바다에 사는 생물들에 대해 각별한 감정을 가지고 있는 미사키노 쿠쿠루. 그녀의 머릿속은 그녀가 관장 대리를 맡고 있는 가마가마 수족관 일로 가득 차 있었다. 또한 그녀는 폐관 위기에 놓인 수족관을 지키기 위해서 여름방학 동안 열심히 일하고 있었다. 한편 아이돌을 그만둔 미야자와 후우카는 무작정 오키나와에 찾아왔는데, 우연히 마주친 관광 협회 쪽 사람인 쿠다카 카린에게 가마가마 수족관으로 안내를 받게 되었다. 수조 앞에서 신기한 체험을 한 후우카에게 쿠쿠루는 '혹시 방금 그거 봤어?'라고 말을 걸었는데.

가마가마 수족관에서 일하게 된 후우카는 쿠쿠루의 할아버지와 할머니에게 환대를 받으며 미사키노가에 머무르게 되었다. 폐관이 다가오는 수족관을 다시 일으켜 세우기 위해, 쿠쿠루는 여름 방학이 최후의 승부처라며 한층 더 일에 대한 의욕을 불태웠다. 다음 날, 후우카는 쿠쿠루에게서 수족관 일이 얼마나 어려운지 배우면서 펭귄 먹이를 주게 되었는데.

서로에 대해 조금씩이나마 알아가게 되면서 서서히 마음을 트게 된 쿠쿠루와 후우카. 할아버지가 출장을 가 없는 이날엔 둘이서 펭귄 체중을 재게 되었다. 후우카는 처음에 먹이를 줬을 때 어설펐던 모습은 찾아보기 어려울 정도로 일을 잘 처리했다. 한편 쿠쿠루는 한 마리의 펭귄에게서 뭔가 이상한 점을 발견했다. 수족관 생명체들의 생명을 맡고 있기에 불안해진 그녀는 할아버지가 돌아오는 걸 기다리지 않고 출산 휴가 중이었던 수의사 타케시타에게 연락했는데.

방문객들이 바다 생물을 직접 만져볼 수 있는 '터치 풀' 행사를 진행하기로 결정한 가마가마 수족관. 여름방학 동안의 메인이벤트 개최를 앞두고 기합이 잔뜩 들어간 쿠쿠루는, 수족관 직원인 야카마시 쿠우야와 소꿉친구인 나카무라 카이의 도움을 받아 가며 빠릿빠릿하게 지시를 내리고 있었다. 한편, 안내 역할을 맡게 된 후우카는 사람들 앞에 서는 걸 불안해하면서도 열심히 준비를 했다. 그런 와중에 후우카가 예전에 아이돌이었다는 걸 알고 있는 직원 구덴 고스케가 휴가를 마치고 복귀했는데.

가마가마 수족관에 딸을 데리러 온 후우카의 엄마 에리. 하지만 아직 돌아가고 싶지 않았던 후우카는 쿠쿠루의 도움으로 엄마로부터 도망치게 되었다. 다시 한번 갈 곳이 없어져 버린 후우카는, 쿠쿠루의 친구 테루야 츠키미가 일하는 식당 '카메'에서 어떤 사람과 재회하게 된다. 한편, 남겨진 쿠쿠루는 에리를 붙잡아놓기 위해 여러 가지 작전들을 실행에 옮겼는데.

가마가마 수족관의 폐관이 8월 말로 예정된 현실과 마주한 쿠쿠루. 어떻게든 상황을 반전시키기 위해 필사적으로 손님을 모으는 법을 생각해봤으나, 달리 떠오르는 방법이 없었다. 그러다가 후우카의 말을 계기로 오리지널 디저트를 만들어 파는 것에 도전하게 되었다. 츠키미의 힘을 빌려 셋은 가마가마 수족관의 새로운 명물 개발에 도전했고, 그렇게 무사히 메뉴를 정한 후 오리지널 디저트를 만드는 데 성공하는 듯했는데.

쿠쿠루 일행의 노력에 힘입어 방문객 수가 점점 증가하기 시작한 가마가마 수족관. 결과가 나오기 시작해 기쁜 쿠쿠루는 폐관 저지를 위해 한층 더 의욕을 불태우기 시작했다. 하지만 무리한 제안을 한 것 때문에 쿠우야와 살짝 언쟁이 벌어졌고, 그 모습을 보고 있던 할아버지는 사육사들로 하여금 한숨 돌리게 하기 위해 휴가를 주었다. 다음 날, 카린과 츠키미와도 함께 바닷가에 온 일행들. 바비큐를 하거나 바다에서 놀면서 휴가를 만끽하는 그들이었지만 거기에 한 명이 더 끼게 되었는데.

