Jokapaikanhöylät Yun ja Haberu tutkivat tyhjillään olevasta kartanosta kantautuvaa ääntä ja paikantavatkin sen lähteen läheltä. Sama ääni kantautuu myös Mein korviin.
Yun, Goro ja heidän robottinsa Jet Jaguar ottavat yhteen vihamielisen ja lentoliskomaisen Rodan-kaijun kanssa. Mei matkaa Tokioon tapaamaan maailmankuulua tutkijaa.
Yun ja Haberu päättelevät, että Misakiokulla voi olla yhteys Rodanien hyökkäykseen. Mei osallistuu Dubaissa Lin luennolle, jolla professori paljastaa uuden materiaalin.
Professori Ashiharan tutkimuksiin perehtyvä Mei törmää salaperäiseen yhtälöön. Otakin porukka kohtaa Anguiruksen auttaessaan kaupunkia torjuntatoimissa.
Godzilla jatkaa etenemistään Tokiossa peittäen kaupungin punaiseen tomuverhoon. Otakin porukka yrittää pelastaa hämähäkkimäisen kaijun kaappaaman miehen.
Yun ja Haberu palaavat Ashiharan kartanolle ja yrittävät Jet Jaguarin avulla tulkita professorin muistiinpanoja. Intiassa Lina vie Mein tapaamaan BB:tä.
Mei pääsee luomaan silmäyksen erikoispisteeseen ennen lähtöä superulottuvuuslaskimelle BB:n kanssa. Otakin porukka lähtee Tokioon tuhotakseen Godzillan.
Mei saa tietää suuresta räjähdyksestä, jonka Ashiharan laskin aiheutti kauan sitten. Kanoko antaa Matsubaralle ortogonaalisen diagonalisaattorin Godzillaa vastaan.