Yugi sigue teniendo pesadillas recurrentes de ser atacado por un enemigo sombrío con muchos brazos. Cuando Yugi se despierta y se dirige a la escuela, se pregunta dónde podría estar su abuelo, ya que había ido en una expedición secreta una semana antes y todavía no había regresado. Joey termina ganando un viaje a la India e invita a Yugi, Téa y Tristan a venir. De camino a la India, su avión se estrella y deciden mirar alrededor del área mientras los pilotos esperan que llegue la ayuda. Se encuentran con el Dr. Alex Brisbane, un colega del abuelo de Yugi, Solomon Motto. Él le dice a la pandilla que Solomon ha desaparecido y les muestra una pirámide gigante que habían estado explorando juntos. El Dr. Brisbane lleva a la pandilla a un mapa gigante donde Joey lo pisa y desaparece. Yugi, Téa, y Tristán persigue a Joey y se encuentran transportados a otro mundo con dispositivos en sus brazos y cinturones alrededor de sus cinturas. De repente, Yugi, Téa y Tristan son emboscados por Gokibore y un Kamakiriman y se separan en el frenesí. Después de obtener Celtic Guardian y usarlo para derrotar a Kamakiriman, Yugi se da cuenta de que de alguna manera han sido transportados al mundo de Capsule Monsters.

Después de aterrizar en la cima de una montaña y ser agarrado por un Kurama, Joey escapa de una bandada de pollos Kurama en Baby Dragon. Mientras se esconde en una cueva, encuentra un cofre del tesoro que resulta contener un mapa del mundo monstruo cápsula. Mientras tanto, Yugi lucha contra un Trent con la ayuda de Celtic Guardian y su nuevo monstruo, Hinotama Soul. Tristan y Téa logran vencer a Root Water con la ayuda de Thunder Kid y Happy Lover, solo para que se convierta en High Tide Gyojin. Cuando Tea y Tristan se sienten abrumados por el monstruo, un misterioso extraño los salva ordenándole a su Summoned Skull que golpee al monstruo con un rayo.

Después de ver el rayo, Yugi se apresura a la escena. Yugi no solo encuentra a Téa y Tristan inconscientes, sino también a su abuelo desaparecido, que resulta ser el extraño que los salvó. Establecieron un campamento e intercambiaron historias sobre cómo llegaron. Joey ve a la pandilla mientras monta a Baby Dragon y pronto todo el grupo se reúne. Mientras discute cómo escapar del mundo, Yami Yugi explica que él cree que para escapar deben jugar el juego. De repente, la pandilla está rodeada de lobos de flores. Abrumados por sus números, la pandilla huye. Mientras intentan encontrar comida, escuchan lo que parece un terremoto para descubrir que están en una isla tortuga. Escapan de la Isla Tortuga cuando se hunde de nuevo en el mar y encuentran un templo en el lago y entran, donde encuentran una enorme lámpara. La Ginn emerge y ataca, junto con Neo Aqua Madoor. Para empeorar las cosas, Neo Aqua Madoor congela a Téa y Solomon. Yami Yugi intenta luchar solo para que sus amigos no salgan lastimados, pero cuando la lucha se vuelve abrumadora, Tristan y Joey lo ayudan. Yami Yugi se da cuenta de que los elementos de La Gin y Neo Aqua Madoor se debilitarán entre sí, por lo que engañan a los monstruos para que se destruyan entre sí, liberando así a Téa y Salomón. Aparece una tablilla egipcia y Salomón la traduce. "Antes de que las sombras cubran la tierra, ve a la Fortaleza del miedo. Localiza el lugar donde duerme el espíritu y aparecerá el camino que buscas". La pandilla se da cuenta de que deben llegar a una fortaleza antes de que se ponga el sol para llegar a casa, o de lo contrario se cerrará para siempre. Yami Yugi intenta luchar solo para que sus amigos no salgan lastimados, pero cuando la lucha se vuelve abrumadora, Tristan y Joey lo ayudan. Yami Yugi se da cuenta de que los elementos de La Gin y Neo Aqua Madoor se debilitarán entre sí, por lo que engañan a los monstruos para que se destruyan entre sí, liberando así a Téa y Salomón. Aparece una tablilla egipcia y Salomón la traduce. "Antes de que las sombras cubran la tierra, ve a la Fortaleza del miedo. Localiza el lugar donde duerme el espíritu y aparecerá el camino que buscas". La pandilla se da cuenta de que deben llegar a una fortaleza antes de que se ponga el sol para llegar a casa, o de lo contrario se cerrará para siempre. Yami Yugi intenta luchar solo para que sus amigos no salgan lastimados, pero cuando la lucha se vuelve abrumadora, Tristan y Joey lo ayudan. Yami Yugi se da cuenta de que los elementos de La Gin y Neo Aqua Madoor se debilitarán entre sí, por lo que engañan a los monstruos para que se destruyan entre sí, liberando así a Téa y Salomón. Aparece una tablilla egipcia y Salomón la traduce. "Antes de que las sombras cubran la tierra, ve a la Fortaleza del miedo. Localiza el lugar donde duerme el espíritu y aparecerá el camino que buscas". La pandilla se da cuenta de que deben llegar a una fortaleza antes de que se ponga el sol para llegar a casa, o de lo contrario se cerrará para siempre. así que engañan a los monstruos para que se destruyan unos a otros, liberando así a Téa y Salomón. Aparece una tablilla egipcia y Salomón la traduce. "Antes de que las sombras cubran la tierra, ve a la Fortaleza del miedo. Localiza el lugar donde duerme el espíritu y aparecerá el camino que buscas". La pandilla se da cuenta de que deben llegar a una fortaleza antes de que se ponga el sol para llegar a casa, o de lo contrario se cerrará para siempre. así que engañan a los monstruos para que se destruyan unos a otros, liberando así a Téa y Salomón. Aparece una tablilla egipcia y Salomón la traduce. "Antes de que las sombras cubran la tierra, ve a la Fortaleza del miedo. Localiza el lugar donde duerme el espíritu y aparecerá el camino que buscas". La pandilla se da cuenta de que deben llegar a una fortaleza antes de que se ponga el sol para llegar a casa, o de lo contrario se cerrará para siempre.

