明朝宦官当道，大都恶贯满盈，国家饱经宦官摧残。掌舵东厂的都督王安与锦衣卫指挥使牛国栋表面上彼此尊重，实际则针锋相对。世袭锦衣卫的赵正目睹民间之惨况，决心为民请命。内阁首辅叶向高之女儿叶敏因误会结识赵正，二人却情牵一线。嗜赌如命之魏进忠欠债逃亡，无意中助救太子，并得东厂都督王安赏识，自阉入宫为太监。边境战况危急，瓦剌兵犯境，皇上却只派赵正率朱大典及张震三人作援军，三人带备工部尚书李友设计之“鹰之翼”、“火弩”、“连环弩”、“刺猬甲”、“潜望镜”等新武器上阵。

赵正、朱大典及张震智勇兼备，凯旋归来，一战成名，皇上赐名“锦衣三剑侠”。皇上突然患上怪病，叶向高心感奇怪，加上黄太医离奇死亡，与对医药颇有学问之女儿商议后更觉事有蹊跷。叶藉调查此事，借意亲近赵正。年幼的太子喜欢新奇事物，对李友设计之玩意甚感兴趣。一日偷走出宫时竟遇见叶敏，惊为天人。

赵正一干人等发现黄太医原是被人毒杀，调查中发现厂卫遗下的腰牌，上司牛国栋令三剑侠暗中查究，赵等人便由王安方便着手调查。太子心系叶敏，终日闷闷不乐，魏进忠为讨太子欢心，介绍不同民间玩意。魏在宫中遇上容氏，百感交集。原来二人本为夫妇，惜当日魏为避债而抛妻舍子，现在容氏已为上司之妻，心感悔意。调查皇上怪病一事苦无头绪，赵正怀疑事件与郑妃有关。神秘高手三番四次出现阻挠，原来是毒王霍星，赵正更被毒暗器所伤，幸得牛国栋及时相救。

赵正受伤，叶敏悉心照料，二人感情迈进一步。皇上怪病一事喜得线索，赵正从王安口中得悉事件与郑妃有关。原来魏超勾结郑妃一伙，密谋毒杀皇帝，欲挟太子，垂帘听政。现在唯一没结党而可信赖之人便只有魏进忠。王安令魏进忠接近魏超调查真相，魏进忠得立功机会，亦欲与容氏发展地下情，欣然答允。调查中，魏发现惊人秘密，原来幕后主脑正是锦衣卫指挥使牛国栋。朱大典、张震追捕之。皇帝驾崩，太子与容氏被郑妃挟持于慈宁宫密室内，赵正前往营救。

大殿之上，皇太后以“国不可一日无君”为由，欲立郑妃之子继承皇位，叶向高等忠臣极力反对。太后定下两日时限，如未能找得太子回来登基，便依太后之决定。牛国栋得悉事败，夺走武器仓库之“连环弩”及“百花匣”等犀利武器，决与赵正拼命。魏进忠虽相助，但赵不敌且形势危急。朱大典、张震赶至，成功营救太子及身受重伤之赵正。魏进忠乘混乱救出容氏。两日时限已至，太后欲宣布郑妃之子登基时三剑侠及时赶至，叶向高立时义正严词地宣布太后及郑妃判国之罪。郑妃被捕，霍星突然出现，纠缠间霍星反中自己的毒器，后逃去无踪。

太子终于在赵正等人合力扶持下得以顺利登基，赵正与魏进忠护驾功劳最大，赵正并取代牛国栋之位，擢升为锦衣卫指挥使。张震及朱大典亦升为左右副指挥使。魏进忠顺理成章取代魏超之位，升任为承运监。魏冒险救容氏，容氏深受感动，更由皇帝亲自下旨，与容氏结合为合法之对食夫妻。皇帝年幼，朝中每日烦锁之国事，令他苦不堪言。相反却喜爱研究土木工程，决定亲自建造一游乐场，名为怡乐园。国事则交由各大臣处理。皇帝在怡乐园中巧遇心上人叶敏，叶敏以为他是一般木匠，对其手艺大加赞赏，皇帝自觉才华终获别人欣赏，自此对叶敏梦萦魂绕。魏进忠意气风发，衣锦还乡，一日途经“忘忧馆”邂逅老板娘如心，留下深刻印象。途中再遇毒王霍星，原来霍星当日反中己毒，须自断双腿存命。霍恳求魏救其爱人郑妃，魏一心留霍为己用而答应。魏亦于途中收养一身材魁梧之弱智青年为义子，起名为魏存孝。

