니시노 재벌의 딸이자 연예인, 아카네는 중학교 납치 사건 이후 가면을 쓴 것 같이 모든 사람을 대한다. 그런 그녀에게 싫은 동급생이 있었으니, 그는 같은 반 옆자리에 앉았으면서 아카네의 이름을 늘 잘못 부르는 카게노 미노루다. 항상 자가용으로 등하교를 하던 아카네는 갑자기 운전사와 연락이 닿지 않아서 결국 걸어가게 되는데 그 자리에서 납치당하고 만다.

카게노 미노루는 어린 시절부터 동경해 온 어둠의 실력자가 되기 위해 겉으로는 평범한 학생을 연기하면서 뒤로는 각종 무술을 섭렵했지만, 인간은 진정한 어둠의 실력자가 되기에는 너무 약하다는 것을 깨닫는다. 그러던 중 트럭에 치여 사망하여 전생하게 된 미노루는 마법이 충만한 다른 세계에서 다시 태어나게 된다.

시드는 15살이 되자 바로 미드갈 마검사 학원에 입학하게 된다. 효로와 자가라는 평범한 친구도 사귀고 평범한 모브 A로서 생활한 지도 7개월이 지났다. 친구들과 장난삼아 벌칙 내기를 하고 학원에서 제일 인기 있는 알렉시아에게 고백하고 차이는 벌칙을 수행한다.

납치된 알렉시아는 이상한 남자에게 피를 뽑히게 된다. 그 남자의 목적은 알렉시아의 피를 이용해서 마신을 부활시키는 것이었다. 한편 알렉시아 납치범으로 감금된 시드는 고문을 받고, 그렇게 시간만 흐른 채 5일 만에 풀려난다. 그런 시드 앞에 알파가 나타나서 디아볼로스 교단과 기사단이 관련 있다는 정보를 전하고, 시드의 누명을 벗기고 알렉시아를 구하기 위해 준비하기로 한다. 결전의 날이 되고, 디아볼로스 교단의 아지트를 급습한 일곱 그림자와 시드. 밖이 소란스러워지자 흰 옷의 남자는 알렉시아의 피로 괴물을 만들어내고, 학대받던 괴물은 흰 옷의 남자를 죽이고 알렉시아를 돕는다.

제논과 싸우는 시드. 시드의 압도적인 실력에 제논은 교단에서 내린 약물을 삼키고 변신한다. 하지만 시드의 실력은 그 이상을 뛰어넘는다. 전생에서부터 핵을 뛰어넘고자 했던 시드는 아토믹을 시전하고 제논을 처리한다. 한편 괴물로 변한 밀리아와 싸우는 아이리스는 바로 재생해 버리는 밀리아와 고전을 펼치는데, 마침 나타난 알파가 밀리아를 해방시켜준다. 아직 배후가 다 밝혀지지 않았지만 알렉시아 납치 사건은 일단락됐고, 알렉시아도 자신의 검술을 사랑하기로 한다.

왕도에 섀도우 가든을 사칭하는 무차별 살인마가 나타났다. 아이리스는 지난번 사건에서 손에 넣은 아티팩트의 분석을 셰리에게 맡긴다. 한편 왕녀와 헤어진 시드에게 새로운 인연을 찾아주고자 효로와 자가가 나섰다. 요즘 유행하는 미츠고시 상회에서 파는 초콜릿을 사서 고백하자는 계획이다. 한창 인기몰이 중인 미츠고시에서 기다리는 시드 일행. 갑자기 시드에게 설문 조사에 협조해 달라며 직원이 다가온다. 그런데 들어간 가게 내부에서 감마가 기다리고 있는데…

지난번에 섀도우 가든을 사칭하는 자를 잡았지만, 세뇌로 정신이 망가져서 아무런 단서도 찾지 못한다. 그리고 마검사 학원 내에서 무신제 선발 검술 대회가 열리고, 효로와 자가가 시드의 참가 신청서를 낸다. 딱히 참가하고 싶지 않던 시드는 이 기회로 모브식 비기를 선보이리라 생각하고 상대인 학생회장 로즈를 상대로 모브처럼 지는 상황을 연달아 연출한다. 심판의 제지로 도중에 끝내고 나오는데 셰리가 초콜릿의 답례라며 쿠키를 건네며 친구부터 시작하자는 말을 꺼낸다. 셰리와 친구가 됐지만, 그녀가 학술 학원 부학원장의 딸인 것을 알고 거리를 둔다. 시간이 지나 학생회 선거를 앞두고 설명회를 하는 도중에 갑자기 섀도우 가든을 사칭하는 침입자가 나타난다. 침입자에 맞서 싸우는 로즈, 하지만 마력을 사용하지 못하고 공격을 당한다.