La pandilla encuentra un pasadizo secreto debajo del templo y termina en un cementerio. Un gran grupo de Doom vagabundos y restos de madera aparecen desde el suelo y comienzan a atacar a la pandilla. Intentan luchar contra ellos, pero se rodean y liberan más monstruos en cápsulas. Joey gana el espadachín Flame, Téa gana Dark Witch y Yami Yugi gana Kuriboh. Ellos derrotan a los monstruos y continúan a su destino. Llegan a la fortaleza pero las paredes se disparan a su alrededor con cuatro estatuas en cada esquina. La pandilla finalmente se da cuenta de que deben imitar las estatuas para poder entrar. Como Téa, Tristan, Joey y Salomón imitan a las figuras; Yugi pasa por la puerta abierta. Yugi encuentra un ataúd cubierto de jeroglíficos. Corriendo hacia adelante, el piso desaparece de repente debajo de él, causando que caiga en una habitación grande y vacía. Fuera de, cuando la pandilla se mueve de sus posiciones, las estatuas cobran vida y deben luchar contra ellas. Las paredes de la habitación vacía comienzan a acercarse a Yugi y Yami. La cápsula de Kuribo comienza a brillar y Yami lo libera. Kuribo le muestra a Yami una cápsula que debe liberar. Yami Yugi y Kuribo se levantaron de un salto y lanzaron la cápsula, que resultó ser Mago Oscuro. Fuera de la fortaleza, Yami usa a Dark Magician para derrotar a las estatuas y salvar a sus amigos; Sin embargo, el abuelo Summond Skull queda atrapado en la explosión. Los muros de la fortaleza se caen y Yugi se apresura a abrir la tumba, lo que hace justo a tiempo. La tumba revela armadura. Salomón entonces lee el siguiente enigma. "Pasa por esta puerta y tu viaje comenzará, seguirán cinco pruebas para poner a prueba tu corazón, pero te advierto que este viaje no es para los débiles, solo un verdadero guerrero puede desenterrar lo que buscas.

La pandilla es transportada a un desierto donde se encuentran con un pueblo. Una niña pequeña de la aldea los lleva a un anciano donde reciben otro acertijo y un collar en forma de pentágono, que Téa sostiene. El primer desafío de la pandilla es silenciar el susurro que monta el viento del desierto. Escuchan una voz desde afuera que les dice que se vuelvan, pero la pandilla sale al desierto para enfrentar la voz. Medusa Worms y una tormenta de arena atacan al grupo mientras intentan encontrar la voz. Debido a la tormenta, la pandilla comienza a atacarse mutuamente pensando que son gusanos de Medusa. Yami se dirige al ojo de la tormenta para derrotar el susurro. En la tormenta, un hombre enmascarado le dice a Yami Yugi que use la armadura para fusionarse con su monstruo más confiable; Yami elige al Mago Oscuro y forma una armadura dual. Cuando llega al ojo de la tormenta, Él encuentra que el susurro es realmente arena mística. Yami derrota fácilmente a la bruja pero se cansa en el proceso. Yugi se hace cargo y la pandilla discute lo que ocurrió. Un triángulo en el collar del pentágono cambia de color a rojo, lo que indica que completaron el desafío, y aparece una nueva puerta que los lleva al próximo desafío.

