En el primer capítulo, Mason Kane y Nadia Sinh, los mejores agentes de la agencia Citadel, se enfrentan a Manticore, una nueva e infame organización, y todo acaba en catástrofe. Ocho años después, Mason Kane lleva una vida tranquila como Kyle Conroy y no recuerda su pasado. Hasta que un día, un antiguo colega le pide ayuda para evitar que la poderosa Manticore cree un nuevo orden mundial.

Kyle y Bernard viajan a Nueva York para robar el maletín X de la sede de Manticore antes de que sea demasiado tarde. Después, Kyle se entera de que alguien de su pasado sigue vivo y se lo juega todo para encontrar a esa persona.

Cuando Kyle y Nadia llegan a un antiguo refugio, empiezan a resurgir pequeñas pistas sobre su pasado común. Pronto, descubren que un antiguo aliado que puede ser clave para frenar a Manticore está preso en Marruecos. Para rescatarle, antes necesitan la ayuda de un mafioso local. Pero su misión se ve comprometida al salir a la luz secretos del pasado.

Tras la impactante revelación sobre la antigua identidad secreta de Abby, conocemos los antiguos vínculos entre Mason, Nadia y Celeste y una terrible decisión cuyos ecos aún resuenan. Mientras tanto, Nadia y Kyle llegan al centro de Manticore en Marruecos y se juegan la vida para liberar a su compañero. Pero su heroica bienvenida dura poco, pues se enfrentan a una peligrosa acusación.

Como épico final de la temporada, con uno de los suyos en manos de Manticore, Kyle, Nadia y Carter deberán jugárselo todo para salvarlo y truncar los planes de Manticore de conseguir armas nucleares. Mientras nuestros héroes se enfrentan a la amenaza nuclear, salen a la luz la identidad del topo de Citadel y la terrible verdad de que todo lo que saben es mentira.