머나먼 옛날, 전쟁이 있었다. 피괴신의 힘에 맞선 '세븐나이츠'라고 불리는 영웅들은 인간 세상을 존속시키는 데에 성공했다. 시간이 흘러 파괴신을 숭배하는 교단 '퓨시스'는 과거에 이루지 못한 '구제'를 이루기 위해 파괴의 괴물들을 세상에 풀어놓았고, 사람들은 그 위협에 잡아먹히고 죽어 나갔다. 퓨시스에 맞서기 위해 고대의 영웅들을 자신의 몸에 깃들게 해 싸우는 '세븐나이츠'의 파리아라는 소녀는 마수의 습격을 받아 불타 없어져 버린 마을에서 네모라는 소년과 만났다. 위기 가운데서 각성한 네모의 힘. 그것은 파리아조차 놀라게 했는데.

'그랑시드 학원'. 위대한 종자라고 불리는 이 학원이야말로 영웅을 자신의 몸에 깃들게 해 싸우는 소년 소녀들을 길러내 파괴의 군세와 대적하게 하는 곳이다. 세븐나이츠의 일원인 파리아의 안내를 받아 그랑시드 학원에 찾아온 네모는, 피지스를 증오하는 소년 검사 죠 츠루기와 만나게 되었다. 죠는 파리아가 네모를 세븐나이츠의 일원으로 받아들이려 하는 것에 반대했고, 개성 넘치는 세븐나이츠와 만남으로써 네모 또한 바뀌기 시작했다. 하지만, 어둠의 마수는 그런 평화로운 학원 생활을 집어삼키려 하고 있었는데.

드디어 세븐나이츠의 일원으로 인정받기 시작한 네모. 하지만, 길던을 구해내는 데 치러야 했던 대가는 컸다. 바닥에 쓰러져버린 그를 파리아가 헌신적으로 간호했다. 어째서 길던은 파괴의 힘에 끌려들어 포제션을 하고 만 것인가. 네모는 과연 누구인가. 평화로운 일상 가운데 세븐나이츠들의 마음속에는 수많은 생각이 스쳐 지나갔다. 한편, 파리아가 몰래 기르고 있던 고양이가 도망쳐 어찌어찌 네모와 파리아가 고양이를 잡기 위해 고군분투했는데.

네모가 이름을 말할 수 없는, 그의 몸에 깃든 영웅에 대해선 아직 그 진실의 일부도 알지 못한 상황이었다. 그런 가운데 흡혈귀에 의해 선도부 위원들이 차례로 습격당하는 사건이 발생했다. 네모는 분노에 휩싸인 셜리에게 협력하고자 했으나, 셜리는 네모의 협력을 거부하고 어디까지나 혼자서 사건을 해결하려고 했다. 하지만 암약하고 있던 흡혈귀는 그런 셜리를 노리고 있었는데.

가레스는 홀로 지금까지 일어났던 사건들 사이의 연결점을 찾고 그 배후에서 꿈틀거리는 음모를 밝혀내려 했다. 도서 위원인 클레어는 그런 그의 도움이 되고자 했으나 겉돌기만 할 뿐이었다. 한편 학원 축제가 다가오면서 그랑시드는 축제 분위기에 들썩였다. 세븐나이츠 일동들은 연애 이야기로 달아올랐는데, 가장 뜨거운 화제는 학원 축제의 마지막에 이루어지는 페어 댄스였다. 누가 누구랑 춤추게 될 것인가가 그들의 관심거리였고 여기에는 네모도 예외가 아니었다. 여기서 셜리가 댄스 파트너로 네모를 지명하면서 분위기는 한층 더 고조됐는데.

구도서관의 저주로 인해 목숨을 잃게 된 클레어. 하지만, 피지스와의 싸움은 이렇게 한 사람의 목숨이 사라지는 것에 대해 사정을 봐주지 않았다. 화산 지대에서 대규모 마술 재해를 일으키려 하는 피지스에 대해서 이사회는 전면 출격을 명했고, 어른들의 말에 따라서 학생들을 전장으로 이끌어야 하는 파리아는 고뇌했다. 피지스의 기지에 돌입한 파리아 일행을 막아선 것은 세 명의 전사들. 그들은 그랑시드의 학생들처럼 영웅과 계약해 그 힘을 끌어낼 수 있는 계약자들이었는데.

파괴의 힘에 삼켜져 이성을 잃어버린 채 네모 일행의 앞길을 막아선 전사들. 물질세계의 질서를 파괴하기 위해, 대륙의 질서를 수호하는 은의 모래시계를 파괴해 온 제르만의 야망은 거의 이루어지려는 것처럼 보였다. 하지만, 영웅의 진정한 힘을 다룰 수 없고 서로 연계도 취하지 못하는 세 명의 인조 계승자들에 대항해 네모 일행은 세븐나이츠의 팀워크로 맞섰는데.

제르만과의 최후의 결전에 돌입한 세븐나이츠들. 영웅들의 힘을 빌려서 싸우는 소년 소녀들에 맞서 제르만은 자신이야말로 이 시대의 영웅이라고 큰소리치며 그 압도적인 힘을 선보였다. 버리는 말로 사용되었다는 걸 깨달은 레다 또한 영웅 아일린의 힘을 빌려 제르만에게 맞섰다. 한편, 가레스는 소피티아로부터 구도서관에 얽힌 비밀을 듣고 클레어의 죽음에 얽힌 진상을 파헤치려 하고 있었는데.

구도서관의 저주를 해방시킨 용의자로서 감옥에 갇히게 된 네모. 그 모습에 파리아 일행은 충격을 받았지만, 가레스가 제기한 의혹에는 빈틈이 없어 보였다. 네모는 자신이 인공적으로 만들어진 생명체이며 살기 위해 피지스에서 도망쳐 나온 과거를 말하기 시작했다. 사람인 척을 하면서 만들어진 미소를 지으며 그저 살아온 자신의 이야기를. 파리아는 유노미아와 얘기를 나눈 후 구도서관의 진실에 다가가려 했고, 그곳에서 시간의 서와 마주한 그녀는 숨겨진 과거를 찾아 네모와 만났던 마을로 향했는데.

파리아 그리고 레다의 협력을 얻어 그랑시드 학원에서 탈출한 네모는 자신이 무엇을 해야 하는지, 무엇을 원하고 있는지 다시 한번 궁리했다. 그가 찾아낸 해답은, 자신의 소중한 것을 지킨다는 것이었다. 육체가 구도서관의 저주에 잠식된 파리아는 자신의 목숨을 걸고 네모와 함께 싸울 것을 맹세했다. 한편, 그랑시드 학원에서는 저주의 힘이 해방되어 대륙 전체에 재앙을 초래하려 하고 있었다. 재앙을 막기 위해 강하한 네모의 앞을 막아선 건 그의 둘도 없는 친구들이었는데.

소피티아가 그 광기에 찬 야심을 드러냈다. 그녀가 말하는 구제는 모든 생명체의 죽음이었다. 파괴신의 화신으로 변화한 소피티아의 공격에 그랑시드 학원이 불길에 휩싸이는 가운데, 각자의 결의와 함께 일어선 세븐나이츠들. 그들은 소피티아를 막기 위해 달리는 네모와 파리아를 돕기 위한 최후의 싸움에 임했다. 모든 것은 구해야만 하는 것을 구하기 위해. 원하는 것을 이루기 위해.