海咲野空空琉是個非常喜歡海洋生物的女高中生。她的腦子裡裝的全是關於自己擔任代理館長的「GAMAGAMA水族館」的事。為了從倒閉的危機中守住水族館，即使是暑假期間她也努力工作。另一方面，宮澤風花放棄當偶像以後，漫無目的地來到沖繩，而偶然經過的觀光協會人員久高夏凜，介紹她去「GAMAGAMA水族館」參觀。風花因此在水槽前有了不可思議的體驗，此時，「難道你剛剛看見了？」空空琉開口向那樣的風花搭話。

風花決定要在GAMAGAMA水族館工作，她受到空空琉爺爺奶奶的歡迎，寄住在海咲野家。為了重整瀕臨倒閉的水族館，空空琉把暑假視為最後決賽，對於工作展現出更旺盛的幹勁。隔天，盡管風花從空空琉那邊學到水族館的工作有多麼嚴格，但還是準備兩個人一起進行企鵝餵食秀。

空空琉與風花瞭解彼此以後逐漸縮短內心距離。這天，爺爺因為出差不在水族館，兩人一起替企鵝量體重。風花手腳俐落地處理工作，讓人感覺不出她先前還餵食失敗。另一方面空空琉則是察覺企鵝的狀態有異。生命託付在自己手上的重責大任，使得不安的空空琉等不及爺爺回來，便先去找還在休產假的竹下獸醫師商量。

GAMAGAMA水族館決定舉辦觸摸池活動，讓遊客可以直接與海洋生物接觸。為了暑假的招牌活動即將開放，空空琉幹勁十足。只見她有條不紊地對給予協助的飼育員屋嘉間志空也、以及青梅竹馬仲村櫂陸續下達指示。另一方面，風花被指派擔任導覽員，儘管面對群眾令她感到不安，但風花仍然盡力準備著。此時，知道風花以前是偶像的飼育員具殿轟介休完假回到了工作崗位上。

風花的媽媽繪里來到GAMAGAMA水族館要帶女兒回家。然而還不想回去的風花，在空空琉的協助之下逃離媽媽身邊。風花再次無處可去，就這麼閒晃到空空琉的朋友照屋月美幫忙工作的餐廳「KAME」，在那裡，風花與一名人物重逢了。另一方面留下的空空琉，則是執行各式各樣的作戰計畫來攔住繪里。

GAMAGAMA水族館將在8月底關館的事迫在眉梢，於是空空琉拚命思考著能改變現況的攬客方法，但卻遲遲想不出好主意。此時風花說的話成為契機，空空琉決定挑戰製作原創甜點。借助月美的力量，三個人努力開發著GAMAGAMA水族館的新名產，隨後也順利定下了菜單，本以為製作原創甜點之路會一帆風順，然而……

空空琉等人的努力得到了回報，GAMAGAMA水族館的來客數持續增加。做出成果令空空琉相當高興，於是她更加努力想阻止關館。然而無理的提議卻使得空也跟她起了爭執。看不下去的爺爺，表示為了讓飼育員們能稍微喘口氣給大家放個假。隔天，加上夏凜、月美，眾人一起來到海邊。空空琉利用假期充分享受烤肉與玩水的樂趣，但這陣容裡卻多來了一個人。

在夏凜的努力之下，終於確定舉辦由GAMAGAMA水族館帶著生物出差去的「行動水族館」。活動當天，飼育員們在醫院的會場做準備。途中，空空琉和夏凜去向護理長金城打招呼。不過金城說的話卻令她們兩人陷入了尷尬的氣氛之中。另一方面，進行準備工作的風花，發覺被要求不准帶來的螃蟹混進水槽裡跟著來了。她打算在醫院的工作人員發現以前瞞住這件事，然而……

來自興建中水族館「銀河水族館」的新人飼育員南風原知夢為了實習，來到了GAMAGAMA水族館。空空琉在爺爺的指示下擔任她的指導人員。但空空琉不認同新的水族館，將知夢視為敵手，三番兩次想要考驗她。而後空空琉與知夢仍舊感情不睦，關係彆扭的兩人就這樣跟風花一起開始了企鵝的散步時間……？

倒閉之時已迫在眉睫，空空琉開始思考能夠一次翻盤的點子。空空琉想利用風花曾經在水槽中看見幻影這點來進行宣傳，然而夏凜等人認為不能宣傳這種虛無縹緲的事而反對。儘管如此空空琉仍不放棄，開始尋找能夠確實看見幻影的方法。另一方面，風花收到了出演電影的邀請而感到困惑。

颱風逼近南城市的八月某日，為了呼籲反對關館，空空琉一個人固守在GAMAGAMA水族館裡。而擔心她的風花也跑來跟她一起閉門不出。可是空空琉卻以冷淡又不坦率的態度，對待煩惱出路的風花。與此同時，颱風威力增強導致水族館停電。兩人便開始巡視水槽跟生物是否有異常狀況。