El grupo llega a una isla que flota sobre las nubes. Yugi se desmaya por la tensión que la armadura puso en el faraón. Llega un nuevo mensaje y el abuelo lo descifra. "La Prueba de la Luz y las Sombras: Una vez al día, la piedra que no se puede unir aparece en el Valle de la Luz. Para romper la lucha con una fuerza mayor que la fuerza física". Decidiendo darle a Yugi un descanso de salvarlos, Joey, Tristen y el abuelo se dirigen a completar el desafío solo. Ellos encuentran la piedra, pero pronto tienen que luchar contra Prisman para romperla; Tristen ve las explosiones de energía que el monstruo deja dañar la roca, por lo que irrita a Prisman para que comience a agrietarla. Yugi se despierta, y Tea le da el mensaje; cambiando al Faraón, descubren que tiene un segundo mensaje cuando se lee en la oscuridad. Prisman se destruye con éxito una vez que rompe la roca, Pero Skull Guardian toma su lugar. El Faraón se fusiona con Dark Magicion una vez más, solo sustituyendo al monstruo; la segunda mitad del mensaje dijo que solo necesitaban derrotar al monstruo, no matarlo, y así demostrarse pacíficos. El hombre enmascarado llega y revela que si fallan las cinco pruebas, permanecerán atrapados allí hasta que llegue otro retador; si el faraón tiene éxito, se le dará el poder que merece.

El grupo llega a una región volcánica, donde deben deshacerse de la Espada del Caos; Al ver una espada atrapada en la boca de un volcán, creen que el caos que deben detener es la lava. Tristan gana también Thunder Dragon en el camino. Perdido, Joey es atacado por Red-Eyes Black Dragon. Cuando Joey agarra los Ojos Rojos, el dragón se convierte en una armadura doble que lo vuelve malvado y lo ataca a sus amigos; Sin embargo, Joey está luchando internamente por el control de su cuerpo. Él tiene éxito con la ayuda del Faraón, encontrando que la espada que necesitan para deshacerse de ella no es la del volcán, sino una atascada en Ojos Rojos que lo estaba volviendo loco. Una vez que se retira la espada, el dragón se convierte en uno de los monstruos de la cápsula de Joey.

Al llegar a un bosque, el grupo debe encontrar el Fruto de la Evolución y ofrecerlo a un templo. Un Petit Moth los lleva accidentalmente al templo, donde están tres manzanas; un laberinto pronto separa a todos. El té gana a Seiryu, mientras que Tristán gana a Shovel Crusher; Usando el nuevo monstruo de Tristán para abrirse camino a través del laberinto, regresan para encontrar una de las manzanas que se han ido y un Capullo de Evolución en el lugar de Petit Moth. Trama, revelando la Gran Polilla; un ataque solo hace que se convierta en Perfectly Ultimate Great Moth. El Faraón libera una de las manzanas para ellos y la muerde, convirtiendo su armadura de Magia Oscura en la armadura de Magia de Caos Negro. Él fácilmente mata al monstruo antes de ofrecer la manzana final al altar.

El hombre enmascarado se revela a sí mismo como Alejandro Magno; También explica que su prueba final es matar a los Cinco Demoníacos, dragones que aterrorizan a una aldea. El pueblo está protegido por un poderoso dragón de luz, pero su poder se debilita por la noche. Alexander le da al abuelo una maldición del dragón, mientras que Yugi gana el Soldado Lustre Negro. Los Cinco Demonios, que consiste en el Dragón Tirano, el Dragón Meteor, el Dragón Nocturno de la Serpiente, el Dragón de Agua y el Dragón Lustre # 2, aparentemente están derrotados; sin embargo, regresan y obligan al grupo a regresar a la aldea. El Faraón se da cuenta de que la espada legendaria capaz de matarlos solo puede ser eliminada cuando se acercan a la aldea; Él lo usa para cortarlos. Sin embargo, los Cinco Demonios se combinan para formar un Dragón de Cinco Cabezas, que solo puede ser asesinado por monstruos de Luz.

Los héroes atacan con Seiryu, Dark Witch, Thunder Dragon, Shovel Crush y Happy Lover, monstruo de la luz. Sin embargo, sus ataques resultan inútiles contra los Cinco Cabezas del Dragón / Cinco Demonios. Un aldeano le reza al dragón de la luz y emerge de su tableta, revelándose como el Dragón Blanco de ojos azules; se fusiona con el faraón, que usa su poder y el de la espada para acabar con los Cinco Demoníacos. Alexander advierte que el Dr. Alex Brisbane está poseído por su lado oscuro; una vez llevaba un "amuleto de la suerte", el Anillo del Milenio, que hizo que su alma se partiera en dos. Aunque ganó, su maldad interna le impidió abrir la puerta; su lado bueno fue encarcelado en el juego, mientras que su lado malo se preguntaba la pirámide. Utilizando al abuelo como un barco, Alexander escapa del juego y lucha con su lado malvado en Brisbane; sin embargo, su lado malvado es demasiado fuerte y engaña al abuelo para que le dé la llave. Todos corren hacia la habitación en la parte superior de la pirámide, donde se produce una lucha. Terminan cayendo en un vacío, donde Shadi los espera.