카린이 애쓴 덕분에 생물을 가지고 출장을 가는 '이동 수족관' 개최가 결정된 가마가마 수족관. 당일에 출장 장소인 병원에서 사육사들이 열심히 준비를 하는 가운데 쿠쿠루와 카린은 수간호사인 킨죠에게 인사를 하러 갔다. 하지만 킨죠의 이야기 때문에 둘 사이에선 어색한 공기가 흐르고 말았는데... 한편, 후우카는 가지고 오지 말라고 했던 게가 수조 안에 있는 것을 발견했다. 과연 병원 관계자가 알아채기 전까지 그걸 숨길 수 있을 것인가.

한창 건설 중인 수족관 '아쿠아리움 틴가라'에서 연수를 받기 위해 찾아온 신입 하에바루 치유. 할아버지의 지시로 쿠쿠루가 그녀의 교육을 맡게 되었지만, 새로운 수족관을 인정하기 싫었던 쿠쿠루는 치유를 라이벌로 보고 항상 시험하는 듯한 태도를 보이고 말았다. 그 후에도 사이가 좋아지지 않고 삐걱거리는 둘과 함께 후우카는 펭귄들 산책을 시작했는데.

폐관하는 날이 다가오는 가운데 이 상황을 뒤집을만한 아이디어를 고민하는 쿠쿠루. 예전에 후우카도 본 적이 있다고 한 수족관에서의 환상을 선전해보자고 제안했지만, 카린을 비롯한 사람들에게 불확실한 것을 선전할 수는 없다고 거절당했다. 그럼에도 포기하고 싶지 않았던 쿠쿠루는 환상을 확실하게 보기 위한 방법을 찾기 시작했다. 한편, 후우카는 자신에게 영화 출연 제의가 들어온 것을 알고 고민에 빠졌는데.

난조시에 태풍이 다가오는 8월의 어느 날. 폐관 반대를 외치며 쿠쿠루는 수족관에 홀로 틀어박히게 되었다. 그녀를 걱정한 후우카는 수족관에 달려와 같이 농성을 하게 되었다. 하지만, 진로를 고민하는 후우카에 대해서 쿠쿠루는 솔직해지지 못하고 쌀쌀맞은 태도를 보이고 말았다. 그런 와중에, 점점 더 심해지는 태풍 때문에 수족관에 정전이 발생했다. 그들은 수조나 생물들에게 이상은 없는지 살펴보았는데.

영업 마지막 날에 가마가마 수족관에는 수많은 손님들이 찾아왔다. 그 모습에 만족해하는 쿠쿠루 일행은 마지막 추억을 만들어가면서 오늘도 일에 열중하고 있었다. 그렇게 많은 사람들의 활기찬 웃음 속에서 자그마한 수족관은 폐관했다. 그날 밤, 쿠쿠루와 후우카는 서로의 진로에 대해서 이야기를 나누었다. 그녀들이 내린 결단은 과연.

가마가마 수족관이 폐관한 이후 시간은 흘러갔고, 다음 해 봄. 고등학교를 졸업한 쿠쿠루는 아쿠아리움 틴가라에 취직했다. 새로운 직장에서도 쿠쿠루는 사육사 일을 하는 것을 희망했지만, 어째서인지 영업부로 배치되고 말았다. 감정이 채 정리되지도 않은 채 배속된 부서에 찾아간 쿠쿠루를 기다리고 있었던 건 부관장인 스와 테츠지였다. 거기에다 과거에 가마가마 수족관에 연수를 온 적이 있었던 치유하고도 재회했는데.

일에 좀처럼 익숙해지지 못하고 침울해하는 쿠쿠루에게 말을 건 사람은 오키나와로 돌아온 후우카였다. 다음 날, 스와로부터 백스테이지 투어 준비를 지시받은 쿠쿠루는, 1주일 후에 있을 개최를 앞두고 치유 및 시마부쿠로 카오루를 비롯한 사육사들에게 협력을 요청하기 위해 돌아다녔는데.

갑작스럽게 실시하게 된 기획 전시에 대한 아이디어를 내라고 쿠쿠루는 스와에게 지시받았다. 후우카가 '생물을 널리 알릴 기회'라고 말한 것을 계기로 쿠쿠루는 이 일을 열심히 해내겠다고 마음먹었다. 다음 날, 쿠쿠루는 스와에게 여러 가지 기획들을 제출했고, 그중에서 갯민숭달팽이 기획 전시가 채용되었다. 하지만 사육 난이도가 높은 갯민숭달팽이를 전시하는 데는 많은 문제가 있었는데.

펭귄 알이 부화하기까지 얼마 남지 않은 아쿠아리움 틴가라. 후우카가 소속된 펭귄 담당 사육사들은 새로운 생명의 탄생을 앞두고 부화하는 것을 지켜보기 위해 돌아가며 당직을 서게 되었다. 하지만 어째서인지 치유만은 당직 근무에서 열외되었다. 쿠쿠루는 치유만이 특별 대접을 받는 것을 납득하지 못했지만, 사육부 부장인 가란도 본도로부터 치유가 주변 사람들에게 숨기고 있었던 사정을 듣게 되었는데.

