第三次世界大戦により戦闘に特化した「戦術人形」が普及した未来。大手軍需企業「鉄血工造」の戦術人形が突如人類へ反旗を翻した。民間軍事会社「Ｇ＆Ｋ（通称グリフィン）」所属の戦術人形「M4A1」たちAR小隊は、極秘任務を受けて敵地へと潜入するが、そこに現れたのは鉄血の戦術人形「エージェント」だった──。

鉄血の「エージェント」に勝利した「M4A1」たちだったがグリフィンの支援小隊は全滅し、仲間も散り散りになってしまう。同じ頃、グ リフィン前線基地に着任した新人指揮官ジャンシアーヌは初任務を終え、人形たちと交流を深めていた。だが鉄血の新たな刺客 「スケアクロウ」が現れ、平穏は終わりを告げる──。

I.O.P.社の技術開発部16Lab主席研究員ペルシカからの「M4A1」救出依頼を上層部より任されたジャンシアーヌは、彼女がいると思われる座標へ戦術人形たちを派遣する。一方、任務遂行とAR小隊の仲間を救うべく孤立しながらも隠れ続けていた「M4A1」は、鉄血のハイエンドモデル「エクスキューショナー」と遭遇してしまい……。

激戦の末「エクスキューショナー」を撃破した「M4A1」は仲間との通信を成功させるが、まるで前線とは思えない基地の雰囲気に戸惑いながらも、救出への気持ちが抑えられずにいた。ジャンシアーヌは安全確保が優先だと告げ、無事に作戦を成功させる。だが「ST AR-15」の姿はなく、再会した「M4 SOPMOD Ⅱ」に新たな敵を告げられる──。

鉄血の襲撃を撃退した事で「M4 SOPMOD Ⅱ」らは「ST AR-15」救出を嘆願するが、ジャンシアーヌに再出撃を認められず、大きく気落ちしてしまう。そんな状況で偵察任務へ赴く戦術人形の前に現れるハイエンドモデル「ハンター」と圧倒的な物量で固められた鉄血の拠点。救出を焦る「M4A1」たちの眼前で突如事態は急変する――。

鉄⾎の拠点制圧に成功し、「M4A1」たちは「ST AR-15」と再会する。上層部から特殊⼩隊援護の任務を与えられたジャンシアーヌは戦術⼈形を出撃させるが、そこはAR⼩隊には因縁のS09地区だった。鉄⾎との激戦を繰り広げる中で「M16A1」からの通信で無事を確認し安堵するが、降り出した⾬と共に「M16A1」へと忍び寄る者がいた──。

通信記録を元に「M4 SOPMOD Ⅱ」らは鉄血の拠点を襲撃するがそれは鉄血のボス「イントゥルーダー」の巧妙な罠であった。次第に追い込まれてゆく状況でジャンシアーヌは反転攻勢を決意し、遂に「M4A1」たちは最後の舞台へとたどり着く。だがそれすらも「イントゥルーダー」により周到に手配された罠であった――。

合流した「M16A1」と共に「イントゥルーダー」を打ち破った「M4A1」たちはAＲ小隊として活動を再開した。エリート部隊であるAＲ小隊を訝しみながらも、「M4A1」らの日常を垣間見るジャンシアーヌへ与えられる招集命令。極秘拠点へと赴き、同僚たちとの交流を深めるジャンシアーヌだったが、事態は急展開を迎えるのだった――。

極秘拠点を救うべく鉄血の拠点へ潜入した「M4A1」たちは、鉄血の「デストロイヤー」から通信を受ける。帰投してジャンシアーヌと合流したAR小隊に待っていたのは「ST AR-15」の内通疑惑だった。調査の為に捕縛された「ST AR-15」を心配しながらも「デスとロイヤー」を追う「M4A1」たちに驚くべき情報が伝えられる──。

事態解決の為に「デストロイヤー」を必死に追う「M4A1」らAR小隊だったが、それは「M4A1」たちをおびき出す「ドリーマー」の罠だった。AR小隊を守るべく上層部から与えられる指令に、ジャンシアーヌたちは苦渋の決断を迫られる。だがそのような状況においても諦める事なく、決意と共に進む者たちがいた……。

逃走した「ST AR-15」を捜索すべくグリフィンから派遣されたネゲヴ小隊は、新たなハイエンドモデル「アルケミスト」と大量の鉄血による襲撃を受けてしまう。敵の新兵器により分断された彼女たちを救うべく動き出したAR小隊と、またしても決断を迫られるジャンシアーヌ。そして戦場の裏側で「M4A1」へと近づく影がいた――。