海の生き物が大好きな女子高生・海咲野くくる。彼女の頭の中は、館長代理を務める「がまがま水族館」のことでいっぱい。閉館の危機にある水族館を守るために、夏休み中も仕事に励んでいた。一方、アイドルを辞めた宮沢風花は、あてもなく沖縄へとやってきたが、偶然通りかかった観光協会の久高夏凛に「がまがま水族館」へと案内してもらう。水槽の前で不思議な体験をした風花は、「今、見えてた？」とくくるから声を掛けられる。

「がまがま水族館」で働くことになった風花は、くくるのおじいとおばあに迎えられ、海咲野家に身を寄せることに。閉館が迫る水族館を立て直すため、夏休みが最後の勝負とより一層仕事へのやる気を見せるくくる。翌日、風花はくくるから水族館の仕事の厳しさを教わりながらも、2人でペンギンのエサやりショーを行うが…！？

お互いのことを知り少しずつ打ち解けてきたくくると風花。出張でおじいが不在のこの日は、2人でペンギンの体重測定をすることに。風花はエサやり時の失敗を感じさせないほど手際よく仕事をこなしていく。一方くくるは1羽のペンギンの異変に気がつく。命を預かることの重責から不安になった彼女はおじいの帰りを待てず産休中の獣医・竹下に相談するが……。

来場者が海の生き物と直接触れ合えるタッチプールの実施が決まった「がまがま水族館」。夏休みの目玉イベント開催に向けてはりきるくくるは、飼育員の屋嘉間志空也や幼なじみの仲村櫂にも手伝ってもらいテキパキと指示を出していく。一方、案内係を任された風花は、人前に立つことを不安に感じつつも懸命に準備をする。そんな時、風花が元アイドルだと知る飼育員・貝殿轟介が休暇から復帰してきて……？

「がまがま水族館」に娘を連れ戻しにやってきた風花の母・絵里。しかし、まだ帰りたくない風花はくくるの手助けによって母から逃げることに。再び行く当てがなくなった風花は、ふらりと立ち寄った、くくるの友達である照屋月美が手伝うごはん屋「カメ―」である人物と再会する。一方、残されたくくるは、絵里を足止めするために様々な作戦を実行していた。

「がまがま水族館」の閉館が8月末に迫り焦るくくる。なんとか状況を変えるべく必死に集客方法を考えるがどれもピンと来ない。そんな時、風花の言葉がきっかけでオリジナルスイーツ作りに挑戦することに。月美の力も借りて、3人は「がまがま水族館」の新たな名物開発に励む。その後、無事メニューも決まり、オリジナルスイーツ作りは順調かに思われたが……。

くくるたちの努力の甲斐もあり、来場者数が増えてきた「がまがま水族館」。結果が出て喜ぶくくるは、閉館阻止に向けてより一層はりきる。だが無茶な提案をしたことで、空也と揉めてしまう。その様子を見かねたおじいは、飼育員たちに息抜きのための休暇を与える。翌日、夏凛や月美も加えて海にやってきた一同。バーベキューや海の遊びで休みを満喫するくくるだったがそこにもう一人加わって……？

夏凛の尽力で生き物を連れて出張をする「移動水族館」の開催が決まった「がまがま水族館」。当日、会場となる病院で準備を進める飼育員たち。その途中、看護師長・金城の元に挨拶に向かうくくると夏凛。だが金城の言葉がきっかけで2人は気まずい雰囲気に。一方、準備を進める風花は持ち込みを禁止されたカニが水槽内に紛れ込んでいることに気が付く。病院の関係者に見つかる前に隠そうとするが！？

建設中の水族館「アクアリウム・ティンガーラ」から研修のためにやってきた新人飼育員・南風原知夢（はえばるちゆ）。おじいの指示で彼女の教育係を任されたくくる。だが新たな水族館を認められないくくるは知夢をライバル視し、試すような態度ばかりとってしまう。その後も打ち解けられずギクシャクする2人は、風花と一緒にペンギンのお散歩を始めるが……？

閉館の時が迫り、一発形勢逆転のアイデアを探すくくる。以前、風花も目にした水槽の幻を宣伝しようと提案する。だが、夏凛たちから不確かなものは宣伝できないと反対されてしまう。それでも諦めきれないくくるは、幻が確実に見える方法を探し始める。一方、風花は自身に映画主演のオファーがきていることを知り悩んでいた……。

南城市に台風が迫る8月のある日。閉館反対を訴えるため、くくるは1人で「がまがま水族館」に立て籠もってしまう。彼女を心配した風花が駆けつけ一緒に立て籠もる。だが、進路に悩む風花に対して、くくるは素直になれずそっけない態度をとってしまう。そんな中、激しさを増す台風によって停電する水族館。2人は水槽や生き物に異常がないか見て回る。

