Joey gewinnt eine Urlaubsreise für sich und seine Freunde. Auf dem Hinflug stürzt die Maschine mitten im Dschungel ab. Dort treffen Yugi und die anderen Alex, einen Mitarbeiter seines Großvaters. Er führt sie zu einer Pyramide, in der Yugis Großvater vor ein paar Tagen verschwunden ist. Auf der Suche nach ihm gelangen die vier Freunde in die Welt der Kapsel-Monster. Hier müssen sie sich nun gegen die Kreaturen aus dem Brettspiel behaupten.

Yugi, Joey, Tea und Tristan sind in der Kapselmonsterwelt getrennt worden. Einzeln müssen sie nun gegen mächtige Monster antreten. Joey legt sich mit einem Schwarm wild gewordener Vögel an, Yugi muss mit einem hinterhältigen Baummonster kämpfen. Tristan und Tea stellt sich ein riesiges Seeungeheuer in den Weg. Werden sie ihre Widersacher besiegen?

Yugi findet endlich Tristan und Tea. Noch größer ist die Freunde, als auch Großvater plötzlich aus dem Nichts auftaucht. Als auch noch Joey zu ihnen stößt, ist die Gruppe komplett. Vor ihren Augen bewegen sich auf einmal ganze Bergketten. Gemeinsam müssen sie gegen eigenartige Blumen-Wölfe und einen mächtigen Lampengeist kämpfen. Langsam wird ihnen klar, dass sie in einem Brettspiel eingeschlossen sind.

Mit viel Mühe gelangen Yugi und seine Freunde vor Sonnenuntergang zur Festung. Allerdings ist es fast unmöglich dort hinein zu gelangen. Erst ein Trick ermöglicht es Yugi, sich dem Grab zu nähern. Aber es liegen bereits neue Hindernisse im Weg. Er erhält eine neue Aufgabe und eine Rüstung. Wird sie ihm ein Hilfe sein bei dem Abenteuer, das vor ihm liegt?

Yugi sucht für Großvater einen Ort zum Ausruhen und stößt dabei auf ein Zeltdorf. Ein kleines Mädchen führt Yugi und seine vier Begleiter zum Dorfältesten, der ihnen die erste Aufgabe zur Bewältigung der fünf Prüfungen stellt: Sie sollen das Flüstern, das den Wüstenwind reitet, zum Schweigen bringen. Sie machen sich auf den Weg und treffen auf gefährliche Sandwürmer. Yugi gelingt es allein in das Auge eines Tornados vorzudringen. Dort begegnet ihm ein unheimliches Wesen, das ihn zum Kampf herausfordert.

Großvater berichtet von der zweiten Prüfung. Diesmal geht es um Licht, Schatten und einen unzerstörbaren Stein. Leider ist Yugi zu schwach, um seinen Freunden zur Seite zu stehen. Tea bleibt deshalb mit ihm zurück. Joey und Tristan kämpfen in einem Tal mit einem mächtigen Glaswesen. Als sie das Monster besiegt und den unzerstörbaren Stein pulverisiert haben, taucht plötzlich ein noch mächtigerer Gegner auf. Der ausgeruhte Yugi kann seinen Freunden im letzten Augenblick zu Hilfe eilen.

Joey und sein Team landen in einem Labyrinth. Um gegen eine Riesenmotte zu kämpfen isst Yami-Yugi einen Apfel, der ihn in den Magier des schwarzen Chaos verwandelt. Nachdem sie einen weiteren Apfel der Verwandlung opfern, erreichen unsere Freunde das Portal und somit das fünfte Level.

Ein Dorf wird von den Finsteren Fünf Drachen bedroht. Nur ein Weißer Drache kann die Einwohner des Dorfes schützen, aber der braucht regelmäßig eine menschliche Seele, um bei Kräften zu bleiben. In einer heiligen Zeremonie soll die Seele eines kleinen Mädchens geopfert werden. Yugi und seine Freunde wollen das Mädchen retten und treten gegen die Finsteren Fünf an. Yugi gelingt es sogar, das Göttliche Schwert, mit dessen Hilfe die Drachen vernichtet werden können, aus einem Stein zu ziehen. Trotz allem scheinen die Finsteren Fünf unsterblich zu sein. Fortsetzung folgt…

Indem sich Yami-Yugi mit dem Weißen Drachen vereinigt, gelingt es ihm, die Dorfbewohner von der Tyrannei der Finsteren Fünf zu befreien. Der maskierte Mann outet sich als gute Seelenseite von Dr. Alex Brisbane und kehrt gemeinsam mit unseren Helden in die reale Welt zurück. Aber Alex Brisbane trickst unsere Helden aus, und es gelingt ihm mit Hilfe des Medaillons, den geheimen Raum mit der Pyramide zu betreten. Bei dem Versuch ihn aufzuhalten, stürzen unsere Helden gemeinsam mit Alex ins Bodenlose und landen in einer Zwischenwelt. Dort treffen sie auf Shadi…

Yugi und Alex müssen in einem finalen Kampf um die ultimative Macht kämpfen. Dabei wird Yugi von Tea, Tristan, Joey und Grandpa unterstützt, wohingegen Alex von der königlichen Leibgarde Unterstützung bekommt. Als Alex das siebenarmige Monster erschaffen hat, scheint der Kampf verloren. Jeder der sieben Arme hat eine besondere Fähigkeit. Da sperrt Yami-Yugi die Seele von Alex im Millenniumspuzzle ein und zerstört das siebenarmige Monster. Yami-Yugi fordert Alex zu einem Kampf Mann gegen Mann heraus.

Um den Kampf zu gewinnen, opfert Alex sogar seine Untertanen und Mitkämpfer. Yami-Yugi macht das genaue Gegenteil davon. Er wirft sich schützend vor seine Freunde, auch auf die Gefahr hin, dass er dadurch das Duell verliert. So wird ihm die Macht aller Drachen zuteil, und er kann Alex besiegen. Shadi erklärt Yami-Yugi zum wahren König, aber Yami-Yugi verzichtet auf die absolute Macht.