마검사 학원을 점령한 교단에게 로즈 대신에 죽임을 당한 시드. 범인들은 학생들을 대강당으로 모으고, 10분 뒤 되살아난 시드는 모브식 비기 10분간 하트 브레이크를 선보일 수 있어서 만족한다. 교단 범인들의 움직임을 보며 어둠의 실력자, 섀도우로 등장할 시기를 잡는 시드. 그러는 중에 아티팩트를 들고 도망가는 셰리를 도와준다. 그리고 마력을 방해하는 물건이 탐욕의 눈이라는 아티팩트이고, 셰리가 가진 아티팩트로 제어할 수 있다는 것도 알게 되는데…

지난번 사건으로 인해 학원이 반파되어 이른 여름방학이 시작됐다. 시드는 집에 돌아가도 딱히 할 일이 없어 숙소에 남게 되는데 마침 알파에게서 편지가 온다. 시드는 모브답게 성지 린드블림에 3등 차량으로 가려 했지만, 역에서 로즈를 만나게 되면서 로즈와 함께 열차 여행을 하게 된다. 신성교의 성지 중 하나인 린드블림엔 여신의 시련이라는 것이 있다. 시드뿐만 아니라 알렉시아도 여신의 시련을 위해 린드블림으로 향하게 된다. 먼저 도착한 알파는 이미 집행인에게 처참하게 살해당한 대주교를 보게 된다. 그리고 계획은 다음 단계로 변경된다.

린드블룸에 도착한 알렉시아. 교회의 주교 넬슨은 대주교 살해 사건을 빌미로 감사를 거부한다. 수상한 상황은 많지만, 알렉시아는 어쩌지 못한다. 그러는 중에 여신의 시련이 시작되고, 알렉시아와 로즈, 그리고 베타는 귀빈석에서, 시드는 일반 관람석에서 여신의 시련을 관람한다. 수많은 도전자 중에서 고대 전사를 불러낸 것은 한 명밖에 없는 상황. 날은 저물고 여신의 시련도 끝나 간다. 그런데 마지막 도전자로 시드가 불린다. 고민하던 시드는 결국 섀도우로 변신하고 난입하듯이 나타난다. 그리고 재앙의 마녀, 아우로라가 섀도우의 상대로 나타난다.

섀도우가 아우로라와의 싸움에서 이긴 뒤에 나타난 거대한 문이 시드를 따라다닌다. 시드는 어쩔 수 없이 문 안으로 들어가고, 거기서 아우로라를 만나 탈출하기 위해 마력 핵을 부수러 중심을 향해 간다. 한편 귀빈 관람석에도 거대한 문이 나타나고, 뒤이어 나타난 알파 일행도 그 문 안으로 들어간다. 문 안은 성역으로 이어져 있어서 그 안에는 각자의 기억이 잔재해 있었다. 그리고 영웅 올리비에의 기억으로 인해 교단이 자행한 실험의 실체와 목적이 밝혀진다.