営業最終日、「がまがま水族館」には多くの客が訪れていた。その様子に満足げなくくるたちは、最後の思い出を作りつつ今日も仕事に励んでいた。たくさんの人の笑顔と賑わいの中、ちいさな水族館は閉館する。その日の夜、お互いの進路について話すくくると風花。彼女たちの決断とは……？

「がまがま水族館」の閉館から月日は流れ、翌年の春。高校を卒業したくくるは「アクアリウム・ティンガーラ」に就職する。新たな職場でも飼育員を希望するくくるだったが、なぜか営業部に配属されてしまう。気持ちの整理ができないまま、配属先に向かったくくるを待っていたのは、副館長・諏訪哲司だった。さらにかつて「がまがま水族館」に研修で来ていた知夢と再会して……。

仕事が上手くいかず落ち込むくくるに声をかけたのは、沖縄に帰ってきた風花だった。翌日、諏訪からバックヤードツアーの準備を任されたくくるは、1週間後の開催に向けて知夢や同僚の島袋薫たち飼育員に協力をお願いして回る。

急遽、実施が決まった企画展示のアイデア出しを諏訪から命じられたくくる。風花の「生き物のことを知ってもらうチャンス」という言葉をきっかけに前向きに取り組むことを決める。翌日、諏訪に様々な企画を提案し、その中からウミウシの展示企画が採用される。しかし、飼育難易度が高いウミウシの展示には多くの問題が待ち構えていた……。

ペンギンの卵の孵化が近づく「アクアリウム・ティンガーラ」。新たな命の誕生を見守るため、泊まり込みで孵化を見守ることになった風花たちペンギン担当の飼育員。だがなぜか、知夢だけは泊まりのシフトを免除される。知夢だけ特別扱いされていることが納得できないくくる。しかし、飼育部長・雅藍洞凡人から知夢が周囲に隠しているある事情を聞いてしまい！？

朱里が発案した職員たちが海の生き物に関するコスプレをして接客する「コスプレイベント」の実施が決まった。しかし諏訪の判断で、アルバイトである朱里に代わりくくると夏凛が準備を任される。くくるは朱里にも水族館の生き物たちを好きになってもらおうとするが、朱里は今一つ興味を持てないでいた。そんな中、イベント開催前日の夜、配付予定の魚のシールが発注されていないことが判明して！？

ペンギンの雛の密着ドキュメンタリーの撮影が決まった「アクアリウム・ティンガーラ」。撮影前日、下見のために番組撮影クルーと風花のアイドル時代の後輩・城居ルカがやってくる。後輩との再会を喜ぶ風花だったが、その場にいたディレクターの提案で、ルカと共にレポーターとして番組に出演する流れに。断ろうとする風花だったが、どこか不安げな様子のルカを見て……。

新エリアオープンにむけて、膨大な量の仕事に追われるくくる。そんな中、空也から近くの海岸に野生のイルカが迷い込んだことを聞く。早速、様子を見に行くと、同じくイルカを見に来ていたおじいと鉢合わせる。その場で、もうすぐ「がまがま水族館」の解体工事が始まることを聞き、ショックを受けるくくる。しかし、気持ちの整理をする間もなく、諏訪から新たな企画を任されてしまい……！？

仕事が上手くいかず、さらに解体された「がまがま水族館」を目にしてショックを受けるくくる。翌日、無断で仕事を休み離島へと足を運ぶ。そこでウミガメの研究と保護活動をする轟介の妻・具殿岬と出会ったくくる。岬の仕事を手伝いながら、ウミガメの孵化を見守ることにする。一方、くくるのことが心配で仕事に集中できない風花。そんな中、飼育担当のケープペンギンたちに異変が起こり……。

ウミガメの孵化を見届けたくくるは、気持ちを新たに「アクアリウム・ティンガーラ」へと戻る。そんな彼女を夏凛と朱里は温かく向かえ、諏訪は引き続き、新エリアを使った結婚式の企画を任せる。結婚式にふさわしいアイデア出しに悩むくくるは、知夢たちにも協力してもらい、ついに企画書を完成させる。そして、向かえたウエディングプランナー・三浦へのプレゼン当日。果たして、くくるの企画は通るのか！？

星野から、海洋生物の研究や環境問題に取り組む大型プロジェクトが発表される。以前、岬から環境汚染が原因でたくさんのウミガメが命を落としていることを聞いた風花は、強く心を惹かれる。だが、参加条件がハワイでの2年間の研修と言われ、くくると離れたくない風花は参加するか悩む。一方、飼育部への移動について、星野と面談をするくくる。その場で諏訪の過去を聞いて……？

くくるが企画した結婚式と新エリアのプレオープンを目前に控え、準備に励む「アクアリウム・ティンガーラ」の職員たち。一丸となって準備した甲斐があり当日、会場は新郎新婦や来場者の笑顔が溢れる。無事、大きな企画を終えてここで一度、別々の道を歩むことになるくくると風花。新たな道へと踏み出す２人に再び、優しい奇蹟が起きる……。