拥有魔界最厉害的蓝灵珠，他们中了白帝的圈套陷入蓝灵珠中，精卫失去了拥有太阳之灵的法力。但拥有圣灵石的后羿却不怕蓝灵珠的幽暗之灵。危急时刻，后羿勇敢地冲向白帝，以突发神力打得白帝措手不及。

精卫发现白帝竟是炎帝过去手下的神将，白帝却早已知道精卫的真实身份，说他吃下精卫后就能增加千年的修行，要是再吃掉后羿，得到圣灵石，他就能直接得到幽暗之灵的力量，那时他将统领三界。白帝和精卫、后羿陷入激战，精卫和后羿心心相印，打得白帝逃入洞壁。精卫趁着地魔兽冲击封印引发的地震，和后羿联手将白帝的洞府捣毁。精卫为后羿勇于除魔的力量所震撼，首次对后羿产生异样的情感。

精卫和后羿打垮白帝后，来到了岸上。后羿不停地向精卫询问着自己的一切，不想他昏摔过去。暗中保护精卫的青鸟来了，让精卫赶快带着后羿去迷雾鬼林，因为王母与龙王马上就要来了。王宫中也是一片混乱，国王认定是祭祀白帝使天神发怒了，他命令将祭祀白帝的白灵法师和归丁抓起来。白灵法师和归丁仓皇逃出城外。

白灵法师和归丁忽然发现了精卫和后羿，归丁认定是二人的逃走才使白帝发怒，引发了地震。精卫眼看一时说不清楚，又担心天神发现了后羿，就发出一道灵风咒，带着后羿从空中飞速而去。西王母和龙王也来到有穷国，后羿想杀了龙王，为武伯报仇。精卫却说这一切都是天帝造成的，武伯的死应该算在天帝头上。后羿要到迷雾鬼林中去找老鬼弄清自己的身世。

精卫带着后羿迷路在林中，他们怎么也找不到老鬼。青鸟发现了仍在迷雾鬼林的离洛，让精卫带着后羿跟在离洛身后，终于找到了老鬼的藏身之处--雾林神柱。老鬼趁精卫不备，使出迷魂咒，将精卫困在迷雾鬼林，飞身带着后羿来到郊外。老鬼让后羿远离精卫，不要信任任何天神。老鬼使出激将法，轻松精卫气走。

老鬼正准备赶走离洛，却被后羿阻止了。后羿劝说老鬼先去有穷国救人，再去冥海找夸父。精卫和西王母听着后羿的话，真希望后羿的父亲刑天没有参与谋害太阳神，她们也决心不再伤害后羿。为了教训后羿这个不听话的小主人，老鬼躲了起来，手五寸铁的后羿和离洛被归丁和白灵法师捉住了。

精卫偷听老鬼和白帝的对话，知道老鬼利用白帝来缠住她，不让她接近后羿。老鬼赶走白帝后，又化成白帝的模样，使急于讨好白帝的归丁和白灵法师将捉到的后羿、离洛拱手交了出来。老鬼故意在后羿面前说着精卫的坏话，后羿大为恼怒，他挣脱了绳索，扑向老鬼，在后羿的心目中已不能容忍任何人说精卫的坏话。

国王高兴地迎回了离洛和他们心目中的天神老鬼和后羿。为了防止后羿和夸父会合，祝融再次来到人间，不惜与白帝联手。老鬼在有穷国轻松地除去瘟疫，但对于瘟魔种在公主湘瑶身上的魔根，他一时有些为难。离洛为了心爱的公主，断然请求老鬼将毒虫移到他身上。后羿却说自己体内有圣灵石，让老鬼将毒虫移到他的体内。湘瑶苏醒了，在那一瞬间，他爱上了天神哥哥后羿。

后羿处在危急状态，老鬼拉着后羿溜出公主的寝宫，女乐官素女拦住了去路，请求天神们不要忘记人间灾难。老鬼带着后羿正准备乘乱溜走，却又被火神祝融拦住去路，老鬼带着后羿躲进王宫后花园，但后羿已发现白帝又在祸害人间，他不顾老鬼的阻挠，冲到了王宫外，体内战神的原力爆发，将狼头魔兵打得四散而逃。

