Shinpei tiene un sueño en el que su amigo de la infancia, Ushio, le dice que proteja a su hermana Mio. Cuando se despierta en el ferry, accidentalmente cae en los senos de una mujer. Shinpei viaja a su casa en la isla de Hitogashima para el funeral de Ushio. Sou, otro amigo, revela que Ushio se ahogó salvando a la joven Shiori.

Shinpei se convence a sí mismo de que fue una pesadilla. Sin embargo, al llegar a la isla, descubre que el día transcurre exactamente como antes y nota el sonido de una cámara en el funeral de Ushio. Esta vez, Shinpei está presente cuando Mio mira fijamente la casa, y cuando llega Tetsu, la ve asesinar a Tetsu, lo que hace que se dé cuenta de que ella es Shadow Mio, y reemplaza el cadáver de Tetsu con un Shadow Tetsu.

Mio decide que deben salvar a Shiori. En la casa de Shiori, Shinpei encuentra montones de polvo que prueban que los padres de Shiori fueron asesinados después del funeral, y que Shiori, quien asistió al funeral, era Shadow Shiori, lo que sugiere que Shiori había sido asesinado antes de que Shinpei llegara a la isla. Intenta rastrear a la mujer desde el ferry, pero no tiene éxito.

Shadow-Mio desaparece y la mujer se presenta como Nagumo Ryuunosuke, quien está allí para salvarlo. Ella revela cómo diferenciar a las Sombras de los humanos; ya que su verdadera forma es la sombra plana en el suelo y no el cuerpo falso sobre ella. Shinpei se apresura al santuario y encuentra a todos asesinados por una Sombra Gigante. Giant-Shadow identifica el ojo de Shinpei como el ojo de su Madre, que controla el tiempo.

En este rebobinado, se revela que Nagumo llegó a la isla ya consciente de la presencia de las Sombras. El sacerdote de la isla, Karikiri Masahito, la saluda en el funeral como Minakata Hizuru, revelando que creció en la isla.

Nagumo le revela a Shinpei que Shadow asesinó a su familia hace 14 años, lo que la obligó a abandonar la isla y cambiar su nombre, y luego publicó una serie de libros sobre la experiencia. Nezu revela que si una Sombra que ha copiado a alguien muere, esa persona nunca podrá volver a ser copiada. Nagumo va a la casa de Shiori para matar a Shadow-Shiori y sus padres Shadow.

Sorprendido, Shinpei nota que Shadow-Ushio apareció mucho antes de lo normal. Ella recuerda el bucle anterior y quiere evitar todas las muertes por la resurrección de Madre. Ella se esconde de Mio en su habitación. Mientras come, él toca su sombra, que ella siente, lo que confirma que es una Sombra. Se prepara para destruirla, pero no se atreve a hacerlo. Ella accidentalmente hace desaparecer su ropa, obligándola a usar su ropa de repuesto, y descubre que no puede retirarse a su sombra como las otras Sombras. Shadow-Mio entra repentinamente y ataca, pero Ushio protege a Shinpei.

El video muestra a Ushio y Shadow-Ushio como amigos. Ushio sabía que probablemente moriría pronto y quería que Shinpei supiera que Shadow-Ushio no es malvado. Ella explica que la primera Sombra fue de Shiori y que Shadow-Ushio apareció poco después. Rastrearon a Shadow-Shiori hasta la vieja clínica abandonada de la isla que una vez estuvo a cargo del padre de Sou, Seido. Allí, otra Sombra intentó copiar a Ushio y atacó a Shadow-Ushio, hiriéndola al golpear su sombra y demostrando que ella era la copia.

Shinpei anuncia que deben regresar a la antigua clínica. Una oficial de policía llamada Miura se acerca a Mio y a su amiga Tokiko para preguntarles sobre la familia de Shiori. En la clínica, Sou encuentra botellas viejas de cloruro mercúrico, un medicamento tóxico. También descubre una estatua de madera de Ebisu, dios de los pescadores, pero como esta estatua es femenina, Shinpei se da cuenta de que en realidad representa a Ebisu cuando nació como una criatura parecida a una sanguijuela que se creía que era tanto hombre como mujer.

