Az ezermester Yun és Haberu egy üres villából kiszivárgó hang után nyomoz. A közelben megtalálják a hang forrását, miközben Mei is hallja ugyanazt a dallamot.

Yun, Goro és robotjuk, Jet Jaguar összecsapnak az ellenséges pteroszauruszszerű kaijuval, Rodannal. Mei Tokióba utazik, hogy találkozzon egy világhírű kutatóval.

Yun és Haberu azt feltételezik, hogy Misakiokunak köze lehet a Rodan-invázióhoz. Mei részt vesz Li dubaji előadásán, ahol a professzor leleplezi az új anyagot.

Salunga kiemelkedik a vörös porral borított upalai kutatóállomás mélyéről. Eközben Yun végignézi, ahogy Anguirus egy hátborzongató képességről tesz tanúbizonyságot.

Mei felfedez egy rejtélyes kódot Ashihara professzor kutatásaiban. Az Otaki csapata szembeszáll Anguirusszal a város megsemmisítési erőfeszítéseinek részeként.

Egy csapat Mandát követve egy hatalmas kaiju Tokióban ér partot. Mei és Li professzor londoni járatát a vörös por miatt átirányítják Milánóba.

A Matsubara irányítása alatt álló szárazföldi erők válaszolnak Godzilla Tokió elleni támadására. A Londonba érkező Mei megpróbálja megfejtetni Ashihara kutatását.

Godzilla tovább nyomul Tokió felé, vörös porral borítva be a várost. Az Otaki csapata egy pókszerű kaiju által tőrbe csalt ember megmentésére siet.

Ashihara villájában Yun és Haberu a Jet Jaguar segítségével megpróbálják megfejteni a professzor kutatásait. Indiában Lina összehoz egy találkozót Mei és BB között.

Mielőtt elindulnak a szuperdimenzió-kalkulátorhoz, BB megmutatja Meinek a szinguláris pontra nyíló kilátást. Az Otaki csapata elhagyja Tokiót, hogy elpusztítsa Godzillát.

Mei tudomást szerez egy Ashihara kalkulátoráról élesített hatalmas régi robbanásról. Kanoko odaadja Matsubarának a merőleges átlósítót, hogy felhasználja Godzilla ellen.

Mei, BB és Pelops II megpróbálja megakadályozni a katasztrófát, de Salunga csapdába csalja őket. Eközben az Otaki csapata végső rohamra indul Godzilla ellen.