Kyle i Bernard udają się do Nowego Jorku, aby ukraść skrzynię Citadel X z kwatery głównej Manticore, zanim będzie za późno. Później Kyle dowiaduje się, że postać z jego przeszłości wciąż żyje i ryzykuje wszystko, aby ją odnaleźć.

Gdy Kyle i Nadia trafiają do bezpiecznej kryjówki, powoli wypływają fragmenty ich wspólnej przeszłości. Wkrótce ustalają, że ich były sojusznik, który mógłby powstrzymać Mantykorę, jest uwięziony w obiekcie w Maroku. By go uwolnić, muszą poprosić o pomoc bossa miejscowych bandytów, jednak ich misja zostaje zagrożona, gdy na jaw wychodzi coraz więcej tajemnic.

Po szokującym odkryciu dawnej tożsamości Abby dowiadujemy się o dawnych uwikłaniach między Masonem, Nadią i Celeste oraz o przerażającej decyzji, która odbija się echem do dziś. W międzyczasie Nadia i Kyle lądują w posiadłości Manticore w Maroku i ryzykują życie, by uwolnić swojego kolegę szpiega. Ale powitanie ich bohatera jest krótkotrwałe, ponieważ są zmuszeni zmierzyć się z niebezpiecznym oskarżeniem.

Nadia, Kyle i Carter są zmuszeni współpracować, aby uciec z Manticore i chronić Sprawę X, ale podejrzenie wobec jednego z naszych bohaterów osiąga punkt wrzenia, co prowadzi do wybuchowego rozliczenia.

Gdy jeden z nich jest przetrzymywany jako zakładnik przez Manticore, Kyle, Nadia i Carter ryzykują wszystko, aby ich uratować i pokrzyżować plany Manticore dotyczące zdobycia broni nuklearnej. Kiedy nasi bohaterowie zmagają się z zagrożeniem nuklearnym, tożsamość kreta w Cytadeli zostanie ujawniona, podobnie jak straszna prawda, że ​​wszystko, co wiedzą, jest kłamstwem.