精卫也现身用天雷咒将魔兵全部杀死，归丁也死在国王的箭下，只有白灵法师乘乱逃走了。精卫和后羿有久别重逢的感觉，精卫拿出瑶池玉露琼浆，刚给受伤的离洛喝下，就被一团魔力黑雾包围了。精卫驱走黑雾，却发现后羿、老鬼、公主、离洛和素女都不见了。原来是银灵子使出了迷幻术，将素女和后羿等人一起抓到他的幻境中。

精卫害怕银灵子会伤到后羿，在青鸟的帮助下闯进了幻境，与银灵子展开殊死搏斗。西王母和龙王也赶到神庙，西王母拿出神兵白虎令对准了银杏树，她要打碎银灵子的幻境，救出精卫和后羿等人。西王母正准备摧动白虎令，白虎令上却感应幻境中还有凡人，西王母不能让白虎令伤害无辜，她只得收起白虎令。龙王化为一条巨龙冲入幻境。

精卫想出绝妙主意，让众人爬在龙王的胡须上安全离开幻境。龙王回到雷泽后昏昏沉沉地睡去，精卫一行人趁机爬下龙王的胡须，但失去了灵力的众人对一望无际的雷泽束手无策。精卫说出天帝正在修炼天地无敌和金鸟，震惊中的老鬼这才明白精卫的一片苦心，但他内心总认为精卫接近后羿是有阴谋。

地魔兽当年被太阳神镇压在无极洞时，曾发过毒咒：要让太阳神的女儿落在无极洞中以换取自己的自由。银灵子和老鬼联手也对付不了地魔兽发出的魔力。地魔兽胁迫众人留下精卫，精卫看着龙王的花龙鞭脑中灵光一闪，后羿发现上面果然有一行咒文他却不认识。地魔兽要除掉离洛，素女猛扑上去，离洛得救了，素女却永远闭上了眼睛。后羿在离洛的帮助下读出了铭文，挥起苍龙鞭攻向地魔兽，封印和无极洞一起崩裂。

精卫被银灵子的痴情感动，帮银灵子留住了素女的魂魄。银灵子感激之下请求送湘瑶公主和离洛回有穷国，却被白帝盯上了。精卫也发现了白帝的踪影。她顾不上后羿，跟随着银灵子飞身前去。老鬼认为这是一个摆脱精卫的最好时机，极力劝说后羿跟他前去冥海见夸父，说只要见到夸父他就能成为天神，就能恢复他父亲刑天战神的名誉。精卫的太阳之灵竟然不能抵抗白帝。

后羿和老鬼正好在精卫最危急之时赶到了，后羿制住了白帝。水神共工也赶来了，一现身就用神兵玄武印打死了白帝。当他正准备擒拿后羿时，却被精卫拦住了，精卫说后羿不是邪魔，请求共工放过后羿。老鬼再也忍不住了，说出天帝才是暗害炎帝的凶手，而刑天和夸父为了救出炎帝，反被天帝陷害。

精卫终于见到了夸父，也见到了冰弓玄箭。夸父不愿将冰弓玄箭交给精卫使用，后羿听夸父叙述千年之前发生的一切，他为自己有这样的父亲而骄傲。精卫决心按王母的谋划行事，要拿到冰弓玄箭救出父亲。精卫和后羿之间产生了深深的恋情，为了救父亲，精卫忍住私情。夸父开启了后羿身上的圣灵石，后羿顿时感到浑身充满力量，夸父对后羿说玄箭只有10支，在与天帝决战之时，每一支玄箭都必须射中一只金鸟，不能有丝毫差错。

精卫抢走冰弓玄箭，冲出海面。青鸟接住精卫，她们向炎谷飞去。夸父救醒老鬼，带着后羿坐着鲲鹏冲出冥海，被西王母和共工挡住去路。后羿一拳就将共工击退了，然后和老鬼坐着鲲鹏追向精卫。精卫拉开冰弓将玄箭对准了炎谷，后羿恳求精卫不要射出玄箭，因为玄箭并不能熄灭炎谷里的毒火，救出炎帝。老鬼见二人相持不下，大声斥责精卫，精卫将老鬼吹进炎谷。后羿不得不松开手，精卫乘机射出手中的玄箭。

精卫一箭射出，炎谷的火不仅没有熄灭，反而烧得更旺盛。精卫惊呆了，火神祝融乘机从精卫手中夺走了冰弓，救起老鬼的后羿发现了火神的举动。他夺回了冰弓后羿，打倒火神的同时也被火神打伤了。精卫扶着昏迷不醒的后羿一时悔恨交加，西王母、共工和龙王紧随夸父向着炎谷飞来，一场天神大战拉开序幕。夸父飞到炎谷，见后羿身负重伤，他怒斥精卫。精卫却对西王母起了猜疑之心。

