Yugi continua ad avere l'incubo ricorrente di essere attaccato da un essere oscuro con molte braccia. Quando Yugi si sveglia e si dirige a scuola, si chiede dove il suo nonno potrebbe essere siccome era andato in una spedizione segreta una settimana prima e non era ancora tornato. Joey finisce per vincere un viaggio in India e invita Yugi, Tea e Tristan ad andare con lui. Sulla loro strada per l'India, il loro aereo precipita e decidono di esplorare la zona, mentre i piloti aspettano che arrivino gli aiuti. Si imbattono nel Dr. Alex Brisbane, un collega del nonno di Yugi, Solomon Muto. Racconta alla banda che Solomon è scomparso e mostra loro una piramide gigante che avevano esplorato insieme. Il Dr. Brisbane porta la banda a una mappa gigante dove Joey passa su di essa e sparisce. Yugi, Tea, e Tristan seguono Joey e si ritrovano trasportati in un altro mondo con dei dispositivi sulle loro braccia e le cinture intorno ai loro fianchi. Tutto ad un tratto, Yugi, Tea e Tristan sono attaccati da Gokibore e un Kamakiriman e si separano nella frenesia. Dopo aver ottenuto il Guardiano Celtico e lo utilizza per sconfiggere Kamakiriman, Yugi si rende conto che in qualche modo siano stati trasportati nel mondo di Capsule Monsters.

Dopo l'atterraggio sulla cima di una montagna ed essere stato afferrato da un Kurama, Joey sfugge ad uno stormo di pulcini Kurama sul Cucciolo di Drago. Mentre si nascondeva in una grotta si trova un forziere che si rivela contenere una mappa del mondo Capsule Monsters. Nel frattempo, Yugi combatte un Trent con l'aiuto del Guardiano Celtico e il suo nuovo mostro, Spirito Hinotama. Tristan e Tea riescono a battere Acqua di Radice con l'aiuto di Thunder Kid e Happy Lover, solo che lo rendono ancora più forte! Mentre Tea e Tristan sono sopraffatti dal mostro, un misterioso straniero li salva colpendo il mostro con un fulmine.

Dopo aver visto il fulmine, Yugi si precipita sulla scena. Yugi non solo trova Tea inconscia e Tristan, ma anche il nonno scomparso, che si rivela essere lo straniero che li ha salvati. Joey ha visto la banda mentre volava in groppa al Cucciolo di Drago e presto l'intero gruppo è riunito. Mentre discutono su come sfuggire al quel mondo, Yami Yugi sostiene che per fuggire devono giocare la partita. Improvvisamente, la banda è circondato da un branco di Fiori di Lupo. Sopraffatta dal loro numero, la banda fugge. Durante il tentativo di trovare cibo, sentono quello che suona come un terremoto, ma poi scoprono di essere su una Tarta-Isola. Fuggono dalla Tarta-Isola non appena sprofonda in mare. Trovano un tempio sul lago e all'interno vi trovano una lampada enorme. La Ginn emerge e attacca insieme a Neo Mago delle Acque, che congela Tea e Solomon. Yami Yugi cerca di combattere da solo evitando che i suoi amici si facciano male, ma quando la lotta diventa travolgente, Tristan e Joey lo aiutano. Yami Yugi si rende conto che l'elemento di un mostro può indebolire l'altro e spinge i mostri a distruggersi a vicenda, in modo da liberare Tea e Solomon. Appare una tavoletta e Solomon la traduce: " Prima che le ombre ricoprano la terra, andate alla Fortezza della Paura. Individuate il luogo dove lo spirito dorme, e apparirà il percorso che cercate". I ragazzi capiscono che devono raggiungere una fortezza prima del tramonto per tornare a casa, altrimenti si chiuderà per sempre.