容氏与皇帝一向情如母子，见皇帝自怡乐园归来后闷闷不乐，虽未能打听其心上人下落，却为其挑选了姚妃当皇后，然而皇帝之心仍挂叶敏。另一边厢赵正与叶敏之感情渐进，赵母更催促二人早日成亲，惜赵正以国家为重，叶敏亦不作勉强。魏进忠勾结各地贪官，广征赋税，引至各地行业相继倒闭，民不聊生。纺织女工唐岚性格掘强，不甘受压，组织工人发起抗税大游行，一发不可收拾，演变成一股抗朝势力义军，令魏大为不悦。

魏设计杀害王安，令小太监假传王安急病而死。叶向高等忠臣虽怀疑其死之真相，但苦无证据。魏最终也代替王安，控制朝中最大势力之东厂。赵正带同指证魏罪行之县官回京，朱大典及张震得悉事态严重前来保护，惜二人到达时，赵手下却称县官已畏罪自杀。三人虽觉可疑，但亦无可奈何。魏进忠自与容氏结为夫妻后，虽有夫妻之名，却无夫妻之实。容氏无处宣泄，唯有不断向魏苛索金钱，更不时对魏呼喝谩骂，魏宁愿早出晚归，但始终对容氏心存歉意，只好尽量忍受其无理取闹。

魏进忠把霍星与存孝安排在沼泽山洞内居住，命霍星教孝武功，欲训练他成一个杀人机器，二人对魏更是唯命是从。此时魏进忠之势力已不断扩张，成为有史以来最庞大的贪污集团。皇帝整日待在怡乐园，身为好友的赵正查问之下，发现其正暗恋一女子，叶敏竟于此时出现。此时叶敏才得知木匠乃皇帝，三人顿时不知所措。皇帝须知叶为赵之恋人，但未能忘记叶之醉人笑脸，暗地里与赵正比较，天真地以为自已若似赵正武功高强，或可得叶敏之芳心，遂请教李友天下第一武功。李友暗喜皇帝终于醒觉，道出传说中以“天怒剑”与“天怒剑法”的故事。原来相传战国时有一威武大将军拥一绝世宝剑，名为“天怒”，配合“天怒剑法”成为天下无敌。传说“天怒剑”为不祥之物，饮血太多成为人间凶器，最后剑和剑谱皆辗转落入天龙寺中，多年来寺内之高僧每日念经，超渡剑上亡魂。

皇帝决定要远赴天龙寺访寻惊世绝学。魏得知欲随皇帝同行，伺机夺得“天怒剑”与剑谱，心中亦希望顺道到忘忧馆再会善解人意的如心。二人再会，秉烛夜谈，如心只知眼前之人有别于其它达官贵人，却不知魏乃太监。唐岚得悉皇帝微服出游，率领义军欲推翻贪污的皇朝。皇帝被义军俘虏，幸得赵正向唐岚解释魏乃罪魁祸首。义军伏击魏，霍星及魏存孝突然杀入，天生神力的存孝已成高手，打退义军。

一行人终于到达天龙寺，全寺大为震动。皇帝道明来意，主持顿时面上变色。皇帝大怒，令主持交出“天怒剑”与剑谱，否则将天龙寺移为平地。赵正从主持口中得悉当年武功盖世的大将军最终遭“天怒剑”反噬，担心皇帝之安全，然皇帝一意孤行，反以为赵正害怕一天自己学成绝世武功，实力反胜赵。此时天龙寺突然失火，原来魏欲强抢剑和剑谱，主持为全寺僧侣性命着想，最后交出“天怒剑”与剑谱。

魏夺得“天怒剑”与剑谱后，马上秘密复制剑谱，并暗留最后两页心法。魏将“天怒剑”和假剑谱交皇帝，皇帝欢喜若狂。“天怒剑法”果然名不虚传，皇帝只练了月余，寻常厂卫已非其敌手，心里暗喜自己很快便可超越赵正。天龙寺一役，赵正发觉皇帝已非当日善良胆寒的太子，以为乃受魏之影响。叶敏误以为赵正担心皇帝横刀夺爱，连忙表明立场，赵亦向叶承诺自己心不变。靖南王郡主芷菁自初见赵正已心暗恋，唯此时见赵叶二人如此恩爱，心感凄凉，张震前来安慰。边境金兵作乱，朝廷连番错败，禁军将领孙承宗被旨派领兵出战，临别时不忘叮嘱赵正好好保护皇帝。