祝融告诉众神，发生的事情都是天帝的安排，他将和天帝用金鸟扫灭三界所有的生灵，重造天地。西王母这才知道上了天帝的当，共工和龙王知道了真相愤怒扑向祝融。金鸟的出现宛如一只巨大的太阳，天空中的两个太阳将大地变成火炉，无助的人类躲在屋中哭泣。后羿抬头向天，他暗暗焦急金鸟有十只，而玄箭只有九支，怎样才能战胜天帝呢？

祝融借助金乌强大的力量将共工、西王母击伤。为了保护后羿和众神，夸父显出法相，牺牲了全部元灵，与天帝的第一只金乌同归于尽，成为“夸父追日”的千古传说。一个蓝色人影出现在王宫，隐匿在蓝灵珠中的地魔兽现形了。地魔兽利用离洛对天神的疑心，引诱着离洛，地魔兽的魂魄进入了离洛体内。眼看湘瑶公主的鲜血就要洒落桃林，精卫及时出手救出了她。

圣灵石不仅治好了后羿的伤，还恢复了西王母和众神的灵力。后羿早已爱上了活泼可爱的精卫，他紧紧抱住精卫，沉浸在爱情的甜蜜中。离太阳神的大限之日只剩三天了，西王母要后羿立刻赶到不周仙山去，用冰弓玄箭射杀天帝的金乌打败天帝，救出太阳神。后羿却认为当务之急是杀死地魔兽，精卫支持后羿。后羿带着精卫和老鬼去有穷国擒杀地魔兽，西王母带着共工、龙王和青鸟去不周仙山监视天帝。

已被地魔兽控制了魂魄的离洛不知悔改，后羿被迫还手，和精卫、老鬼联手将离洛杀死，并打碎了蓝灵珠，但地魔兽却带着离洛的魂魄再次逃走了。后羿立刻和精卫、老鬼赶到不周仙山，众神却怎么样冲不到太阳神殿前，原来天帝用“伏魔大阵”困住了众神。后羿不忍心看到精卫悲伤的神情，他毅然挥起神刀，破解天帝布下的大阵。四大天神联手布下“天罗地网”阵，破了天帝的“伏魔大阵”。

天帝的金乌终于全部练成了，看着满天飞舞的金乌，他要用金乌毁灭违抗自己的众神。天帝的九只金乌一起出现在空中，惊恐的人们四处躲藏，众神面对金乌毫不畏惧，四大天神布下“天罗地网”阵，护住后羿，后羿拉开了手中的冰弓，只是强烈的光芒让后羿无法瞄准金乌，天帝得意地驱逐着九只金乌飞向后羿。

青鸟飞到空中挡住金乌刺目的光芒，为后羿遮出一片阴影。后羿在众神的帮助下箭无虚发，一只只金乌坠落。西王母要已成困兽的天帝关闭“天维之门”，放出炎帝。天帝的真身已和金乌融为一体，后羿杀死了金乌，如同也消灭了他的真身。天帝早已想好了退路，他盗取了火神祝融的元灵重生。眼看太阳快要落山，在不关闭天维之门，炎帝就要彻底消失在炎谷，后羿和精卫一起扑向天帝。水神共工显出真身，一只巨大的海龟冲向天帝，日光神镜也撞得粉碎，日光神镜就是天维之门。不周仙山轰然倒塌，炎帝得救了。

为了不让洪荒之灾重现人间，后羿献出体内的圣灵石。后羿将变成凡人，他已没有力量将圣灵石投下大海。精卫能将圣灵石投下大海，但邪恶之气已形成重重幽暗之障，来阻止圣灵石投下大海。精卫将自己的元灵溶入青鸟体内，化为青鸟的精卫看了一眼深深爱恋着的后羿，毅然含起圣灵石冲进层层黑雾。一只青鸟闯过迷雾，终于将圣灵石投入大海，五彩光芒驱散黑雾，照亮了大地。地魔兽被彻底毁灭了，大地上的人们得救了，众天神也得救了，精卫却永远成了一只青鸟，不知疲倦地在大海上飞翔。