Uma colisão com o Prisma do Paradoxo envia Sonic a um mundo paralelo chamado Cidade de Nova Yoke. O curioso é que o ambiente sombrio lhe parece familiar.

Dois rebeldes aproveitam um apagão para invadir o laboratório onde o Conselho do Caos estuda a estranha conexão entre sua fonte de energia e Sonic.

Para proteger o fragmento do prisma, os rebeldes lutam contra o Conselho do Caos. Sonic faz uma descoberta estarrecedora sobre os eventos que fragmentaram seu mundo.

Em uma dimensão chamada Labirinto Boscage, Sonic se depara com versões de seus amigos morando nas copas de árvores por causa de um monstro que vive no solo da floresta.

Para voltar à dimensão certa, Sonic precisa enfrentar o monstro da selva que declarou guerra a seus amigos e recuperar o poderoso fragmento do prisma.

De volta à Nova Yoke, Sonic tenta convencer Nine a se juntar à Resistência. Mas ele está focado em construir um novo lar.

Em Lugar Nenhum, Sonic encontra um bando de piratas amistosos e seu misterioso capitão, que adora uma festa.

A equipe do Sonic quer o Fragmento do Prisma, mas logo percebe que eles não são os únicos nessa missão. Só existe um jeito de vencer: tem que ir mais rápido!

No vazio do Frag-verso, Shadow arma uma emboscada para Sonic, confrontando seu rival. Agora, é hora de fazer justiça com as próprias mãos.

Enquanto o Conselho do Caos procura pelo Fragmento do Prisma de Boscage, Sonic percebe que somente uma batalha poderá impedir os robôs de destruírem a floresta.

Para salvar a tripulação do Capitão Terrível e recuperar o Fragmento, Sonic precisará ser rápido. Por sorte, uma aliada inesperada surge para ajudá-lo.

A tripulação do Capitão Terrível questiona a lealdade de Sonic, transformando amigos em inimigos bem no meio da batalha em alto-mar pela posse do Fragmento.

O Conselho do Caos retorna à Cidade de Nova Yoke, e está mais poderoso do que nunca. Agora, é hora de os rebeldes saírem das sombras e encararem a batalha.

Sonic encontra um adversário à altura: Sonic do Caos, uma versão robô de si mesmo. Enquanto isso, o Conselho do Caos decide expandir seu império.

Para montar o Prisma do Paradoxo, Nine e Sonic precisam encontrar um portal seguro. Será que eles vão conseguir?

Enquanto Nine monta o Prisma do Paradoxo, Shadow e Sonic travam uma batalha feroz contra o Conselho para ganhar tempo. Mal sabem eles que uma grande surpresa está vindo.

Nine está com o Prisma do Paradoxo nas mãos e começa a construir o Sinistro. Será que que Sonic e Shadow vão conseguir impedir?

Sonic vai para Nova Yoke e forma uma aliança com uma turma que ele nunca achou que seria de grande ajuda. Bom, vale tudo na batalha contra Nine.

Sonic corre até Lugar Nenhum para salvar os piratas antes que o mundo entre em colapso, só que Nine ainda precisa da energia de Sonic para alimentar o Prisma do Paradoxo.

Sonic quer derrotar Nine no campo de batalha, mas para isso vai ter que aprender a abrir mão de algumas coisas. Será que ele consegue?

Para vencer o maior robô do campo de batalha e chegar um pouco mais perto de Nine, Sonic precisa ser rápido e aceitar uma ajudinha dos amigos.

Sonic descobre uma nova habilidade que pode ser a chave para derrotar Nine. Mas o exército inimigo parte para cima com um único propósito: capturar a energia de Sonic.

Está na hora de um sacrifício inacreditável para salvar o universo. Mas será que isso vai ser suficiente para reverter tudo o que Nine fez?