伏見響介（亀梨和也）は、かつて神奈川県警の捜査一課で働いていた元敏腕刑事。しかし彼は、婚約者の美保（小野ゆり子）が何者かに殺害されたことで、警察を辞めてしまう。その後は浮気調査専門の探偵事務所を開業し暮らしていた。伏見が警察を離れてから３年。神奈川県警に、監視カメラや防犯カメラの映像データをリアルタイムで解析し、事件解決に役立てる組織「神奈川県警捜査分析センター＝KSBC」が発足した。組織の統括責任者に任命されたのは、かつて捜査一課に所属していた伏見の元上司・島原（松下奈緒）。島原は伏見に、分析結果を元に捜査にあたる「特別捜査官」としてKSBCに加わってほしいとオファーする。伏見は、自身が営む探偵事務所の仲間もKSBCの捜査官として受け入れることを条件として提示。しかし伏見が連れてきたのは、元自衛官で夫を殺害した湊川（シシド・カフカ）をはじめ、詐欺罪で逮捕された元大学教授・山崎（木村祐一）、天才ハッカーの小牧（松村北斗）ら”元犯罪者”ばかりだった。“元犯罪者”である伏見たちの参加に、KSBCの情報分析官・長篠（趣里）らが戸惑う中、公園の駐車場で女性が襲われ、男に連れ去られる事件が発生。鋭い観察眼を持つ伏見と“元犯罪者”の仲間たちは、その能力を駆使して捜査を開始する！

伏見響介（亀梨和也）たちが、KSBCでの業務を本格的に開始する中、KSBCに「人を殺した」という電話が入った。遺体を捨てる様子を監視カメラに敢えて映し、捜査員を挑発する犯人。現場に向かった伏見と湊川（シシド・カフカ）は、遺棄された男女のうち、男性の生存を確認。そして、殺された女性の胸ポケットから、犯人のメッセージが書かれた手帳を発見する。手帳に書かれた暗号を、小牧（松村北斗）はアッサリ解読。すると犯人は、暗号の内容を新聞社のサイトで16時に発表するよう指示してきた。山崎（木村祐一）は、犯人が“ゾディアック事件”を模倣していることを看破。島原（松下奈緒）は、模倣犯の出現を防ぐため、16時までに犯人を確保するよう指示する。長篠（趣里）たちが地道な捜査を続ける中、犯人に刺された男性・蠣崎（忍成修吾）が意識を取り戻した。殺された女性と蠣崎が結婚目前だったと聞かされ、自分の過去を思い出す伏見。一方、KSBCには犯人の漆川（般若）から新たに連絡が入り、男が１人監禁されていることが判明し…！

蠣崎（忍成修吾）に拉致された湊川（シシド・カフカ）は、彼が自分の過去を詳細に知っていることに驚く。一方、女性を殺害し、蠣崎のことも刺したとして逮捕された漆川（般若）は犯行を否認。蠣崎が女性を殺し、自分で自らの腹を刺したと証言する。早速、伏見（亀梨和也）は蠣崎の追跡を開始。山崎（木村祐一）は蠣崎が残した「原点に戻れ」というヒントから湊川の居場所を探り当てるが、同じ頃、蠣崎は湊川に爆弾と首吊りの２つの罠を仕掛け、次の作戦に着手するためにその場を立ち去っていた。そんな中、湊川の愛息子にも危機が迫っていることが判明し…！

伏見（亀梨和也）は、島原（松下奈緒）の夫を殺害した蠣崎（忍成修吾）が、美保（小野ゆり子）の事件に関係があるのではないかと疑う。そんな中、優希（冨手麻妙）という女性が行方不明になり、彼女の部屋から木留という男の遺体が発見された。現場付近の映像から怪しい男を見つけた伏見は、その男を確保。それは、山崎（木村祐一）の息子、克巳（塩野瑛久）だった。木留から運搬を依頼された覚醒剤を盗み、恋人の優希とともに海外に逃げようと画策していた克巳。しかし、半グレ集団の元締め・神流川一馬（今井朋彦）と羊介（真壁刀義）の兄弟が木留を殺害し、優希を連れ去ってしまったという。山崎は、優希が覚醒剤を隠すために、袋ごと飲み込んだと推理。小牧（松村北斗）は、袋が腸に到達したら命が危ないと指摘する。詐欺投資事件の服役中に妻が過労死し、克巳とも絶縁状態になっていた山崎。かつて神流川兄弟とも関係があった彼は、神流川兄弟との取り引きの算段を勝手に決めてしまう。島原は山崎のやり方に反発するが、心労がたたり、貧血で病院へ。島原に代わって現場の指揮を取ることになった長篠（趣里）は、山崎の“勝負”に乗ることを決意し…。

鳥羽（高嶋政伸）のカウンセリングを受けることになった島原（松下奈緒）は、「自分の感情に正直になるように」と助言を受ける。一方、伏見（亀梨和也）は“先生”と呼ばれる事件の黒幕の内通者が、警察内にいると疑っていた。そんな中、連続爆発事件が発生し、捜査一課の二人の刑事が犠牲になった。事件現場のモニターを調べていた長篠（趣里）の様子に違和感を覚えた伏見は、小牧（松村北斗）に長篠の調査を指示する。標的となった刑事たちに送られていたメールから、犯人が警察に恨みを持っていると分析する山崎（木村祐一）。そんな中、長篠が11年前に起きた拉致監禁事件の被害者で、その事件を担当していたのが、爆発事件の犠牲になった刑事二人だったことが明らかに。果たして長篠と事件との関係とは…？