Nezu y Nagumo se preparan para entrar en las alcantarillas. Shadow-Shiori se les aparece tanto a Mio como a Tetsu. Como Shiori es técnicamente una niña desaparecida, Tetsu se ve obligado a seguirla. Después de matar a los Shadow-babies, Shinpei ve que la cueva está cubierta de coral y se conecta con el océano El brazo de Ushio empeora notablemente y, como la única forma de curarlo, sería copiar a Ushio nuevamente, lo cual es imposible.

Tokiko explica que Haine es Hiruko y que durante generaciones su familia la ha atendido alimentándola con cadáveres de su clínica familiar. Haine se come el cuerpo de Miura y casi se come el cuerpo de Ushio, que fue reemplazado por uno falso antes de la cremación. Tokiko revela que sirve a Haine porque prometió resucitar a su madre muerta una vez que recupere sus poderes.

Shinpei y Ushio regresan al momento en que se reveló como un viajero en el tiempo a Hizuru y Nezu. Hizuru se da cuenta de que el ojo de Shinpei, que le permite girar, está hecho de sombras y que Ushio le otorgó este poder. Deciden trabajar juntos hasta el final, para evitar el fracaso, después de lo cual Ushio les muestra sus recuerdos de bucles anteriores. Sou intenta hablar con su padre, pero Seido lo ignora. Shinpei, Ushio, Hizuru y Nezu se presentan en la casa de Kobayakawa, esperando el mismo resultado victorioso.

Shinpei y Ushio hacen un viaje a través de los recuerdos de Hizuru cuando era estudiante de secundaria, entrando y saliendo de varios encuentros que tuvo con Haine en el segundo piso de la clínica Hishigata. Hizuru y Haine se acercan gradualmente, debido a los frecuentes viajes de Hizuru a la clínica. En uno de estos viajes, Hizuru se encuentra por casualidad con Nezu, que está cazando serpientes. Él advierte a Hizuru que busque un camino menos peligroso para atravesar, pero ella persiste. Esta persistencia genera preocupación por parte de Ryuunosuke y Asako, quienes se preocupan cuando Hizuru no regresa de Koba Mart a tiempo. Deducen que esto probablemente se deba a su 'amigo' en el Monte Takanosu.

Shinpei se da cuenta de lo que pasó, que fue un error dejar a Nezu tan lejos. También se da cuenta de que el 'horizonte de eventos' lo ha alcanzado de cerca, por lo que si muere demasiado rápido, ya no podrá hacer un bucle y perderán. El grupo se prepara para hacer su parada en la escuela, justo cuando Haine, Shide y cientos de Sombras se acercan audazmente. Tokiko, Sou y Mio trabajan juntos para derrotar y capturar a Shadow-Mio, mientras que Nezu y Hizuru/Ryuunosuke acaban con grupos de Shadows. Haine y Shide persiguen a Ushio y Shinpei.

Shinpei interroga a Shadow-Mio sobre sus orígenes y habilidades de Shadows. Shadow-Mio está decidida, que ahora está de su lado. Tokiko está furiosa porque Mio fue copiada, sin que ella lo supiera. El grupo elige su próximo objetivo, capturar e interrogar a Seido Hishigata. Al encontrar la casa Hishigata vacía, se dirigen a la clínica, donde Tokiko los lleva a una entrada secreta en la morgue, conectada con la cueva Hiruko. En la cueva, encuentran la Sombra de Chitose Hishigata, estrangulando a su esposo. Ushio puede corromperla, liberándola del comando de Haine. Sou resucita a su padre, pero él no está dispuesto a hablar y le dispara a Tokiko a sangre fría. Sin embargo, se revela que Tokiko es Shadow-Mio, ya que la Tokiko real fue copiada y se quedó atrás para proteger a la Mio real.

