Barcelone, 1532.

Esteban, un orphelin d'une douzaine d'années qui semble capable d'appeler le Soleil, accepte l'offre de Mendoza, un mystérieux marin, et part vers le Nouveau Monde afin de découvrir les légendaires Cités d'or. Il espère y retrouver son père, disparu lors d'un naufrage dix ans auparavant.

Au cours de ce voyage, le jeune garçon se lie d'amitié avec Zia, une jeune Inca, et Tao, dernier descendant du peuple de Mu, habitant des îles Galápagos. Esteban et Zia découvrent qu'ils possèdent chacun un pendentif, les « médaillons du Soleil », censés être les clés de ces « mystérieuses cités d'or ». Ils doivent également retrouver leur père respectif, dont les destins sont liés aux cités d’or.

Ils découvrent le Solaris, la puissante nef solaire légendaire de l'empire de Mu, qui leur permet de se rendre à Tumbes, puis le Grand Condor, un gigantesque oiseau volant en orichalque grâce auquel ils parcourent l'Amérique du Sud et l'Amérique centrale. Mais ils ne sont pas les seuls à rechercher les mystérieuses cités d'or...