Durant l'époque féodale japonaise, une attaque furtive détruit la ville de Byakuro. Des ninjas vêtus de noir ont attaqué de nuit par surprise et ont tout ravagé. Pour sauver sa fille, le chef de la cité confie sa protection à son ami et bras droit de toujours. Celui-ci s'enfuit hors du village en emmenant avec lui cette petite fille pour qu'elle échappe à une mort certaine...

Quelques années plus tard, Sakura, notre héroïne accompagnée de ses amis Matsuri, Yume, Hayashi, Pochi doivent passer l'examen pour devenir ninja. Celui-ci consiste à retrouver des parchemins magiques pour pouvoir valider son passage de classe (ndlr : veuillez comprendre par-là le passage de grade).

Tout ceci est institué par leur sensei (= professeur) Kaoru, mais ils vont bientôt s'apercevoir que leur quête va prendre une plus grande ampleur qu'un simple examen...