La banda trova un passaggio segreto sotto il tempio e finisce in un cimitero. Un folto gruppo di Servitori del Teschio e Resti Lignei appaiono da terra e cominciano ad attaccare il gruppo. Cercano di respingerli ma vengono circondati, così liberano altri Capsule Monsters. Joey ottiene Spadaccino di Fuoco, Tea ottiene Strega Oscura, e Yami Yugi ottiene Kuriboh. Sconfiggono i mostri e continuano verso la loro destinazione. Giunti alla fortezza, notano quattro statue su ogni angolo della fortezza. La banda alla fine capisce che devono imitare le pose delle statue per entrare. Mentre Tea, Tristan, Joey e Solomon imitano le figure, Yugi passa attraverso la porta aperta. Yugi trova una bara coperta di geroglifici. Correndo in avanti, il pavimento scompare improvvisamente da sotto di lui, facendolo cadere in una grande stanza vuota. All'esterno, quando la banda si sposta dalle loro posizioni, le statue prendono vita e le devono combattere. Le pareti della camera vuota cominciano chiudersi su Yugi e Yami, la capsula di Kuriboh comincia a brillare e Yami lo libera. Kuriboh mostra Yami una capsula che deve rilasciare. Yami Yugi e Kuriboh balzano in piedi e rilasciano la capsula, che si rivela essere il Mago Nero. Al di fuori della fortezza, Yami usa Mago Nero per sconfiggere le statue e salvare i suoi amici. Le mura della fortezza cadono e Yugi si precipita ad aprire la tomba, cosa che fa appena in tempo. La tomba rivela un'armatura. Solomon quindi legge il prossimo enigma: "Passate attraverso questa porta e il vostro viaggio avrà inizio, cinque prove seguiranno mettendo alla prova il tuo cuore, ma vi avverto questo viaggio non è per i deboli, solo un vero guerriero può portare alla luce ciò che cercate". L'armatura dalla tomba è indossata da Yugi. Solomon Muto ritiene che sia perché l'armatura crede Yugi è un vero guerriero. Yugi e la banda passano attraverso la porta per la prossima sfida.

La banda giunge in un deserto dove si imbatte in un villaggio. Una bambina dal villaggio li porta da un vecchio e ricevono un altro enigma e una collana a forma di pentagono, che Tea indossa. La prima sfida della banda è di mettere a tacere il sussurro che cavalca il vento del deserto. Sentono una voce dall'esterno che dice di tornare indietro, ma la banda va nel deserto per affrontare la voce. Dei Verme Medusa e una tempesta di sabbia attaccano il gruppo, nel tentativo di trovare la voce. A causa della tempesta la banda comincia ad attaccarsi a vicenda pensando di essere Verme Medusa. Yami si dirige verso l'occhio del ciclone, al fine di sconfiggere il sussurro. Nella tempesta, un uomo mascherato dice Yami di utilizzare l'armatura e di fondersi con il suo mostro più forte. Sceglie il Mago Nero e si forma una doppia armatura. Quando entra nell'occhio del ciclone, scopre che il sussurro è davvero una strega. Yami sconfigge facilmente la strega, ma si stanca nel processo. Yugi prende il sopravvento e la banda discute ciò che è accaduto. Un triangolo sulla collana pentagono cambia colore in rosso, indicando che hanno completato la sfida e appare una nuova porta sembra li conduca alla prossima sfida.

Il gruppo arriva su un'isola galleggiante sopra le nuvole. Yugi sviene dalla fatica derivante dall'armatura idossata da Yami Yugi. Arriva un nuovo messaggio e il nonno decifra: "Il processo di luci e ombre: una volta al giorno, la pietra indistruttibile appare nella valle della luce. Per romperla, lotta con una forza maggiore della forza fisica". Avendo deciso di far riposare Yugi, Joey, Tristan e il nonno vogliono completare la sfida da soli. Trovano la pietra, ma presto devono lottare con Prisman per romperlo; Tristan vede che le esplosioni di energia del mostro lascia dei danni sulla roccia, così irrita Prisman per fargliela rompere. Yugi si risveglia, e Tea gli dà il messaggio; scambiandosi col Faraone, scoprono che bisogna leggere il messaggio al buio. Prisman è distrutto con successo una volta che si rompe la roccia, ma il Guardian Teschio prende il suo posto. Il Faraone si fonde con Mago Nero ancora una volta, sconfiggendo il mostro; la seconda metà del messaggio diceva che avevano bisogno solo di sconfiggere il mostro, non di ucciderlo, provando di essere pacifici. L'uomo mascherato arriva e rivela che se non completano cinque prove, saranno bloccati lì finché un altro sfidante arriva; se il Faraone riesce, gli sarà dato il potere di cui è degno.

