上空一万メートルを飛ぶ飛行機がハイジャックされた。少年・君塚君彦は探偵を名乗る謎の少女・シエスタから助手に任命され、コックピットへと向かう。そこではコウモリというコードネームを名乗る男が機長を人質に取っていた。コウモリは人質を開放するための条件としてシエスタに”飛行機を乗っ取った理由”を推理するよう要求する。

シエスタと死に別れてから1年。君塚は日常という名のぬるま湯にとっぷり浸かっていた。そんな君塚の元に同級生の少女・夏凪渚が訪れる。夏凪は正体不明の人物Xを探すために君塚に依頼を申し出た。君塚は夏凪の依頼を叶えるため、警察官の加瀬風靡に協力を仰ぐ。風靡が案内したのは刑務所。君塚はかつて死闘を繰り広げたコウモリと再会する。

君塚と夏凪の前に突如現れた中学生アイドルの斎川唯。彼女の元には「ドームライブ当日に時価30億円のサファイアをいただく」と書かれた手紙が届いていた。君塚と夏凪はシエスタの遺志を継ぐべく斎川の依頼を引き受ける。ところが、ライブ前日のリハーサル、ステージ上の斎川に向かって謎の男が近寄って来て……。

「斎川唯は、嘘をついている。」犯人の狙いが宝物庫にあるサファイアではなく斎川自身だと見抜いた君塚は、ドームライブ当日、夏凪と共にライブ会場へ向かう。ライブで盛り上がる会場に潜む犯人を探す2人だったが、なかなか居所がつかめない。焦りだけが募る中、刻一刻とその時が迫っていた。

舞台は1年前。人間の心臓が食いちぎられるという怪事件が立て続けに発生していた。シエスタと君塚はこの事件が秘密組織SPESの一員であるケルベロスの仕業であると気付き、囮捜査を計画する。囮役となった君塚は真っ暗な部屋に侵入してきた人影を追い詰める。しかし現れたのはシエスタを慕う少女・シャルだった。

突如現れたSPESの最高幹部ヘルとの戦いに勝利したシエスタと君塚。その代償としてシエスタは脚に全治2週間ほどの怪我を負っていた。おつかいを頼まれた君塚は路地裏の段ボールの中で眠っていた少女・アリシアと出会う。君塚は身寄りを尋ねたがアリシアはこれまでの記憶を失っており……。

シエスタの療養中、探偵代行となったアリシアと共に「サファイアの眼」を探す君塚。そんな日々も束の間、シエスタの完治祝いにダイニングバーを訪れる3人。アップルパイの埋め合わせをして欲しいとシエスタは君塚にグラスを差し出し、気づけば夜も更けていた。部屋に戻ったシエスタはベッドに座ると「こっち、おいでよ」と君塚に呼びかけてきて……。

先日会った風靡が偽物だと気づいた君塚とシエスタ。動揺している間に5人目の犠牲者が出てしまった。ヘルを倒すためなら手段を選ばないシエスタと遺族の気持ちを尊重したい君塚はすれ違っていく。その3日後、アリシアが事件に巻き込まれる。アリシアの無事に安堵する君塚であったが、受け入れがたい現実に気付き始めていた……。

アリシアを取り戻すため、シエスタ、君塚、シャルの3人はついにSPESの拠点へとたどり着いた。シエスタと二手に分かれシャルと共に行動していた君塚はSPESの親玉である”シード”と対峙し、SPESの正体を知る。一方シエスタはヘルとの再会を果たし、アリシア奪還を試みるのだった。

「一緒に海に行く」約束を実行するはずが、斎川のスケール感の違いにより豪華客船でのクルーズ旅に招かれた君塚と夏凪。船旅を楽しむ3人だったが、かつて君塚の仲間であったシャルが現れる。シャルは客船の中に眠るとされる「シエスタの遺産」を調査していた。その翌朝、船内に不気味なアナウンスが流れ始める。

カメレオンと対峙する君塚。なんとか夏凪を助け出したものの、依然としてその猛攻は続いていた。シャルの加勢を得て一旦は敵を追い詰めたかに思えたが、カメレオンの一撃が甲板を砕き、君塚は下の階層へと落下してしまう。朦朧とする意識の中、シエスタと死別した日の記憶が蘇り……。

君塚の拳とカメレオンが交わろうとした刹那、天井から放たれた銃弾がカメレオンを貫く。そこにいたのは紛れもなく「名探偵」だった。「君、私の助手になってよ」4年ぶりの呼びかけに、君塚は上空一万メートルの懐かしい記憶を思い出す。名探偵とその助手は昔話に花を咲かせながらカメレオンに銃口を構える。