오랜만에 쉬는 날이 겹친 쿠쿠루와 후우카 그리고 츠키미는 아쿠아리움 틴가라의 직원들과 친목회를 개최하게 되었다. 아르바이트생인 마에다 아카리와 사육사인 요네쿠라 마리나에게 요리를 해주고 극진히 대접하는 쿠쿠루 일행들. 그 후, 오전 조인 치유와 카오루도 합류하고 거기에다 쿠우야, 카이 및 히가 에이지까지 참석해 떠들썩한 휴일을 즐겼는데.

새끼 펭귄을 밀착 취재하는 다큐멘터리 촬영이 결정된 아쿠아리움 틴가라. 촬영 전날, 사전답사를 위해 제작진과 후우카의 아이돌 시절 후배인 시로이 루카가 찾아왔다. 후우카는 후배와 재회하는 것을 기뻐했지만, 그 장소에 있었던 촬영 감독의 제안으로 루카와 함께 방송에 리포터로 출연하는 식으로 일이 진행되어버렸다. 후우카는 이를 거절하려 했지만 루카는 어딘가 불안해 보이는 기색이었는데.

새로운 구역 개장을 앞두고 막대한 양의 일거리에 쫓기는 쿠쿠루. 그런 가운데 쿠우야로부터 근처 해안에 야생 돌고래가 길을 잃어 헤매고 있다는 걸 듣게 되었다. 곧바로 상태를 보러 가니 마찬가지로 돌고래의 상태를 보러온 할아버지와 마주치게 되었다. 그 자리에서 얼마 안 있어 가마가마 수족관이 철거가 시작된다는 것을 듣고, 쿠쿠루는 충격을 받았다. 하지만 그 기분을 정리할 틈도 없이 스와로부터 새로운 기획을 작성할 것을 지시받았는데.

일이 좀처럼 익숙해지지 않은 상황에서 해체되어버린 가마가마 수족관을 봐버리고 충격을 받은 쿠쿠루. 다음 날, 무단으로 직장을 쉬고 다른 섬으로 발걸음을 옮겼다. 그곳에서 쿠쿠루는 바다거북 연구와 보호 활동을 하고 있는 고스케의 아내 미사키와 만나게 되었다. 쿠쿠루가 미사키의 일을 도와주면서 바다거북알이 부화하는 걸 지켜보게 된 가운데, 쿠쿠루가 걱정돼 일에 집중을 못 하는 후우카. 그런 가운데 사육을 담당하고 있던 케이프 펭귄들 사이에 이변이 발생했는데.

바다거북알의 부화를 지켜본 쿠쿠루는 새롭게 마음을 다잡고 아쿠아리움 틴가라로 돌아왔다. 그런 그녀를 카린과 아카리가 따뜻하게 맞이하는 가운데, 스와는 계속해서 새로운 구역을 활용한 결혼식 기획을 진행할 것을 지시했다. 결혼식에 어울리는 아이디어를 내기 위해 고민하던 쿠쿠루는, 치유를 비롯한 사람들에게 협력을 얻은 끝에 드디어 기획서를 완성했다. 그렇게 웨딩플래너 미우라 앞에서 PT를 진행하는 날이 밝아왔고, 과연 쿠쿠루의 기획은 받아들여질 것인가.

호시노로부터 수생 생물의 연구 및 환경 문제 등에 대처하는 대형 프로젝트가 발표되었다. 이전에 미사키로부터 환경 오염 때문에 수많은 바다거북이 목숨을 잃고 있다는 걸 들은 후우카는 이에 대한 강한 열의를 불태웠다. 하지만, 참가 조건이 하와이에서 2년 동안 연수를 받는 거라는 얘기를 듣고 쿠쿠루와 떨어지고 싶지 않았던 후우카는 참가를 망설였다. 한편, 사육부로 이동하는 것에 대해서 호시노의 이야기를 나누는 쿠쿠루. 그곳에서 쿠쿠루는 스와의 과거에 대한 이야기를 듣게 되었는데.

쿠쿠루가 기획한 결혼식과 새로운 구역 가오픈을 하루 앞두고 아쿠아리움 틴가라 직원 일동은 준비에 매진했다. 하나가 되어 준비한 보람이 있었던 당일, 신랑 신부와 찾아온 손님들의 웃음이 식장을 가득 채웠다. 무사히 큰 기획을 끝마친 이 시기에, 각자 다른 길을 걷게 된 쿠쿠루와 후우카. 새로운 길로 나아가는 두 사람에게 다시 한번 따뜻한 기적이 벌어졌는데.