يتحقّق صاحبا المهارات المتعدّدة "يون" و"هابيرو" من أصوات صادرة عن قصر مهجور، ويتوصّلان إلى أنّ المصدر قريب، فيما تسمع "مي" النغمة ذاتها.

يشتبك "يون" و"غورو" وروبوتهما "جيت جاغوار" مع وحش شرس يشبه الديناصور المجنّح يُدعى "رودان"، وتسافر "مي" إلى "طوكيو" لتلتقي بباحثة مشهورة.

بينما يجتاح سرب من الـ"رودان" مدينة "نيغاشيو"، يحاول العاملون في مصنع "أوتاكي" استدراجه بعيدًا عنها، ولكن سرعان ما يجدون أنفسهم محاصَرين.

يستنتج "يون" و"هابيرو" أنّ "ميساكيوكو" قد يكون له علاقة بغزو الـ"رودان"، وتحضر "مي" محاضرة الأستاذة "لي" في "دبي" حيث تكشف عن مادّة جديدة.

يخرج "سالونغا" من أعماق محطّة أبحاث "أوبالا" مغطًى بالغبار الأحمر. وفي الوقت نفسه، يلاحظ "يون" أنّ "الأنغويروس" لديه قدرة خارقة.

تكتشف "مي" شيفرة غامضة في بحث الأستاذ "آشيهارا"، ويواجه العاملون في "أوتاكي" "الأنغويروس" على هامش جهود الإبادة في المدينة.

يتعقّب الـ"كايجو" العملاق سرب "ماندا" ويرسو على شاطئ "طوكيو"، ويحوّل الغبار الأحمر مسار رحلة "مي" والأستاذة "لي" من "لندن" إلى "ميلان".

تتعامل القوّات البرّية تحت قيادة "ماتسوبارا" مع هجوم "غودزيلا" على "طوكيو". وأثناء ذلك، تحاول "مي" فكّ شيفرة بحث "آشيهارا" في "لندن".

يواصل "غودزيلا" تقدّمه في "طوكيو" ويغطّي المدينة بغبار أحمر، ويندفع العاملون في "أوتاكي" لإنقاذ شخص وقع في شرك مخلوق "كايجو" يشبه العناكب.

في قصر "آشيهارا"، يحاول "يون" و"هابيرو" فكّ شيفرة بحث الأستاذ باستخدام "جيت جاغوار". وفي "الهند"، تصطحب "لينا" "مي" لمقابلة "بي بي".

قبل الجولة في الآلة الحاسبة الخارقة للبعد الزمني، يعرض "بي بي" على "مي" رؤية نقطة التفرّد، ويذهب طاقم "أوتاكي" إلى "طوكيو" لإبادة "غودزيلا".

تعلم "مي" بانفجار هائل سبّبته آلة حاسبة "آشيهارا" منذ زمن، وتمنح "كانوكو" "ماتسوبارا" "المصفوفة القطرية المتعامدة" لاستخدامها ضدّ "غودزيلا".

تحاول "مي" و"بي بي" و"بيلوبس 2" منع وقوع الكارثة، لكنّ "سالونغا" ينصب لهم فخًّا. وأثناء ذلك، يشنّ طاقم "أوتاكي" هجومًا أخيرًا ضدّ "غودزيلا".