Shadi les dice a todos que deben luchar contra el malvado Alex usando sus monstruos cápsulas, a los ganadores se les dará la oportunidad de obtener el poder máximo. Los espíritus de los antiguos siervos del malvado Alejandro vuelven. Todos están ahora en un campo de batalla y liberan a sus monstruos, comenzando la batalla final por el poder definitivo. Mientras la pandilla lucha contra los sirvientes de Alexander, observa a su gigante monstruo de piedra, Reshef the Dark Ser. Mientras el resto de la pandilla derrota a los monstruos de los sirvientes, Alexander toma su poder para convocar al Demonio de las siete armas. El demonio de las siete armas se revela como el monstruo de los sueños de Yugi. Salomón recuerda que cada brazo tiene una habilidad diferente que lo hace casi indestructible. Todos luchan contra él, y, después de mucho esfuerzo, finalmente lo derrotan, cuando Yami Yugi usa el Rompecabezas del Milenio para confundir a la criatura.

"El mal" Alexander le dice a Yami Yugi que no hay forma de que pueda ganar. Luego ordena su línea frontal para atacar. Tristan's Shovel Crusher y Tea's Dark Witch son destruidos. Luego Joey ataca a Reflect Bounder, pero sus ataques se reflejan y dice: "Debería haberlo visto venir". La Maldición del Dragón del abuelo y Seiyaryu de Tea distraen a dos de los seguidores de Alex para que Yugi pueda atacar. Ataca con "Chaos Blade" y recibe un golpe directo sobre Alexander. Pero luego Alexander ataca con "Asalto láser multidireccional". Mago del Caos Negro rescata a Yugi y exclama: "Lo siento, un pequeño error de cálculo de mi parte". Curse of Dragon luego ataca a Total Defense Shogun pero el ataque falla. Diciendo que la lujuria por el poder sería su caída, Yami ataca a Alexander con Celtic Guardian, Mago del Caos Negro, y Black Lustre Soldier. El ataque hace que los láseres de Reshef se apaguen. Alejandro sacrifica a su monstruo de sirvientes y, a su vez, a sus sirvientes, para liberar todo el poder de Reshef. Los ataques de la pandilla no tienen efecto. Yami intenta que sus amigos se vayan, no queriendo que se lastimen más. Dan un discurso sobre cómo están juntos en esto, y nunca dejarán el lado de sus amigos. De repente, Seiyaryu, Red-Eyes Black Dragon, Curse of Dragon y Thunder Dragon se combinan alrededor de Yugi, formando la Armadura de la Unidad. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Alejandro sacrifica a su monstruo de sirvientes y, a su vez, a sus sirvientes, para liberar todo el poder de Reshef. Los ataques de la pandilla no tienen efecto. Yami intenta que sus amigos se vayan, no queriendo que se lastimen más. Dan un discurso sobre cómo están juntos en esto, y nunca dejarán el lado de sus amigos. De repente, Seiyaryu, Red-Eyes Black Dragon, Curse of Dragon y Thunder Dragon se combinan alrededor de Yugi, formando la Armadura de la Unidad. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Alejandro sacrifica a su monstruo de sirvientes y, a su vez, a sus sirvientes, para liberar todo el poder de Reshef. Los ataques de la pandilla no tienen efecto. Yami intenta que sus amigos se vayan, no queriendo que se lastimen más. Dan un discurso sobre cómo están juntos en esto, y nunca dejarán el lado de sus amigos. De repente, Seiyaryu, Red-Eyes Black Dragon, Curse of Dragon y Thunder Dragon se combinan alrededor de Yugi, formando la Armadura de la Unidad. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Yami intenta que sus amigos se vayan, no queriendo que se lastimen más. Dan un discurso sobre cómo están juntos en esto, y nunca dejarán el lado de sus amigos. De repente, Seiyaryu, Red-Eyes Black Dragon, Curse of Dragon y Thunder Dragon se combinan alrededor de Yugi, formando la Armadura de la Unidad. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Yami intenta que sus amigos se vayan, no queriendo que se lastimen más. Dan un discurso sobre cómo están juntos en esto, y nunca dejarán el lado de sus amigos. De repente, Seiyaryu, Red-Eyes Black Dragon, Curse of Dragon y Thunder Dragon se combinan alrededor de Yugi, formando la Armadura de la Unidad. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa. Yami Yugi luego vuela hacia Alexander, lanzando energía a través de él. Alexander es finalmente derrotado, y el Faraón rechaza la oferta por el poder supremo. Shadi lo felicita por ser un "verdadero rey", y todos regresan a casa.