ขณะที่ยุนกับฮาเบรุผู้รอบรู้หลายด้านสืบหาต้นตอของเสียงที่แผ่ออกมาจากคฤหาสน์ร้าง จนไปเจอแหล่งกำเนิดไม่ไกลนัก เมเองก็ได้ยินเสียงนั้นเช่นกัน

ยุน โกโร่ และหุ่นเจ็ตจากัวร์มีเหตุให้ปะทะกับราดอน ไคจูดุร้ายที่มีลักษณะเหมือนนกยักษ์เทอโรซอร์ ส่วนเมเดินทางมาโตเกียวเพื่อพบกับนักวิจัยชื่อก้องโลก

เมื่อราดอนฝูงยักษ์บุกไปที่นิกาชิโอะ ทีมโอทาคิแฟกตอรี่ต้องเจอศึกหนักในภารกิจล่อเป้าหมายออกจากเมือง แต่แล้วก็ตกอยู่ในวงล้อมของอสุรกาย

ยุนกับฮาเบรุสันนิษฐานว่ามิซากิโอคุอาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุราดอนบุกเมือง ส่วนเมเข้าร่วมการบรรยายของศาสตราจารย์หลี่ที่ดูไบ ซึ่งเป็นเวทีใช้เปิดตัววัสดุชนิดใหม่

ซาลุนกะปรากฏตัวขึ้นที่ศูนย์วิจัยในเมืองอุปาละพร้อมฝุ่นสีแดงที่ปกคลุมทั่วทั้งตัว ขณะเดียวกัน ยุนจับสังเกตได้ว่าแองกิรัสมีศักยภาพที่อธิบายไม่ได้

เมค้นพบรหัสที่แฝงอยู่ในงานวิจัยของศาสตราจารย์อาชิฮาระ ส่วนทีมโอทาคิต้องต่อกรกับแองกิรัสที่กำลังจะบุกเข้าไปถล่มเมือง

ไคจูยักษ์ที่ตามฝูงแมนด้ามากำลังมุ่งหน้าขึ้นฝั่งโตเกียว ระหว่างนั้น เที่ยวบินไปลอนดอนของเมกับศาสตราจารย์หลี่ต้องเปลี่ยนเส้นทางไปมิลานเพราะฝุ่นแดง

กองกำลังภาคพื้นดินใต้บังคับบัญชาของมัตสึบาระเตรียมรับมือการโจมตีของก็อดซิลล่าที่โตเกียว ส่วนที่ลอนดอนเมหาทางไขปริศนาที่ซ่อนอยู่ในงานวิจัยของอาชิฮาระ

ก็อดซิลล่ารุกคืบเข้าใกล้โตเกียวมากขึ้นทุกขณะจนฝุ่นแดงปกคลุมหนาทั่วบริเวณ ส่วนทีมโอทาคิต้องรีบรุดไปช่วยคนที่ติดกับไคจูแมงมุม

ที่คฤหาสน์อาชิฮาระ ยุนและฮาเบรุพยายามที่จะถอดรหัสงานวิจัยของศาสตราจารย์โดยการใช้เจ็ตจากัวร์ ที่อินเดีย ลีน่าพาเมไปพบบีบี

ก่อนจะมุ่งหน้าไปที่เครื่องคำนวณมิติพิเศษ บีบีได้พาเมไปดูจุดเอกฐาน ขณะที่ทีมโอทาคิต้องออกเดินทางไปกำจัดก็อดซิลล่าที่โตเกียว

เมได้รู้เรื่องการระเบิดครั้งใหญ่ที่เกิดจากเครื่องคำนวณของอาชิฮาระเมื่อหลายปีก่อน ด้านคาโนโกะนำจุดกำเนิดเส้นทแยงมุมมุมฉากมาให้มัตสึบาระใช้จัดการกับก็อดซิลล่า

เม บีบี และเปโระ ทูพยายามหยุดยั้งเหตุการณ์เลวร้ายที่เกิดขึ้นแต่กลับถูกซาลุนกะซุ่มโจมตี ส่วนทีมของโอทาคิได้ตัดสินใจบุกเข้าใส่ก็อดซิลล่าเป็นครั้งสุดท้าย