由於第三次世界大戰，戰鬥特化的「戰術人形」在未來普及。大規模軍事企業「鐵血工造」的戰術人形突然對人類掀起叛亂。隸屬民間安全承包商「Ｇ＆Ｋ（通稱格里芬）」的戰術人形「M4A1」等人組成的AR小隊，接受機密任務潛入了敵陣，但在那出現的是鐵血的戰術人形「代理人」。

M4A1雖面對鐵血的代理人後取得勝利，但格里芬的支援小隊卻遭到全滅，也和同伴各自分散了。同時，於格里芬前線基地剛到任的新人指揮官，簡緹婭結束了首次任務，並與人形們交流加深了感情。但此時鐵血的新刺客稻草人出現，宣告了平穩時光的終結。

I.O.P公司技術開發部16Lab的主任研究員帕斯卡，她所提出的M4A1救援請求被上層派給了簡緹婭，她向M4A1可能在的地方派遣了戰術人形。同時，M4A1為了達成任務並救助AR小隊的同伴，在孤立的同時仍持續隱匿，但她遭遇了鐵血的高級人形劊子手。

在激戰的最後，M4A1成功擊破了劊子手，並成功和同伴取得聯繫，但對她難以想像是前線基地的氛圍而感到困惑，也無法控制想去救出同伴的想法。簡緹婭表示要以保障安全為優先，以順利完成作戰。但並未發現ST AR-15的身影，另外再會的M4 SOPMODII揭示了新的敵人。

擊退鐵血後，M4 SOPMODII請求救出ST AR-15，但簡緹婭不允許再次出擊，因而大失所望。在這樣的狀況下，出現在執行偵察任務的戰術人形面前的是高級人形獵手，以及被壓倒性地數量的鐵血固守的據點。焦急地想進行救出任務的M4A1等人面前發生了驟然劇變。

成功壓制鐵血的據點後，M4A1等人和ST AR-15再會。簡緹婭收到高層指派掩護特殊小隊的任務，讓戰術人形出擊後發現地點是在與AR小隊有著因緣的S09地區。在和鐵血的激戰中收到M16A1的通訊，雖然確認她沒事而放下了心，但有人隨著降下的雨悄悄地接近M16A1。

依據通訊紀錄，M4 SOPMODII等人襲擊了鐵血的據點，但那是鐵血的頭目干擾者所設下的巧妙陷阱。戰況漸漸被逼上了絕境，簡緹婭下定決心進行反擊攻勢，M4A1等人終於抵達最後的舞台。但那也是由干擾者準備周到的陷阱。

和M16A1會合的M4A1等人成功打倒干擾者，AR小隊再次恢復行動。即便對身為精英部隊的AR小隊感到疑惑，簡緹婭仍窺見到了M4A1等人的日常，但她也在此時收到了招集命令。她前往機密據點和同僚們加深了交流，但事態卻急轉直下。

M4A1等人為了拯救機密據點潛入鐵血的據點，收到了來自破壞者的通訊。AR小隊回去和簡緹婭會合，等待著她們的卻是ST AR-15被懷疑是內鬼。即便擔心因為調查被束縛的ST AR-15，仍然追捕著破壞者的M4A1等人收到了震驚的情報—

為了解決現況拼命追捕的破壞者的AR小隊，等待著她們的是夢想家為了引出M4A1的陷阱。為了守護AR小隊，上層給出了指令，簡緹婭等人被迫做出苦澀的抉擇。但也有人不因這個情況放棄，下定決心共同前進。

為了搜索逃脫的ST AR-15，格里芬派出了內蓋夫小隊。但她們卻遭受到新的高級人形煉金術士和大量的鐵血襲擊。為了拯救被敵方新武器孤立的內蓋夫小隊，AR小隊展開了行動，而簡緹婭再次被迫做出抉擇。同時闇影也悄悄地逼近身在戰場另一側的M4A1—