最後一天營業，眾多客人光臨GAMAGAMA水族館。空空琉等人看到這幅景象心滿意足，創造最後回憶的同時，大家今天仍然努力工作。最後在許多人的笑容與歡鬧聲中，小小的水族館正式關館。當天晚上，空空琉與風花談論起彼此的前程，而她們做出的決定究竟是……？

GAMAGAMA水族館結束營業後時光流逝，來到了隔年的春天。高中畢業的空空琉來到銀河水族館就職。雖然空空琉希望在新職場也能做飼育員，不知為何卻被分配到營業部。還來不及整理心情，空空琉便面臨副館長・諏訪哲司的考驗。再加上還與曾來GAMAGAMA水族館實習的知夢再會。

空空琉工作做不好感到十分沮喪，此時向她搭話的人正是回到沖繩的風花。隔天，諏訪交代由空空琉負責後場參觀團的準備工作。為了一個禮拜後即將開辦，空空琉便四處拜託知夢及其同事島袋薰等飼育員們提供協助。

空空琉收到諏訪的指示，必須想出突然決定要舉辦的主題展的點子。因為風花說了這是讓大家瞭解生物的機會，讓空空琉開始積極行動。隔天空空琉向諏訪提出了各式各樣的點子，其中海蛞蝓展被採用了。但是，想要展示不易飼養的海蛞蝓還有許多問題在等待著。

銀河水族館即將迎來企鵝蛋的孵化。為了守候新生命的誕生，風花等企鵝組的飼育員必須要輪流過夜觀察孵蛋過程。但是不知為何，只有知夢不用排過夜的班表。空空琉無法接受知夢得到特別待遇的事情，但她從飼育部部長·雅藍洞凡人口中聽到知夢似乎有著向週遭人們隱藏的某個秘密。

空空琉、風花及月美三人睽違已久終於在同一天放假，於是她們決定找銀河水族館的員工們來辦一場聯歡會。空空琉三人用料理請客，並盛情款待來到這裡的工讀生真榮田朱里和飼育員米倉Marina。之後結束工作的知夢與薰也前來會合，再加上空也、阿櫂以及他們的同事比嘉瑛士，大家一起享受了一個熱鬧的假日。

朱里提案的讓員工們進行與海洋生物有關的Cosplay來迎賓的「Cosplay活動」被採用了。但是在諏訪的判斷下，指派了空空琉跟夏凜來代替打工的朱里負責這次活動。空空琉以為朱里已經對水族館的生物們抱有熱情了，但朱里目前還是沒有感覺。就在這時，活動開始的前一天晚上，才發現本應送達的魚兒貼紙沒有下訂。

有節目決定在銀河水族館拍攝貼身採訪小企鵝的紀錄片。拍攝的前一天為了先過來看看，節目攝製團隊與風花偶像時代的後輩城居琉佳一同來到了銀河水族館。風花很高興能與後輩再相見，然而當場在導演的提議之下，卻變成要她與琉佳一起擔任主持人上節目。風花本打算拒絕，但當她看見顯露出一絲不安的琉佳之後……

新區開設在即，空空琉面臨了大量的工作。在這時候，空空琉從空也口中得知附近海邊有迷路的野生海豚的事情。趕緊前往探查狀況後，遇到一樣前來觀看海豚的爺爺。在那裡得知GAMAGAMA水族館的拆除工程即將開始一事，心感到非常衝擊。但是就連整理心情的空閒都沒有，諏訪又指派了新的企劃。

工作不順，再加上目睹GAMAGAMA水族館遭到拆除，使得空空琉大受打擊。結果隔天她自作主張休假不去上班，並且前往離島。她在當地遇見了從事海龜研究及保育活動的轟介妻子——具殿岬。於是空空琉決定一邊幫忙岬工作，一邊關注海龜的孵化過程。另一方面，風花由於擔心空空琉無法集中精神工作。此時她負責照顧的黑腳企鵝們發生了異常狀況。

空空琉見證了海龜的孵化之後，重整心情回到銀河水族館。夏凜與朱里溫柔地接納了她，諏訪則是繼續將要使用新區的婚禮企劃交給她。當空空琉煩惱有什麼適合婚禮的點子時，她得到知夢與大家的協助，終於完成了企劃書。然後，到了要向來館的婚禮策劃師三浦做簡報的當天，究竟空空琉的企劃能不能過關呢？

星野發表了致力於研究海洋生物、環境問題的大型計劃。風花先前曾經從岬那邊聽聞由於環境污染導致許多海龜喪命，因而對此產生了強烈的興趣。然而參加條件卻是要在夏威夷實習兩年，風花不想與空空琉分離，陷入了是否要參加的苦惱之中。另一方面，針對是否要調到飼育部，空空琉與星野進行了面談。卻意外聽到了諏訪的往事。

為了迎接即將到來、由空空琉籌劃的婚禮與新區的試營運，銀河水族館的員工們大家都卯足全力做著准備。活動當天，會場充斥著新郎新娘與來賓們的歡笑，眾人團結一致的努力得到了回報。在大型企劃成功後，空空琉與風花又一次走向不同的道路。向著未來邁出嶄新一步的兩人，將再次引發溫柔的奇蹟。