Tusindkunstnerne Yun og Haberu undersøger lyde fra et tomt hus. De lokaliserer kilden i nærheden, mens Mei hører samme melodi.

En hær af Rodan sværmer mod Nigashio. Medarbejderne fra Otakifabrikken forsøger at lokke dem væk fra byen, men bliver hurtigt omringet.

Yun og Haberu regner ud, at Misakioku kan være forbundet med Rodan-invasionen. Mei overværer Lis forelæsning i Dubai, hvor professoren afslører nyt materiale.

Salunga dukker op fra dybet på forskningsstationen Upala, dækket af rødt støv. I mellemtiden bemærker Yun, at Anguirus har en foruroligende evne.

Mei opdager en mystisk kode i professor Ashiharas forskning. Otaki-teamet konfronterer Anguirus i forbindelse med byens udryddelsesindsats.

En gigantisk kaiju følger en gruppe Manda og lander i Tokyo. Rødt støv tvinger Mei og professor Lis fly mod London til at ændre kurs mod Milano i stedet.

Jordstyrkerne under Matsubaras kommando besvarer Godzillas angreb på Tokyo. Vel fremme i London forsøger Mei at afkode Ashiharas forskning.

Godzilla fortsætter sin fremfærd mod Tokyo og indhyller byen i rødt støv. Otaki-teamet forsøger at redde en person, der er fanget af en edderkoppelignende kaiju.

Tilbage i Ashiharas palæ forsøger Yun og Haberu at tyde professorens forskning ved hjælp af Jet Jaguar. Lina tager Mei med til et møde med BB i Indien.

Inden de begiver sig af sted til Den superdimensionale kalkulator, tilbyder BB Mei at se Enkeltpunktet. Otaki-holdet tager af sted til Tokyo for at dræbe Godzilla.

Mei finder ud af, at Ashiharas kalkulator har forårsaget en eksplosion for længe siden. Kanoko giver Matsubara det ortogonale diagonalredskab til brug mod Godzilla.

Mei, BB og Pelops II prøver at afværge Katastrofen, men Salunga angriber dem. I mellemtiden begynder Otaki deres sidste skub mod Godzilla.