Le Japon féodal - une époque de guerre, où la mystérieuse magie ninja et les arts martiaux impitoyables sont utilisés par les deux camps dans une bataille sanglante entre les Byakuro et le clan maléfique Kabusu. Maintenant, les Kabuso sont sur le point de déclencher leur plan le plus sournois à ce jour : kidnapper la petite princesse Byakuro qui possède un pouvoir incroyable. Hélas, un ninja honorable parvient à s'échapper avec le chérubin royal et envoie le bébé se cacher.

Des années plus tard, un jeune groupe énergique de cadets ninja est sur le point de passer son examen final - pour voir s'ils possèdent les compétences d'un vrai ninja. Leur mission : se faufiler dans le château occupé de Byakuro et voler un parchemin secret. Bientôt, nos jeunes cadets Ninja Sakura, Pochi, Matsuri, Hayashi, Yume et leur instructeur Kaoru, sont divisés en binômes et poursuivent leur mission. Ils ne savent pas que le maléfique Kabusu Clan a embauché des mercenaires hautement qualifiés pour les suivre, sachant que l'un des jeunes Ninja Cadets est en fait la princesse... mais laquelle est-elle ?