便利屋のユンとハベルは空き家のはずの洋館で奇妙な曲を聞き、その発信源を特定。同じ頃、大学院生のメイもまた、別の場所で同じ曲を耳にしていた。

ユンとおやっさんはジェットジャガーを操縦し、市街地に突如現れた翼竜型の怪獣"ラドン"に応戦。メイは、国際的な研究者に招かれて東京へ向かう。

逃尾の町に襲来するラドンの大群。オオタキファクトリーの面々はラドンを町から引き離そうとするが、ラドンに襲われて身動きが取れなくなってしまう。

ユンとハベルは、ラドンの出現にはミサキオクが関係しているのではと推測。メイはドバイに到着し、李が新素材について解説する講演会に参加する。

ウパラの研究施設の地下深くから、怪獣"サルンガ"が、紅塵(こうじん)とともに出現。同じ頃、ユンは怪獣"アンギラス"の驚異を目の当たりにする。

葦原(あしはら)が残した研究資料に、謎の暗号を発見するメイ。町の怪獣退治作戦に参加したユンたちは、ジェットジャガーでアンギラスに立ち向かう。

マンダの群れを追うように移動していた巨大怪獣が、ついに東京に上陸。ロンドンに向かっていたメイと李は、紅塵の影響でミラノで足止めされてしまう。

東京に上陸したゴジラに対し、松原が率いる陸上自衛隊部隊が攻撃を開始。ロンドンに到着したメイは、葦原が残した膨大な研究資料の解読に取り掛かる。

ゴジラの侵攻を受け、紅塵の渦に飲み込まれてゆく東京都心。蜘蛛(クモ)のような怪獣に襲われたユンたちは、怪獣に捕まった人を助け出そうとする。

ユンとハベルは、葦原の洋館に残された資料をジェットジャガーで解析しようとする。インドでは、メイはリーナという少女に連れられて、BBと合流する。

BBはメイを超時間計算機に案内しようとするが、計画を変更して特異点を目指す。オオタキファクトリーの面々は、ゴジラを退治すべく東京へ向かう。

葦原がかつて超時間計算機によって大爆発を引き起こしたことを知るメイ。鹿子は、松原に対ゴジラ兵器としてオーソゴナル・ダイアゴナライザーを渡す。

破局を回避する方法を模索するメイ、BB、ペロ2のもとへ、サルンガが襲来。ユン、ハベル、おやっさんは危険を顧みず、ゴジラを目指して進み続ける。