Ushio le cuenta a Hizuru sobre los recuerdos del niño Hizuru que vieron, con la teoría de que la sección de Haine que se rompió cuando devoró a Ryuunosuke es lo que se convirtió en Ushio hoy. Ushio tiene miedo de volverse malvada como lo hizo Haine, pero Hizuru promete matarla si sucede. Mio y Shadow-Mio tienen un corazón a corazón, donde este último revela que se odian a sí mismos, por no parecerse más a Ushio. Seido le dice a Sou que su madre falleció hace años. Tokiko calma a Shinpei y le dice que se duerma ya, ya que no ha dormido desde que comenzó a hacer bucles.

Shinpei y Ushio se sientan a hablar con Karikiri, mientras los demás escuchan. Después de algunas bromas, Shinpei lo sostiene a punta de pistola y le arroja fotos de él mismo de hace décadas, revelando que Seido le ha dicho que Karikiri es en realidad Shidehiko Hishigata, fundador. del clan Hishigata, esposo de la Haine original, cuando Hiruko llegó a la isla y la copió y que en realidad es una progenie híbrida humana-Shadow que mantiene su juventud al hacer que sus recuerdos y personalidad sean copiados y colocados en un cuerpo híbrido nacido a través de concepción real con Haine cada pocos años.

Haine convoca a Shadows para atacar a Shinpei y a los niños. Sin embargo, cuando Shinpei alcanza el collar de conchas marinas de Ushio en su bolsillo, Haine se sobresalta y las Sombras se retiran. Shinpei intenta llamar a los demás, pero no hay servicio en las montañas. Mientras tanto, Haine usa el disfraz de Shinpei para llamar al grupo de Hizuru a la pequeña isla norteña de Torajima. Shinpei se da cuenta de que Haine lo ha copiado en el tercer bucle y ahora usa ese disfraz en el octavo bucle actual, cuando escucha de Alan que los demás ya han salido a su encuentro.

Hizuru es capaz de discernir a partir de los recuerdos de bucles pasados, que los objetivos de Shide pueden ser diferentes a los de Haine y trata de enfrentarlos entre sí. Ryuunosuke puede desarmar a Shide, después de lo cual Hizuru transfiere sus datos directamente a la armadura de Shide, que está compuesta por sombras vacías, lo que le permite a Ryuunosuke tomar el control de la armadura y crear su propio cuerpo. Sin embargo, sin Ryuunosuke sosteniéndola, los músculos y huesos de Hizuru reciben un daño irreparable, lo que obliga a Tokiko a saltar con sus Sombras. Mientras tanto, Shinpei y Shadow-Mio son retenidos por el otro Shide, quien revela que Sou y Mio ya fueron llevados para alimentarlos con el cuerpo real de Haine, un hecho que Shadow-Mio confirma ya que puede sentir a Mio morir. Ella decapita a Shide e intenta escanearlo, pero solo revela que el cuerpo de Shide no tiene recuerdos.

Mientras Shinpei llora a Hizuru en la playa, Seido le informa sobre el paradero de su cadáver. Shinpei insiste en que la causa de la muerte debe declararse como asesinato y comienzan a teorizar sobre la existencia del segundo Shide. Para sorpresa de Seido, Shinpei predice un rayo. Shadow-Mio ayuda a Shinpei a darse cuenta de por qué Haine y Shide tenían miedo del collar de conchas marinas, ya que Ushio almacenó sus recuerdos y lo que escaneó de Shide en él antes de morir. Como tal, Shinpei tiene una epifanía, que el Ushio original del tercer bucle, que de alguna manera se aferró a él en todos los bucles posteriores, regresaría a la playa de Omoto el día 24, el día del festival. Sou se culpa a sí mismo por no poder ayudar a Shinpei a soportar la carga de la responsabilidad. Más tarde, decide volver a contarle a Mio cómo se siente, quien nuevamente lo vuelve a friendzonear.