魏之庞大贪污集团乘势运作，以边关开战为由广加赋税，其中大部份被魏中饱私囊，更屯积粮食，百姓生活更困苦。唐岚与义军决定打劫粮仓，振济灾民。魏得悉大怒，誓要铲除义军。当日魏答允霍星救郑妃，霍星多番追问，魏心生一计，假意营救郑，并报局令霍以为因赵正之阻栏才引致郑妃之死，霍星发誓杀赵正报仇。铸剑山庄命案轰动京城，张震奉命前往调查，发现绝非一般江湖仇杀案，张震怀疑与魏之手下周豹有关，遂与朱大典前往问罪，惜被周逃脱。魏得知，借口设宴欲收买二人效力，二人当场拒绝同流合污。

皇帝每日勤奋练功，恨不得马上与赵正比武。魏心知皇帝挂念叶敏，建议皇帝借划观音像为名，传召叶敏入宫作划画之对象。叶敏接到圣旨欲婉拒，父叶向高却希望女儿能把握机会进言。皇帝终能再见叶，当然欣喜若狂，二人之隔膜亦渐渐打开。张震与芷菁的感情有所发展，二人更自创“眉来眼去剑”及“打情骂俏掌”，令一直暗恋张震、叶敏之妹妹小暄甚为妒忌。 赵正从张震口中得知周豹一事，硬闯厂卫营成功掳走周。严刑迫攻下周终承认主脑是魏，并答应指正其罪行。魏大怒，令大批厂卫迫赵正交人不果。叶向高怕夜长梦多，令赵正马上押周入宫，向皇帝道出真相及魏之罪行。魏得悉，连忙派霍星与存孝追截，并杀周灭口。赵正等人早已逃之夭夭，魏唯有另生计谋。

魏深知皇帝自小对容氏如己母，心生一计派人通知皇帝容氏病重，皇帝立时赶回探望。赵正等人到达时，皇帝已离去，唯有秘密地将周囚在张震家中。霍星对郑妃之死哀痛不已，带同存孝到有份害死郑妃之清流家中大开杀戒。赵正接报，发现墙上遗下之剑痕武功之高靡而所思，对高手之身份更百思不得其解。霍星与存孝到张震家救周豹，存孝武功怪异，加上天怒剑法，张震、朱大典招架缺力，芷菁更舍身救张，张悲痛欲绝。存孝成功挟走周，周最终却被霍星毒死。

大殿上靖南王因爱女身亡，怪罪张震，张终被革职处分。赵正欲安慰张，反被张狂骂，两兄弟更动武起来。种种情景被魏手下厂卫秘密窥视。张自始自暴自弃，终日借酒消愁。魏因周豹事件，与党羽商讨对付赵正之良策，决定先要对付朝中清流，其间对容氏之横蛮无理更感烦躁，心中不禁想念温柔典雅的如心。赵正亦与朱大典专心研究如何保护清流，不觉间冷落了叶敏。魏更向清流之杨年首贼赃嫁祸，叶向高虽力保清流，亦爱莫能助，自此更失去皇帝之庞信。幸得叶敏对皇帝谏言清流之事，皇帝之圣旨及时于行刑前赶到。容氏误杀姚妃，魏赶至并消灭所有证据，赵正追查两婢女，期间初遇存孝，赵正险被天怒剑所伤。

张震一直假装意志消沉，易容企图暗杀魏，惊见魏武功突飞猛进，急忙退走。赵正到访，碍于厂卫之监视，张再借意争吵，暗将字条交予赵。魏开始相信张震不足为患，并企图收买他，张假意答应，更故意与朱大典为敌，终获魏之信任。赵正奉命押送及护忠良后人往边疆，叶敏临别依依，赵却只记挂与张震交换情报。霍星目睹当日存孝与赵正之战，有感天怒剑法始终未能发挥最大威力，决定以毒物摧谷。此时存孝之兽性亦渐严重，成为一个真正杀人机器。二人以血祭剑，现在只欠数名高手之血，才达最高威力。

