Durante una investigación sobre una amenaza mutante acuática, H.E.A.T. (sin Craven) desaparece durante una violenta tormenta en el mar mientras Godzilla está ocupado luchando contra la amenaza mutante en cuestión. Cuando se recuperan, el equipo descubre que han sido lanzados accidentalmente 23 años hacia el futuro como resultado de una disrupción cromática generada inadvertidamente, y allí descubren un mundo devastado en el que sólo quedan restos dispersos de la humanidad. Al investigar este mundo futuro, se encuentran con una versión futura de Craven, curtida y endurecida, que, sorprendida de ver a sus antiguos compañeros, les informa de que el mundo está devastado como resultado de un experimento militar de armas biológicas que salió mal dos décadas antes, y que la destrucción que presenciaron fue obra de unos monstruos voladores inmensamente poderosos y de rápida reproducción conocidos como los Dragma.

Cuando el H.E.A.T. está muy ocupado durante una investigación de criaturas, Godzilla es secuestrado por un grupo de individuos adinerados con recursos avanzados que capturan y confinan varias mutaciones en un recinto privado en una isla, donde las criaturas son obligadas a luchar entre sí mono-a-mono como un espectáculo de pago para la diversión decadente de los espectadores interesados.

H.E.A.T. y Godzilla están ocupados combatiendo la más reciente amenaza de mutación del mundo, un gigantesco mosquito mutante con la capacidad de adoptar las armas naturales de cualquier enemigo cuya sangre beba (probablemente absorbiendo su ADN, y añadiendo estos atributos cromosómicos a su propia serie de genomas personales, posiblemente a través de una extraña forma de ARN), cuando su misión es interferida por una extraña y fanática organización de derechos de los animales conocida como S. C.A.L.E. (acrónimo de Servants of Creatures Arriving Late to Earth). Esta organización, dirigida por una mujer llamada Alexandra Hamilton, y que también se refiere a sí misma como el Puño de Godzilla, está decidida a preservar la vida y la libertad de todas las mutaciones que han aparecido en la Tierra, y esto incluye oponerse a la oposición de H.E.A.T. a estas criaturas.

Después de que un grupo de arqueólogos manipule y oxide una estatua de la Esfinge de un ser conocido como Norzzug [hmmm, eso no me suena a nombre egipcio], el protector de cierta zona de Egipto, la Esfinge se anima, y se lanza a la búsqueda de varios depósitos de petróleo, que utiliza como fuente de combustible [es una pena que George Bush Jr. ya que habría enviado a todas las fuerzas armadas de Estados Unidos contra el pobre Norzzug para salvar el petróleo de su familia, y probablemente habría encontrado una excusa para entrar en guerra con Egipto para asegurarse el control de ese petróleo].

Una feria ambulante llega al Madison Square Garden, y está dirigida por un maestro de ceremonias corrupto conocido como Theodore P. Bunkum, que se especializa en exhibir varias mutaciones capturadas para la diversión del público. Bunkum ofrece una cuantiosa recompensa por Godzilla, decidido a añadir esta famosa mutación a su espectáculo de feria, lo que incita a H.E.A.T. a asistir a uno de sus espectáculos, donde rápidamente se horrorizan por el trato que da a las diversas mutaciones que aparecen en él.

Durante unas vacaciones juntos en un crucero, Tatopoulos y Audrey Timmonds se encuentran bajo el ataque (por casualidad, claro) de una gigantesca tortuga mutante que va por el mar. Los dos consiguen escapar del barco ilesos y se ponen a salvo en una isla tropical cercana. Una vez allí, descubren un gigantesco lagarto mutante que se asemeja a un colosal dragón de komodo [en la vida real, los dragones de komodo son una peligrosa especie de lagarto monitor que se desplaza por la tierra, que suele alcanzar una longitud de tres metros o más, se alimenta normalmente de cerdos y otros animales grandes, y es originario de la cadena de islas Galápagos, que fue el lugar donde Charles Darwin realizó sus primeros y revolucionarios estudios sobre la evolución en el siglo XIX).

Una nueva y letal mutación, una criatura con aspecto de planta conocida como Bacillus (que puede haberse inspirado en Biollante), aparece y comienza a causar estragos, lo que hace que H.E.A.T. llame a Godzilla. Durante la batalla, Godzilla queda gravemente herido y catatónico al ser inyectado por Bacillus con una forma muy peligrosa de bacteria mutada. Para salvar a su aliado kaiju, Tatopoulos y Monique viajan dentro del cuerpo de Godzilla para exterminar cuidadosamente toda la bacteria mutante. Ahora, completamente curado, Godzilla ataca de nuevo a Bacillus y erradica a la criatura con su aliento incendiario.

Elsie sufre un problema familiar de carácter personal, en la línea de la rivalidad entre hermanos: la boda de su hermana está a punto de celebrarse, y está disgustada por la desproporcionada cantidad de atención y adoración familiar que su hermana ha recibido en contraste con ella. Además, siente que su familia no respeta la vocación que ha elegido, es decir, sus actividades con el H.E.A.T. [¡debe ser una familia bastante dura para mostrar una falta de aprecio por una hija que ha arriesgado rutinariamente su vida por su planeta investigando y luchando contra peligrosos monstruos gigantes que amenazan su vida, e incluso ayudando a frustrar una invasión alienígena! Su hermana debe ser realmente la lameculos con más talento del mundo].

