Des agents de sécurité de la planète Kalafatix débarquent sur Terre pour arrêter tous les extraterrestres qui ont commis des infractions sur leur planète...

Alpha, toujours plus monstrueux, réapparaît au pôle Sud à la recherche d'un bio-vaisseau qui lui permettra de dominer la galaxie...

Le MIB est chargé d'arrêter un trafic d'armes qui s'étend sur plusieurs galaxies. Frank, le chien, tente de les aider à sa manière..

Afin de sauver la terre d'un Métophite, véritable réacteur nucléaire vivant, le MIB envoie ses agents en 1869. Ils sont à la recherche d'un cocon nucléaire en plein Far West...

De gigantesques insectes arrivent sur Terre. Ils se sont procuré des costumes d'humains. Le MIB part à leur recherche...

Un incident met en péril la centrale nucléaire du MIB. Les Worms, qui en avaient la surveillance, sont condamnés à l'exil. J a pourtant le sentiment qu'ils sont innocents...

Une centrale nucléaire est cambriolée et des barres d'uranium dérobées. Les Darkons, des ombres vivantes maléfiques, mettent au point une arme diabolique qui, dès la prochaine éclipse, plongerait le monde dans l'obscurité éternelle...

K est nommé à la tête du MIB suite au départ en retraite de Z. J et L sont désormais coéquipiers...

Les Fmeks volent les monuments les plus connus de New York comme le pont de Brooklyn et la statue de la Liberté. Le MIB fait tout pour les en empêcher...

Une momie s'éveille dans le musée d'histoire naturelle et s'enfuit. Il s'agit d'un Hypérien que K et J vont traquer...

Le MIB accueille un ambassadeur stellarien et sa fille. Cette dernière est kidnappée par des Frostifariens. Le MIB met tout en œuvre pour la retrouver...

Le MIB organise un comité d'accueil pour un alien non identifié. Mais cet extraterrestre leur file entre les mains et entre dans un fast-food...

Après une course effrénée qui se termine par un accident avec la voiture de K, J est exclu du MIB. Ses trois années en tant qu'agent sont effacées de sa mémoire avant son retour à la vie civile...