Yun și Haberu, doi tineri isteți și buni la toate, investighează sunetele transmise dintr-o casă părăsită. Ei găsesc sursa în apropiere, de unde Mei aude aceeași melodie.

Yun, Goro și robotul lor, Jet Jaguar, înfruntă un kaiju agresiv care aduce a pterozaur, Rodan. Mei merge în Tokyo pentru a se întâlni cu o cercetătoare de renume mondial.

Un cârd de Rodani se îndreaptă către Nigashio. Echipajul de la Uzina Otaki încearcă să-i ademenească în afara orașului, dar grupul e curând înconjurat.

Yun și Haberu își dau seama că ar putea fi o legătură între Misakioku și Rodani. Mei participă la prelegerea lui Li din Dubai, unde profesoara prezintă un nou material.

Salunga iese învăluit în praf roșu din adâncurile stației de cercetare din Upala. Yun observă un talent neobișnuit la Anguirus.

Mei descoperă un cod misterios în lucrările de cercetare ale profesorului Ashihara. Echipajul Otaki îl înfruntă pe Anguirus alături de soldații care vor să-l extermine.

Urmărind un grup de Manda, un kaiju uriaș aterizează în Tokyo. Din cauza prafului roșu, zborul către Londra al lui Mei și al profesoarei Li este deviat la Milano.

Forțele de ordine comandate de Matsubara contracarează atacul lui Godzilla în Tokyo. Ajungând în Londra, Mei încearcă să descifreze lucrarea de cercetare a lui Ashihara.

Godzilla își continuă atacul în Tokyo, acoperind orașul în praf roșu. Echipajul Otaki încearcă să salveze o persoană răpită de un kaiju-păianjen.

Reveniți la conacul lui Ashihara, Yun și Haberu încearcă să descifreze studiile profesorului, ajutați de Jet Jaguar. În India, Lina o duce pe Mei să-l întâlnească pe BB.

Înainte de a ajunge la supercalculator, BB îi prezintă lui Mei punctul singular. Cei de la Otaki se duc la Tokyo pentru a-l distruge pe Godzilla.

Mei află despre o explozie din trecut, cauzată de supercalculatorul lui Ashihara. Kanoko îi oferă lui Matsubara diagonalizatorul ortogonal pentru a-l învinge pe Godzilla.

Mei, BB și Pelops II încearcă să prevină catastrofa, dar Salunga îi prinde în ambuscadă. Între timp, echipa Otaki are o ultimă încleștare cu Godzilla.