Giunto in una foresta, il gruppo deve trovare il frutto dell'evoluzione e offrirlo a un tempio. Una Piccola Falena li porta accidentalmente al tempio, dove ci sono tre mele; un labirinto separa presto tutti. Tea guadagna Seiyaryu, mentre Tristan ottiene Annientatore Badile; utilizzando il più recente mostro di Tristan per farsi strada attraverso il labirinto, ritornano al punto di partenza e scoprono che una delle mele è sparita e un Bozzolo dell'Evoluzione ha preso il posto di Piccola Falena. Si schiude rivelando Grande Falena; un attacco causa l'evoluzione nella Grande Falena Perfetta. Il Faraone mangia una delle mele, trasformando la sua armatura Mago Nero nell'armatura Mago Nero del Chaos. Sconfigge facilmente il mostro prima di offrire la mela finale all'altare.

Dopo l'episodio precedente, la banda si trova esattamente dove hanno cominciato all'inizio dell'avventura, ma Yugi dice che ha senso che l'uscita sia esattamente dove hanno iniziato. Il misterioso uomo mascherato nella sua visione appare, e si identifica come re Alessandro Magno. Egli spiega come entrò nel mondo del Capsule Monsters attraverso Shadi. Racconta di come un tempo possedeva un oggetto del Millennio, l'Anello del Millennio.

La gloria è di breve durata, quando i cinque malvagi si uniscono in un drago gigante! Il nonno li informa che può essere battuto solo con i mostri LUCE, così Tea e Tristan sono gli unici in grado di combattere. Tuttavia, sono facilmente battuti. La bambina va poi a pregare il Drago Divino per chiedere aiuto. Il Drago risponde e si scopre essere nientemeno che il Drago Bianco Occhi Blu! Il Faraone si fonde con Occhi Blu e sia con il potere di Occhi Blu e con la spada della Divinità, riesce a sconfiggere il Drago a Cinque Teste e completare la prova finale. Prima che le celebrazioni possano cominciare, Yugi e gli altri scoprono che Alex Brisbane è in realtà il lato oscuro di Alessandro Magno, e devono tornare al mondo reale e impedirgli di governare il mondo!

Shadi dice a tutti che devono combattere il malvagio Alex usando i loro Capsule Monsters, i vincitori avranno la possibilità di ottenere il potere assoluto. I vecchi servitori di Alex di quando era originariamente nella Piramide, ritornano. Tutti sono sul campo di battaglia ora, e rilasciano loro mostri, cominciando la battaglia finale per il potere assoluto. Mentre la banda combatte i servi di Alessandro, egli osserva dal suo mostro gigante di pietra, Reshef l'Entità Oscura. Non appena il resto della banda sconfigge i mostri della servitù, Alessandro prende il loro potere per evocare il Demone dalle Sette Braccia, che si rivela essere il mostro dei sogni di Yugi. Solomon ricorda che ogni braccio ha una capacità diversa che lo rende quasi indistruttibile. Tutti combattono, e, dopo molti sforzi, finalmente lo sconfiggono, quando Yami Yugi utilizza il Puzzle del Millennio per confondere la creatura. Alexander dice loro che non vinceranno mai.

Il malvagio Re Alessandro dice a Yami Yugi che non c'è modo di poter vincere. Poi ordina alla sua prima linea di attaccare. L'Abbattitore Badile di Tristan e la Strega Osccura di Tea sono distrutti. Poi Joey attacca Riflettore, ma i suoi attacchi si rifletton. Anatema del Drago del nonno e Seiyaryu e di Tea distraggono due dei seguaci di Alex in modo che Yugi possa attaccare; poi Alexander contrattacca. Mago Nero del Chaos salva Yugi. Yami attacca Alexander con il Guardiano Celtico, Mago Nero del Chaos, e Glorioso Soldato Nero. L'attacco spegne i laser di Reshef. Alexander sacrifica i mostri e i suoi servi per liberare il pieno potere di Reshef. Improvvisamente, Seiyaryu, Drago Nero Occhi Rossi, Anatema del Drago, e Drago del Tuono si combinano intorno Yugi, formando l'armatura dell'Unità. Yami Yugi vola poi da Alexander, distruggendo Reshef. Alexander è finalmente sconfitto, e Yugi rifiuta l'offerta per il potere assoluto. Shadi si complimenta con lui per essere un vero guerriero, e tutti tornano a casa.