제3차 세계대전으로 인해 전투에 특화된 전술인형이 보급된 미래. 대형 군수 기업 '철혈공조'의 전술인형이 돌연 인류에게 반기를 들었다. 안전계약사 'G&K(통칭 그리폰)' 소속인 전술인형 M4A1을 비롯한 AR팀은 극비 임무를 받고 적지에 잠입했지만, 그곳에 나타난 건 철혈의 전술인형 '에이전트'였는데.

M4A1 일행은 철혈의 에이전트에게서 승리했지만 그리폰의 지원 소대는 전멸했고 동료들과도 뿔뿔이 흩어지고 말았다. 그 무렵, 그리폰 전선 기지에 부임한 신입 지휘관 장시안은 첫 임무를 끝마치고 인형들과 교류를 하고 있었다. 그러나 철혈의 새로운 자객 '스케어크로우'가 나타나 잠깐의 평화는 끝을 고하고 말았는데.

IOP 기술개발부 16LAB 수석 연구원인 페르시카의 MAA1 구출 의뢰를 상층부로부터 전해 받은 장시안은, 그녀가 있는 것으로 추정되는 좌표에 전술인형들을 파견했다. 한편, 임무 수행 및 AR팀 동료 구출을 위해 고립된 상황 가운데 숨어 있던 M4A1은, 철혈의 상급 인형 '엑스큐셔너'와 조우하게 되었는데.

격전 끝에 엑스큐셔너를 격파한 M4A1은 동료들과 통신하는 데에 성공했으나, 마치 전선이 아닌 거 같은 기지에 분위기에 당혹스러워 하는 가운데 구출에 대한 마음을 억누르지 못하고 있었다. 이에 장시안은 안전 확보가 우선이라고 말하며 무사히 작전을 성공시켰다. 하지만 ST AR-15의 모습은 보이지 않았고, 재회한 M4 SOPMOD II에게 새로운 적이 있다는 소식을 듣게 되었는데.

철혈의 습격을 격퇴한 이후 M4 SOPMOD II 일행은 ST AR-15를 구출하러 가자고 탄원했지만, 장시안이 재출격을 승인하지 않아 크게 풀이 죽고 말았다. 그런 상황에서 정찰 임무에 임하는 전술인형들 앞에 나타난 상급 인형 '헌터'와 압도적인 물량의 병력으로 가득 찬 철혈의 기지. 초조한 마음으로 구출을 궁리하는 M4A1 일행의 눈앞에서 갑자기 상황은 크게 변했는데.

철혈의 거점 제압에 성공하고 M4A1 일행은 ST AR-15와 재회했다. 그 후 상부로부터 특수 소대 호위를 명령받은 장시안은 전술인형들을 출격시켰는데, 그곳은 AR팀과 인연이 있기도 한 S09 지역이었다. 철혈과의 격전이 펼쳐지는 가운데 M16A1으로부터 통신으로 자신은 무사하다는 소식이 전해져 이에 안심했으나, 내리는 비와 함께 M16A1에게 살며시 다가오는 자가 있었는데.

통신 기록을 바탕으로 M4 SOPMOD II 일행은 철혈의 거점을 습격했지만, 그것은 철혈의 보스 인트루더의 교묘한 함정이었다. 점점 궁지에 몰리게 되는 상황에서 장시안은 반전 공세를 하기로 결심하고, 마침내 M4A1 일행은 최후의 무대에 다다랐다. 하지만 그조차도 인트루더에 의해 주도면밀하게 준비된 함정이었는데.

합류한 M16A1과 함께 인트루더를 쓰러뜨린 M4A1 일행은 AR팀으로서 활약을 재개했다. 엘리트 부대인 AR팀을 수상히 여기면서도, M4A1 일행의 일상을 살짝 엿본 장시안에게 소집 명령이 내려졌다. 극비 거점에 도착해 장시안은 동료들과의 교류를 나눴지만, 사태는 급격한 전개를 맞이하게 되었는데.

극비 거점을 구원하기 위해 철혈의 거점에 잠입한 M4A1 일행은, 철혈의 '디스트로이어'로부터 통신을 받게 되었다. 기지로 돌아와 장시안과 합류하게 된 AR팀을 기다리고 있었던 건 ST AR-15의 내통 의혹이었다. 조사를 위해 포박된 ST AR-15를 걱정하면서도 디스트로이어를 쫓는 M4A1 일행에게 놀랄만한 정보가 전해졌는데.

M4A1을 비롯한 AR팀은 사태 해결을 위해서 디스트로이어를 필사적으로 뒤쫓았지만, 그것은 M4A1 일행을 끌어들이기 위한 드리머의 함정이었다. AR팀을 지키기 위해 상층부에서 내려진 지령은 장시안 일행에게 달갑지 않은 결단을 내릴 것을 강요했다. 하지만 그런 상황 속에서도 포기하지 않고 결의와 함께 나아가는 자가 있었는데.

도주한 ST AR-15를 수색하기 위해 그리폰에서 파견된 네게브 소대는 새로운 상급 인형인 '알케미스트'와 대량의 철혈에게 습격을 받고 말았다. 적의 신병기에 의해 고립된 그녀들을 구하기 위해 움직이기 시작한 AR팀과 거듭해서 결단을 강요받는 장시안. 그리고 전장의 뒤편에서 M4A1에게 다가가는 그림자가 있었는데.