En el inicio de la serie, Mason Kane y Nadia Sinh, los mejores agentes de una organización de espías, Citadel, colisionan contra un sindicato nuevo y vil, Manticore; lo que los lleva a la catástrofe. Ocho años después, Mason Kane vive una vida tranquila como “Kyle Conroy”, sin recordar nada, hasta que un excompañero lo recluta para detener a la poderosa Manticore de crear un nuevo orden mundial.

Kyle y Bernard viajan a Nueva York para robar el maletín X del cuartel de Manticore, antes de que sea demasiado tarde. Después, Kyle conoce que una persona de su pasado sigue viva y arriesga todo para encontrarla.

Tras la revelación de la antigua identidad de Abby, conocemos el pasado entre Mason, Nadia y Celeste y una decisión terrible que todavía resuena hasta ahora. Mientras tanto, Nadia y Kyle aterrizan en la instalación de Manticore en Marruecos y arriesgan sus vidas para liberar a su compañero, pero su bienvenida es corta porque se ven forzados a confrontar una acusación peligrosa.

Nadia, Kyle y Carter se ven forzados a escapar juntos de Manticore y a proteger el maletín X, pero las sospechas de uno de nuestros héroes llega a su límite, lo que lleva a un explosivo ajuste de cuentas.

En la épica conclusión de la temporada, Kyle, Nadia y Carter arriesgan todo para salvar a uno de los suyos, que Manticore tiene secuestrado y frustran los planes de Manticore para hacerse de armas nucleares. Mientras que los héroes lidian con la amenaza nuclear, se revela la identidad del topo dentro de Citadel. La terrible verdad que todos conocen es una mentira.