謎の男・真弓（TAK∴）に拉致された伏見（亀梨和也）は、彼が一連の事件の黒幕＝“先生”ではないかと疑うが、真弓は否定。伏見は、彼を助けに来た湊川（シシド・カフカ）ともども窮地に立たされるが、何者かの指令を受けた真弓は、２人を残してその場を去っていった。そんな中、大学時代の後輩・悠香（森田望智）から呼び出された小牧（松村北斗）が、怪しげな男たちに誘拐された。連れ去られた先で待ち構えていたのは、元暴力団の瀬沢（古屋隆太）。小牧は瀬沢から、日本最高レベルのセキュリティーを誇る「みなと貴金属」の倉庫をハッキングするよう迫られる。悠香を人質に取られた小牧は、早速、作業に取り掛かることに。小牧も認めるプログラミング能力を持ちながら、親が事業に失敗し、大学を中退した悠香。人間を信じることを知らなかった小牧の心を開いてくれた悠香を守るために、瀬沢たちに手を貸す小牧。倉庫のセキュリティー解除に軽々と成功した彼は、KSBCのシステムをジャックして…！？常に冷静で伏見のピンチを何度も救ってきた天才ハッカー・小牧。彼の心の傷が明らかになり、伏見との絆に胸が熱くなる第６話！

小牧（松村北斗）が関わった事件の犯人も、他の事件と同じく“先生”と関係があったことが判明した。“先生”をプロファイルした山崎（木村祐一）は、彼が伏見（亀梨和也）に恨みを抱く人物だと指摘する。そんな中、亡き美保（小野ゆり子）の墓参りに行った伏見のもとに、美保の生前の盗撮動画が送られてきた。動画の送り主から呼び出された伏見は、麻酔銃で撃たれ、連れ去られてしまう。KSBCに送られてきたライブ映像から、伏見がある場所に監禁されていると見抜いた島原（松下奈緒）は、近隣の該当施設を調べさせるが、数が多く、なかなか絞り込みには至らない。伏見を拉致したのは、鴫野耕平（正名僕蔵）と妻の潤子（大高洋子）。病気の娘の治療費のために強盗に入った先で伏見に逮捕された２人は、その後娘を亡くし、伏見を逆恨みしていた。2人は伏見と共に心中する覚悟だ。湊川（シシド・カフカ）たちは、伏見のヒントから彼を拉致した男を確保するも、伏見の居場所はわからずしまい。その間にも、伏見の体力は徐々に奪われていき…！

島原（松下奈緒）の夫を殺した蠣崎（忍成修吾）が、警察病院から逃走した。伏見（亀梨和也）や湊川（シシド・カフカ）は現場に向かうが、その間に蠣崎が仲間と共にKSBCを占拠。刑事部長の奥州（矢島健一）の元に、KSBC内部の映像を送りつける。事態を知った伏見は、奥州にSITの出動を要請。しかし奥州は、秘密裏に事件を解決するよう伏見に指示する。KSBCへの立ち入りもできなくなり、かつての探偵事務所に場所を移した伏見たち。早速小牧（松村北斗）はKSBCへのハッキングを開始し、長篠（趣里）の手引きでシステムに入り込むことに成功する。蠣崎の目的は、警察が保有する機密文書「B2ファイル」。そこには、特権階級の人間が起こし、警察の手でもみ消された事件の詳細が記されていた。復讐すべき相手がわからず苦しむ犯罪被害者のために、隠蔽された犯罪者の素性を明かすことが“正義”だと主張する蠣崎。部下の命と引き換えにファイルのパスワードを教えるよう迫られた島原は、苦悩の末、自分を撃てと蠣崎に言い放つが…。

島原（松下奈緒）のカウンセラー・鳥羽（高嶋政伸）が、KSBCに現れた。自分の担当患者だった蠣崎（忍成修吾）の情報提供に来たという鳥羽から、話を聞く島原たち。美保（小野ゆり子）を殺した犯人と同じ青いコートを着た鳥羽の右腕に、犯人と同じ傷があることを知った伏見（亀梨和也）は逆上するが、鳥羽は動じることなく取り調べに協力する。取り調べ中、蠣崎への憎しみを解放するよう鳥羽から巧みに誘導された島原は、自分の怒りを抑えることができず、激しく動揺。すると、蠣崎が自殺したという連絡が入る。何者かが蠣崎の病室に拳銃を持ち込んだのだ。一方、湊川（シシド・カフカ）と共に鳥羽のクリニックに向かった伏見は、美保の殺害に使われた凶器を発見。直前に、嘉吉（三元雅芸）という男が侵入し、凶器を置いていったらしいことも判明する。しかし、凶器から検出されたのは、思いがけない人物の指紋。そして真弓（坂口拓）から、大病院のシステムを乗っ取ったとKSBCに連絡が入る！

小牧（松村北斗）の銃撃現場から逃走した伏見（亀梨和也）に、鳥羽（高嶋政伸）から連絡が入った。そして明かされる鳥羽の過去……。そこには伏見の婚約者・美保（小野ゆり子）の死との思いがけない関係が…！？鳥羽の真意を探る鍵が、公にできない犯罪を記した“ブルーブラッドリスト”にあると確信した島原（松下奈緒）は、奥州（矢島健一）のPCからデータを盗み出すことに成功。一方、捜査一課に追われる伏見を隠れ家に匿った山崎（木村祐一）と湊川（シシド・カフカ）は、謎の男・真弓（TAK∴）に関する有力情報を長篠（趣里）経由で入手し、伏見に手渡す。そんな中、KSBCのある人物が真弓に誘拐され、人質に取られる。その背後には鳥羽（高嶋政伸）の「真の目的」が隠されており…！これまで覚えたことがないほどの怒りと対峙することになる伏見。彼は、鳥羽の仕掛けた罠と、自らの怒りに打ち勝つことができるのか？　そして、KSBCを翻弄した内通者の正体とは…？　すべての謎が解き明かされる、最終話！