Shide se da cuenta de que su armadura y las Sombras atacadas por Ushio no se están regenerando, por lo que se da cuenta de que Ushio puede borrar las Sombras con solo tocarlo ahora. Después de notar las heridas que Shinpei sufrió por Ryuunosuke usando su cuerpo, ella se abalanza sobre Shide. Shadow-Mio, que estaba disfrazada como el reloj de Shinpei, la detiene y comparte el plan con ella. Haine, disfrazado de Shinpei, intenta determinar su plan, antes de decirle a Shide que evite que Shinpei se dispare. Gracias a la previsión de dos segundos de Ryuunosuke, Shinpei evita el ataque de Shide y se suicida con éxito, llevando a Ushio al siguiente bucle. Shinpei y Ushio retroceden, y el grupo sale de Guil, momento en el que Haine se siente vilipendiado por el hecho de que Shinpei realmente estableció el punto de inicio del bucle para el grupo que ya estaba dentro de la cueva de Hiruko.

El tercer Shide emerge con Haine mortalmente herido, reducido a una forma de niño pequeño. Odia a Haine, ahora inútil para su objetivo. Shinpei expresa su disgusto por Shide, quien rápidamente abre la sombra de Haine, revelando una entrada al mundo atemporal de las Sombras. Mientras salta con lo que queda de Haine, Shinpei y Ushio hacen lo mismo, decididos a evitar su objetivo final. Shinpei despierta en el mundo atemporal, separado de Ushio. Ryuunosuke toma el control de su cuerpo para aliviar su dolor y se unen durante la búsqueda de Shide y Ushio. Siguen la señal de Ushio hacia la ciudad reflejada en Hitogashima y la encuentran en medio de un colapso, rodeada de Sombras perdidas. Ushio se da cuenta de que nació de la parte de Hiruko, que originalmente era Haine, el humano original que ella copió y con el que Hizuru se hizo amigo.

Ryuunosuke agarra a Ushio del cielo, Haine nota que su cuerpo está en mal estado y ya no puede luchar. Shinpei propone que Ryuunosuke posea la armadura de Shide. Habiendo ganado una telepatía similar a la de Hiruko, Ushio les dice a Shinpei y Ryuunosuke que puede convertirse en cartuchos de escopeta que cortarían la armadura, pero necesita tiempo. Shide se sorprende por la traición de Haine y se lanza sobre ellos. Ryuunosuke, usando el cuerpo de Shinpei, puede pelear en igualdad de condiciones con Shide por un tiempo, usando copias de la escopeta y el mazo de Hizuru. Shide sacrifica uno de sus brazos derechos para darse uno izquierdo, con el fin de poder disparar de nuevo. Shide intenta alcanzar a Ushio, por lo que Ryuunosuke se ve obligado a golpearlo, rompiendo un par de dedos de Shinpei. Shide se aprovecha de esto y corre detrás de Shinpei, cortándole el brazo izquierdo en el proceso.

Shinpei se despierta en el barco con Hizuru, dejando escapar su verdadera identidad, sin saber más dónde la aprendió. Mio, Tokiko y Sou lo saludan en el muelle, donde se da cuenta de que regresó, porque Ushio lo llamó un día antes. Cuando comienzan a caminar a casa, se encuentran con Ushio y Nezu. Ushio intenta golpear a Shinpei, ya que ella todavía está enojada porque él se fue, antes de salir corriendo. Mio lleva a Shinpei a la tienda de Alan, a pesar de que la madre de Shinpei lo llama a casa, donde se encuentra con Alan y Totsumura. Shinpei va al santuario de Hito, donde se encuentran con el anciano Karikiri Iwao y su hijo. Le dicen a Shinpei que Ushio ha estado buscando su collar de conchas marinas sin parar durante dos días. Él va hacia ella y se reconcilian, después de que él encuentra y le da el collar una vez más. Hablan sobre el hecho de que ambos tuvieron el mismo sueño extraño.