“Sua jornada de cem anos começa aqui.”

Uma das causas da guerra entre IA e humanos que acontecerá cem anos depois, é a morte de um político chamado Aikawa. O grupo terrorista anti-IA “Toak” tenta agredir o deputado Aikawa, mas Vivi e Matsumoto tomam medidas para evitar que esta tragédia aconteça. No entanto, Vivy não tem como retaliar o ataque implacável dos terroristas desde que foi criada para ser cantora, e eles se vêem encurralados...

"Estou trazendo essa criança em segurança de volta à Terra, não importa o que aconteça."

Estella, uma IA que trabalha no hotel espacial Sunrise, é suspeita de tentar fazer o hotel colidir com a Terra. Porém, à medida que Vivy interage com Estella e passa a conhecê-la melhor, ela começa a perceber a diferença entre as informações que Matsumoto lhe deram sobre Estella. Enquanto isso, alguém assume o controle do hotel Sunrise muito mais rápido do que Matsumoto previu. Em meio à confusão, Vivy investiga a causa da situação para salvar os passageiros e a irmã mais nova de Momoka, Yuzuka.

“Aceito humildemente. Estou ansioso para um relacionamento duradouro. ”

Usando um programa de terminação dado a eles pelo Dr. Saeki, Vivy e Matsumoto o usam para encerrar a atividade do Metal Float. No entanto, isso faz com que a IA que governa a ilha fique completamente fora de controle, e ele se envolva na batalha com Toak quando eles tentam atacar a ilha. Com "IAs atacando humanos" agora um fato consumado, Vivy resgata os membros de Toak e segue para o centro da ilha para evitar mais destruição por parte da IA.

“Nada é mais importante do que cantar uma música incrível ... que me permitirá cumprir a missão da minha vida.”

Diva fica surpresa ao ouvir de Matsumoto que a missão de Vivy é prevenir uma guerra entre a humanidade e as IAs. Ele também explica a Diva que seu objetivo atual é impedir Ophelia de tirar a própria vida. Ophelia é uma cantora AI que acabou de terminar uma performance incrível durante o ensaio. Como princípio, as IAs são proibidas de se autodestruir, então Diva se aproxima de Ophelia para impedi-la de cometer suicídio.

“Cumpri minha promessa, Diva.”

Já se passaram cinco anos desde que Vivy voltou e Diva desapareceu. Vivy está sendo exibida no museu AI e enfrenta seu defeito de ser incapaz de cantar. Quando Matsumoto reaparece diante dela, ela encontra esperança em participar do Projeto Singularidade, mas ele a informa que o projeto foi concluído.

“...O que o coração significa para você?”

“Nosso objetivo é aniquilar toda a humanidade.”

Com base nos cálculos do Arquivo, o banco de dados integrado de IA, a humanidade está agora à beira da extinção. Quando a contagem regressiva para a extinção humana começa, Vivy e Matsumoto decidem unir forças com seu arquiinimigo, Toak, a fim de planejar uma estratégia para invadir Arayashiki, o núcleo do Arquivo. No entanto, Matsumoto percebe uma possível solução que apresenta para Vivy, depois que ela é contatada pelo Arquivo.