赵正与数名锦衣卫出发，魏暗中带厂卫高手随后跟踪。同时间唐岚接报，一并追随。关外唐岚遇上张震及少林高手，误以为是厂卫，赵正赶至，及时化解纷争。赵正与唐岚三次邂逅，彼此互相仰慕之情，不自觉更进一步。赵正坦然已有未婚妻，唐岚只有大方地祝福二人。魏之手下在水井中落毒，霍星与存孝此时亦至，赵正等人笈笈可危，唐岚建议暂时杀马充饥。边关战况激烈，孙承宗之军队虽勇，但地方贪官扣押粮饷，未几便成兵变，内外受敌。

少林高手终于找到水源，忽遇霍星和存孝不敌，成“天怒剑”下亡魂，“天怒剑”再吸高手之血，已达骇人境界。赵正等人至发现尸体，众人欣喜再尝甘露之余，却担心安危，赵遂派人驰边关找孙承宗求援。霍星及存孝追至，唐岚与赵正力战二人，难敌“天怒剑”之威力，危急之际孙承宗带精锐部队解困，霍二人逃去无踪。决战中，唐岚舍身救己，赵正心生感激，却刻意压抑爱意。孙见唐岚义薄云天，劝其领义军归降朝廷，唐岚却拿不定主意。孙托赵回京催促军饷，赵正与唐岚依依惜别。

朝中大臣争相认魏进忠为干爷，魏沾沾自喜，更是忽略容氏，时常在如心之忘忧馆中夜宿。赵正回到家中，叶敏难掩思想之情，赵母乘机促二人成亲。国难当前，加上赵正对唐岚之情，欲借意推搪，最后亦答应婚事。边关金兵之危依然未除，军心动乱，义军起义，攻占城池。叶向高多次面圣，皇帝却只专心练剑，未加理会，并因练“天怒剑法”令性情变得喜怒无常。赵正回到锦衣卫军营，惊觉大部份锦衣卫已归魏进忠，加上张震搜集魏之罪证失败，赵正更是惊惶失措。赵母欲与叶向高商量二人子女之婚事，却遭其反对。原来叶向高一心希望爱女可接受皇帝，并扶助其对抗魏日渐庞大之势力，叶苦劝赵正放弃叶敏。叶此番话语重深长，赵正亦心明大义。

为国家着想，赵决定避开叶敏，但内心郁闷，唯有寄情剑术，无意中创出悲情伤痛的“悲情剑法”。叶敏亦同受感情煎熬，无奈接受现实。叶向高向皇帝议婚，皇帝竟一口拒绝。魏进忠得悉，急派张震探听。张回到家中，见小暄为己处理家务，心里感动却未能表露。原来皇帝为证明己实力，决意在武术上超越赵正，从而得叶敏芳心。更亲下战书，赵正今番许败不许胜，魏更借机在皇帝之假天怒剑上放毒，誓要借皇帝之手杀死赵正，赵性命危在旦夕。

比武开始，最关心战况的当然是叶敏。赵正刻意露出小破绽，皇帝以天怒剑将其刺伤，赵战败却不知自己已中奇毒。张震探得魏之奸计急赶至，马不停蹄带赵赶往少林寺求救，终能保命。魏本派手下监视赵正毒发及突然出现赵家的张震，张震为救赵正失踪数天，魏开始对其产生怀疑。

赵正虽没性命危险，少林高僧破例传授易筋经，元气渐复。赵无意间使出“悲情剑法”，少林高僧加以指点，顿时茅塞顿开。皇帝终于战胜赵正，叶敏正式嫁入宫中，策封为皇后，容氏却感儿子已远离，倍更寂寞。叶在皇帝身边辅助，皇帝对国事变得积极，更令开仓账灾，减轻赋税，朝中上下顿时手足无措。在少林寺养伤的赵正得知，亦心感安慰，此时伤势渐愈，决定告别少林，无意间竟来到唐岚之军营。二人告别重逢，对酒畅饮。

魏进忠发现张震暗中搜集自己的贪污证据，令霍星及存孝捉拿之。严刑之下，张震守口如瓶，拒绝透露赵正下落。皇帝在叶敏之鼓励之下已成一位好君主，亦开始明白国库空虚、吏治千疮百孔之弊，连番审查。魏恐怕贪污舞弊之事露，与容氏商量对付办法，二人皆认为当前急务必先铲除叶敏。叶敏与皇帝朝夕相对，喜见皇帝为己改变，二人感情已跃进一大步，与赵正之情亦渐淡。张震失踪，小暄非常着急。朱大典得悉真相，跟踪魏进忠查探。另一边厢，赵正与叶敏结伴往边关助孙承宗，携手抗金兵。

