Bağımsız gizli teşkilat Citadel'in en iyi ajanları Mason Kane ve Nadia Sinh dünyayı felakete sürükleyen menfur ve yeni bir örgüt olan Manticore'la çarpışır. Sekiz yıl sonra, Mason Kane "Kyle Conroy" ismiyle geçmişini hatırlamadan, huzurlu bir hayat sürmektedir. Ta ki eski bir iş arkadaşı güçlenmiş olan Manticore'un yeni bir dünya düzeni kurmasını engellemek için ondan yardım talep edene kadar.

Kyle ve Bernard çok geç olmadan Citadel X çantasını Manticore Üssünden çalmak için New York'a gider. Ardından, Kyle geçmişindeki birinin hayatta olduğunu öğrenir ve onu bulmak için her şeyini riske atar.

Abby'nin eski kimliğinin ortaya çıkışından sonra, Mason, Nadia ve Celeste arasında geçmişteki gönül ilişkilerini ve yankıları halen devam eden korkunç bir kararı öğreniyoruz. Bu sırada, Nadia ve Kyle Fas'taki Manticore tesisine inip casus dostlarını kurtarmak için hayatlarını tehikeye atar. Ama tehlikeli bir suçlamayla mücadele etmek zorunda kalınca kahramanlıklarının takdir edilişi kısa sürer.

Nadia, Kyle ve Carter Manticore'dan kaçmak ve X çantasını korumak için işbirliği yapmak zorunda kalır, fakat kahramanlarımızdan birine dair şüpheler giderek artar ve patlama noktasına ulaşır.

Sezonun etkileyici sonunda, içlerinden biri Manticore tarafından rehin tutulurken, Kyle, Nadia ve Carter onları kurtarmak ve Manticore'un nükleer silahları ele geçirme planlarını engellemek için her şeyi riske atar. Kahramanlarımız nükleer tehditle mücadele ederken, Citadel, içindeki köstebeğin kimliğiyle birlikte bildikleri her şeyin yalan olduğu gerçeği de ortaya çıkacaktır.