Le groupe DPJ du capitaine Laure Berthaud découvre le cadavre d'un étudiant déchiqueté par une bombe artisanale. L'avocate Joséphine Karlsson prend la défense de Moussa Koné, un sans-papiers résidant en France depuis dix ans et menacé d'expulsion. Ces deux affaires vont se retrouver liées par un réseau de contestation citoyenne qui s'oppose à la politique d'immigration. Pour le capitaine Berthaud, c'est une période particulièrement agitée : un nouveau commissaire divisionnaire arrive et elle fait l'objet d'une enquête...

Le saccage d'une banque par un groupe d'activistes de l'ultragauche donne une nouvelle dimension à l'affaire Koné. Joséphine Karlsson se retrouve alors à défendre Marie qui est retenue par l'équipe du capitaine Berthaud à propos de l'affaire de l'étudiant. L'associé de maître Karlsson, Pierre Clément, devient l'avocat d'un membre du grand banditisme. Gilou est courtisé par des gérants de boîtes de nuit afin qu'il les aide à résoudre leurs problèmes avec la préfecture.

Le juge Roban fait son retour au Palais de justice mais il est désormais placardisé. De son côté le groupe de la DPJ mené par le capitaine Laure Berthaud poursuit son enquête sur la mort de l'étudiant déchiqueté par une bombe artisanale. Suite à une manifestation devant le centre où est détenu Moussa Koné et où un sans-papiers kurde s'est immolé, une nouvelle piste s'offre aux policiers. En arrêtant le militant d'extrême gauche Christophe Vasseur, ils localisent un squat qui pourrait les mettre sur la trace des apprentis terroristes.

Toujours soupçonnée d'homicide dans l'affaire du boucher de la Villette, Laure Berthaud pourrait être remplacée en tant que chef de groupe par Gilou. Sa carrière est entre les mains de son avocat et ami Pierre Clément. Ce dernier va se rapprocher de Joséphine Karlsson à l'occasion d'un mariage qui tourne au psychodrame. Après avoir remonté la piste du squat d'extrême gauche, la police met sur écoute les camarades du jeune homme tué par une bombe artisanale. Ces derniers projettent désormais de s'attaquer à la préfecture où sont consignés les dossiers de plusieurs sans-papiers.

Le lieutenant Fromentin a été grièvement blessé lors de l'arrestation des responsables d'un casse. En procédant à l'autopsie du Kurde qui s'est immolé, la DPJ réalise que l'homme pourrait être mêlé à un trafic d'armes. Quand le juge Roban réalise, lui, qu'une ancienne affaire de viol pourrait avoir été instruite à charge contre l'accusé, il se retrouve en porte à faux avec sa conscience et sa hiérarchie. Jospéphine Karlsson est maintenant surveillée par les RG qui la soupçonnent d'entretenir des relations troubles avec la mouvance d'extrême gauche qui occupait le squat.

L'indic de Gilou a été assassiné par les frères Sarhaoui, et le lieutenant va désormais subir un chantage : soit il obtient des papiers pour le night-club tenu par les frères, soit ces derniers menacent de mettre le meurtre sur le dos de Gilou. Le suicide d'une des victimes de l'affaire de viol qu'a reprise le juge Roban le fragilise auprès de sa hiérarchie. La menace d'une plainte plane désormais. Pendant ce temps, Fromantin a repris du service à la DPJ mais reste traumatisé. Il ne participera pas au démantèlement des réseaux kurdes qui trafiquent des armes de guerre.

Depuis le suicide d'une des victimes de viol, le juge Roban est dans le collimateur de sa hiérarchie. Après sa mis en cause des conclusions de son prédécesseur Garnier dans l'affaire Yvan Raulic, la machine judiciaire contraint Marianne, sa greffière, à accepter une mutation. Pour rétablir la vérité sur sa probité, le magistrat doit reprendre lui-même l'enquête. A la DPJ, Sami, l'ancien amour de Laure Berthaud est promu à son poste de capitaine. Sa première mission sera de reprendre l'enquête sur le trafic d'armes en provenance du Kurdistan et orchestré par des militants du PKK.

Pour avoir frôlé la mort lors d'une intervention, le lieutenant Fromantin est décoré de l'ordre du mérite. Cette distinction le pousse à avouer son trauma aux membres de son équipe. Après l'exécution d'un témoin clé, la DPJ localise la piste du trafic d'armes dans une cité. Soupçonnée d'avoir aidé à évacuer un squat de sans-papiers et de militants d'ultra gauche, maître Joséphine Karlsson est mise en examen pour entrave à la justice. Son associé et ami Pierre Clément la défend, mais après ce dernier coup de main, il ne veut plus rien à voir avec sa confrère si sulfureuse.

L' intervention de la DPJ dans le squat occupé par l'ultra gauche va déboucher sur un fiasco : un jeune militant de la mouvance ayant conçu la bombe artisanale est plongé dans le coma, Thomas, le leader de la bande, s'est échappé. Joséphine Karlsson se remet de sa tentative de suicide et va prêter gratuitement ses services aux collectifs de sans-papiers. Le conseil de la magistrature a reconnu le juge Roban coupable des faits qui lui sont reprochés, mais ce dernier veut désormais porter un recours devant le Conseil d'État. De son côté, Laure Berthaud se rapproche dangereusement de son ex amour, Sami.

A la DPJ, l'équipe du capitaine Berthaud commence à se méfier des réactions de son patron, le commissaire Herville. Surtout depuis qu'il brigue, en secret, le poste de directeur de l'antiterrorisme. Le timing est dangereux et d'autant plus que les policiers sont sur le point de démanteler les réseaux kurdes de trafic d'armes et de faire le lien entre ces derniers et les mouvances d'ultra gauche. Après l'explosion de la voiture du caïd Johnny Jorcal, sous les yeux de Pierre Clément, l'avocat réalise qu'il est en train de flirter avec des clients de plus en plus dangereux.

Ayant de nouveau raté Thomas Riffaut lors d'une intervention dans un hangar ayant permis la saisie d'un arsenal destiné au groupuscule d'extrême gauche, la DPJ du capitaine Berthaud part à sa recherche dans un squat. Hélas, il demeure introuvable, avec entre ses mains assez d'explosifs pour occasionner de sérieux dégâts. Auditionné, le juge François Roban parvient à renverser la situation en ajoutant des témoignages accablants au dossier qui l'oppose à l'un de ses pairs. Quant à l'avocate Joséphine Karlsson, elle opère un tour de vis spectaculaire dans l'affaire des sans-papiers.