H.E.A.T. investiga una gigantesca mutación parecida a una oruga conocida como Megapede, que está arrasando los estados vecinos de Illinois e Indiana. Godzilla es llamado a prestar ayuda, pero el Megapede rocía una forma de espuma venenosa, y también tiene espuelas productoras de veneno a lo largo de sus numerosas patas, las cuales sirven para mantener a raya al Rey Kaiju. Finalmente, el megainsecto se sube a un edificio, forma un capullo y se transforma en una enorme criatura insectoide alada que tiene la costumbre de alterar las frecuencias de los radares frotando sus alas, causando así muchos estragos. H.E.A.T. elabora una espuma neutralizadora de veneno, que extiende sobre las alas del kaiju, lo que permite a Godzilla atacar y derrotar a la criatura con mayor facilidad.

H.E.A.T. viaja a la infame instalación militar conocida como Área 51 para su última investigación de criaturas, donde descubren que un lagarto mutante gigante con armadura llamado Diablo Espinoso anda suelto, cuya mencionada armadura demuestra ser resistente al aliento incendiario de Godzilla. Al investigar más a fondo, el equipo del H.E.A.T. descubre que el Área 51 no alberga en realidad los cuerpos de extraterrestres fallecidos y la tecnología alienígena confiscada, como se rumorea ampliamente (véase más adelante), sino que en realidad se utilizó para albergar y estudiar una generación anterior de bestias mutantes creadas como resultado de las pruebas con bombas atómicas realizadas en las zonas desérticas del suroeste de Estados Unidos durante la década de 1950. Se hacen amigos de un prominente científico empleado en la base, por el que Randy también se siente atraído románticamente. Mientras tanto, Godzilla se ve en apuros para derrotar al acorazado Diablo Espinoso.

H.E.A.T. se enfrenta a una gigantesca criatura mutante parecida a una musaraña, que de alguna manera se ha fusionado con un tornado experimental generado artificialmente, lo que le permite transformarse en un vórtice viviente a voluntad (Elsie apodó ingeniosamente a la bestia giratoria "La Musaraña"). Para mantener sus poderes de torbellino ultrarrápido, el Shrewster se ve obligado a consumir rápidamente tres veces su peso corporal al día, lo que hace que devore con avidez toda fuente de alimento orgánico que se encuentre en su camino, convirtiéndolo en una amenaza extremadamente peligrosa. Debido a su capacidad de transformarse en un tornado orgánico, Godzilla es incapaz de llegar a la bestia, y Tatopoulos acaba atrapado en el vórtice del Shrewster. Sin embargo, poco después de quedar atrapado, activa un dispositivo fabricado por Craven, diseñado para disipar las fuerzas ciclónicas del vórtice, y lo consigue.

Mientras lleva a cabo otra investigación sobre criaturas en el valle de Blind Rock, Wyoming, H.E.A.T. se encuentra con una chica cuyo hermano desapareció tras entrar en una mina abandonada en la zona donde se produjeron los avistamientos. Al entrar en la mina, el grupo descubre una de las mutaciones más extrañas que han encontrado hasta ahora, un enorme kaiju de dos cabezas conocido como la Hidra de Plata, por el hecho de que tiene la capacidad de escupir un fluido plateado que se endurece una vez que rodea a un ser vivo, transformándolo así en el equivalente a una estatua de plata, un destino que obviamente le tocó al hermano de la chica.

Cameron Winter vuelve a atacar a H.E.A.T. y a Godzilla, esta vez reclutando la ayuda de los tres paletos asesinos de la Gran G del episodio anterior, "El gato y el ratón", y equipándolos con poderosas máquinas de destrucción (a veces denominadas "Battle Mechs", otro agradecimiento a Doc Psy de Centropoholics:). Godzilla, H.E.A.T. y una unidad militar comandada por el Mayor Hicks luchan contra las máquinas y las destruyen, y los tres violentos son arrestados.

Otra nueva y peligrosa especie mutante aparece en escena, esta vez en forma de gigantescos colibríes que atacan a los aviones que sobrevuelan San Francisco. Lo peor de todo es que esta especie de ave mutante es capaz de hacerse invisible gracias a la característica del colibrí de batir sus alas más rápido que cualquier otra especie de ave en el mundo. Como resultado de su capacidad de ocultarse para ser invisible a simple vista, Godzilla es incapaz de ver a las criaturas para atacarlas.

Durante sus últimas investigaciones sobre criaturas, el H.E.A.T. se divide en dos equipos, uno de los cuales investiga un grupo de organismos parásitos mutantes en Florida, mientras que el segundo grupo se ocupa de un caso de una criatura gigante, mutada y con múltiples tentáculos que crece rápidamente en Michigan.

Como resultado de la explosión de una plataforma petrolífera en el Golfo de México, surge un mutante aparentemente compuesto de fuego vivo. Cuando esta criatura arrasa la zona en busca de más sustancias combustibles de las que alimentarse, H.E.A.T y Godzilla intervienen. Sin embargo, la criatura se hace más grande y poderosa al absorber y alimentarse del poderoso aliento incendiario de Godzilla.