边关孙承宗军队面临崩溃，皇帝率领群臣相议胜任人选，皇帝却只想起赵正。魏担心赵正再被重用，急忙引荐魏存孝当锦衣卫指挥使。容氏不满皇帝对叶敏之庞爱，忽略自己，多番建议魏进忠篡位，唯魏仍有疑虑。正当孙承宗之军队士气日渐低落之时，赵正与唐岚领义军投靠，军心重振，再战金兵小胜。锦衣卫比武夺帅之事传至边关，唐岚陪同赵正回京，并与魏进忠周旋。

魏自从容氏多番建议篡位，野心日盛，更秘密自制龙椅龙袍，暗喜成功暗日可待。比武之日，赵正赶回京，存孝以“天怒剑法”打败朱大典，震服群雄。赵突然出现，发挥练成的“悲情剑法”，击退存孝，重夺指挥使之位。赵正与朱大典成功地深入虎穴，救出张震。小暄与张震久别重逢，张更向小暄求婚，皆大欢喜。

小暄与张震大婚之日，赵正与叶敏重遇，二人均已心有所属。魏使计安排赵叶二人私下走在一起，特意通知皇帝，令其以为二人旧情复炽，魏终奸计得逞。赵正虽练成七式“悲情剑法”，但未能突破最后一式“悲欢离合”，唐岚从旁协助。容氏得悉魏进忠终日流连忘忧馆是为了如心，怒火中烧，遂假传魏之意思，令存孝前往忘忧馆，纠缠间存孝杀死如心，魏得知大怒。魏进忠与存孝各自使出“天怒剑法”比拼，霍星及时阻止二人自相残杀，魏决定让存孝带罪立功。如心死后，魏化悲愤为力量，决意与天赌一注。

魏之篡位大计展开，先派霍星、存孝赴边关暗杀孙承宗，派容氏挑拨皇帝与叶敏，自己则假意整顿锦衣卫，暗地里对付赵正。魏主动调查贪污之士，更找来一些替死鬼，皇帝认为魏居功不小。魏更诬告孙承宗与义军串谋颠覆朝廷，皇帝半信半疑，赵正主动提出派己调查。霍星与存孝自边关带来孙之人头，魏得知心腹大患已除，突出手杀死二人。容氏大惊之余，喜见魏变成真正大丈夫。

赵正以为经历过多番悲欢离合后可以练成“悲情剑法”之最后一式“悲欢离合”，但实质上则尚有距离。二人回家，喜见赵母接受唐岚，深感欢喜。魏进忠挑拨皇帝与叶敏，易容成赵正潜入叶敏寝宫，容氏带皇帝前来捉奸，皇帝大怒，下令捉拿赵正。魏更散布谣言，将屠杀义军之行动嫁祸赵正。大派锦衣卫到赵家，赵母冒死引开他们，不慎被擒。赵正本欲向皇帝解释，但当务之急便是保护叶敏和叶向高。容氏假传圣旨，称叶敏不忠，赐饮毒汤。

皇帝独自呆坐乾清宫，大批锦衣卫涌至，以抓刺客为名，捉皇帝为实。朱大典与张震奋力保护皇帝，并救出昏迷不醒的叶敏，张震虽身中多箭，仍杀出重围，皇帝始如梦初醒，追悔莫及。赵正、唐岚赶至，张震已失血致死，叶敏亦返魂无术。众人伤心之余，急赶回宫中营救皇帝。朱大典虽保护皇帝杀出重围，但魏进忠手中“天怒剑”盛，朱大典为君殉难。魏正欲杀皇帝之际，赵正以“瓦刺宝剑”使出“悲情剑法”对付，一场生死决斗展开，二人不分高下。此时容氏挟赵母要胁，赵母自尽当场。赵正一生之悲情顿时爆发出来，使出“悲欢离合”一式，却只能刺伤魏。正当魏沾沾自喜之际，鲜血随剑身流至“天怒剑”上，剑突然向魏反噬。风云变色，雷电交加击中魏，魏当场电死。雨过天晴，朝廷终能逃过大难。