성역 중심을 향하던 알파 일행은 주교 넬슨의 공격을 받는다. 중심으로 갈수록 마력을 빼앗기는 일행이지만, 델타의 공격으로 주교의 분신을 모두 무찌른다. 그리고 성역에 대한 자료도 수집하여 성역을 떠난다. 한편 빠져나오기 위해 중심을 향하는 시드와 아무로라는 여러 기억을 깨트리며 앞으로 나간다. 결국 중심까지 도착했지만, 핵이 있는 문을 열지 못하는데…

올리비에에게 당하는 듯 보이던 시드는 바로 올리비에를 쓰러트린다. 넬슨은 수많은 올리비에를 꺼내서 시드를 공격하지만, 시드는 성검과 마력의 핵을 포함해 모든 것을 없앤다. 밖으로 나온 아우로라와 시드. 아우로라는 소멸하면서 시드에게 당부를 남긴다. 한편 밖에서 성역이 소멸하는 것을 지켜보던 알파는 아우로라의 정체가 마인 디아볼로스라는 것을 알아낸다. 알렉시아와 로즈 일행은 엄청난 장면을 목격하고 힘을 키우기 위해 협력하기로 한다.

드디어 무신제가 시작된다. 전 세계에서 모인 실력자 사이에서 어둠의 실력자로서 몰래 참가하기 위해 시드는 감마의 백화점에 간다. 감마의 백화점에서 시드는 변장 도구를 받고, 지미네 세넨으로서 무신제에 참가하게 된다.

약한 모습으로 눈에 띄지 않게 예선을 통과하는 시드. 그러는 중에 로즈가 약혼자 도엠 케츠해트를 찌르고 도망갔다는 소식을 듣는데…

시드는 지미나 세넨으로 변장하여 예선을 이겨 나간다. 안네로제와 퀸턴은 지미나 세넨이 우연으로 이긴 게 아니라는 것을 눈치챈다. 시드가 원하던 대로 사람들이 지미나 세넨을 주목하기 시작하고 지미나 세넨은 본선에 진출한다.

한편 로즈가 약혼자 도엠 케츠해트를 찌르고 도주했다는 이야기는 점점 부풀려져서 퍼진다. 하지만 로즈에게 찔렸다는 도엠 케츠해트는 의외로 멀쩡했고, 아이리스에게 더는 참견 말라는 이야기를 한다. 그리고 아이리스 국왕도 마치 도엠 케츠해트에게 조정당하는 듯한데...

시드가 머무는 숙소에 누나인 클레어가 찾아온다. 클레어를 피하기 위해 로즈를 찾아나선 시드는 베토벤의 '월광'이 들리는 곳을 찾아가지만, 그곳에서 연주하는 사람은 입실론이었다. 입실론에게 로즈가 지하 어딘가에 있다는 말을 듣고 찾아나선다. 그리고 알렉시아와 베타도 로즈를 찾기 위해 지하 미로로 들어섰다.

한편 도망치는 로즈는 사건이 일어난 날을 회상하며 자신이 제대로 처신했는지를 자책한다. 그리고 모든 것을 포기하려던 순간에 멋진 피아노 연주와 함께 나타난 섀도우에게 힘을 얻는다.

시드를 찾아온 클레어는 무신제 본선을 특별석에서 관람하라고 명령한다. 특별석에서 아이리스 옆에 앉게 된 시드는 지미나 세넨의 평판을 확인한다. 드디어 지미나와 안네로제의 시합에서 지미나는 안네로제를 가볍게 이긴다.

한편 도엠은 아이리스 옆에서 동향을 살피면서 지미나 세넨의 뒷조사를 맡긴다. 시드는 무신제의 결말을 어떻게 지을지 상상하면서 숙소로 돌아가는데…

무신제 결승전이 펼쳐진 가운데 도엠 케츠해트는 오리아나 국왕을 이용하여 미드갈 왕을 암살할 계획을 세우지만, 마침 나타난 무신 베아트릭스로 인해 계획이 틀어진다. 드디어 맞붙게 된 아이리스와 지미나 세넨. 아이리스는 지미나에게 지고 만다. 그리고 나타난 로즈는 도엠 케츠해트를 향해 검을 드는데…

자결하려는 로즈를 막고 섀도우는 베아트릭스와 대결한다. 그리고 지미나 세넨이 섀도우라는 것을 안 아이리스도 대결에 합세한다. 하지만 아이리스와 베아트릭스는 섀도우를 이길 수 없이 무력감만 느끼고 무신제는 끝난다. 살아남은 로즈는 알파의 제안으로 섀도우 가든에 들어가게 되고, 모든 이름과 지위를 버리고 666이라는 이름을 부여받는다.