Ник обнаруживает одно уцелевшее яйцо, из которого вылупляется детёныш. Он обнюхивает и лижет Татопулоса, а затем убегает. Татопулос вместе с палеонтологом Элси Чампмэн и кибернетиком Менделем Крейвеном возвращается в свою лабораторию, находяющуюся близ залива. Там они встречают студента-работника лаборатории и помощника Ника — Рэнди Эрнандес. Вместе с помощью Найджела — робота, созданного Крейвеном — они оборудуют ловушку для детёныша Годзиллы. Вскоре из залива появляется Годзилла, но значительно подросший и успевший обзавестись шипами на спине. Он ломает ловушку и пытается съесть Таттопулуса, но обнюхав его и узнав знакомый запах, он не решился его есть и стал подчиняться его командам. Через некоторое время прибывает репортёр и девушка Ника Одри Тиммондс, которая ревнует Ника к Элси. Но, увидев Годзиллу она решила сделать про него репортаж, но Годзилла нападает на неё. Таттопулус вовремя останавливает Годзиллу. Но тут появляются военные, пытающие убить Годзиллу. Годзилла выпускает из пасти огненный луч и по команде Таттопулуса бежит к воде. В Годзиллу выпускают самонаводящиеся ракеты, после чего его теряют из виду. Все думают, что Годзилла мёртв. Вскоре появляется ещё одно заинтересованное происходящим лицо — Моник Дьюпре.

Элси и Крэйвен отправляются на Ямайку, где происходят странные вещи. Таттопулус, Моник, Рэнди и Одри со своим оператором прибывают туда. Выясняется, что виновником странных инцидентов на Ямайке являются огромные кальмары, находящиеся в симбиозе с огромным ракообразным-мутантом — Си-Рексом. Си-Рекс загоняет команду Таттопулуса в угол, но из океана появляется оправившийся от ран Годзилла и побеждает Си-Рекса, а затем вытаскивает из океана затонувшие суда. Таттопулус уговаривает военных пощадить Годзиллу.

В Центральной Америке появляется Эль Гюсано. Генерал Албондига испытывает биологическое оружие, в результате чего Эль Гюсано растёт и крепнет, а Годзилла оказывается отравлен. Крэйвену удаётся излечить Годзиллу, который в свою очередь побеждает Эль Гюсано.

Бывший одноклассник Нико Камерон Винтер создаёт и тестирует насекомообразных киборгов и контроллеры нервной системы. В качестве прикрытия он предлагает Нико работу. Кибер-Осы помещают контролер Годзилле в ушную раковину и Винтер получает полный контроль над мозгом Годзиллы. Камерон направляет Годзиллу на базу подводных лодок. Однако H.E.A.T. удаётся разрушить планы Камерона.

В результате исследований в области нанотехнологий появляется существо бактериального происхождения, питающееся продуктами нефтяного происхождения. Пожирая всё больше и больше нефти нанотехническое существо растёт и начинает угражать экологии Манхэттена. H.E.A.T. и Годзилла находят способ с ним бороться.

В Нью-Йорке появляются гигантские крысы. Дэйл, Билл и Хэнк прибывают в Нью-Йорк и решают поохотиться на мутантов, но в результате они вместе с Одри, Энималом и H.E.A.T. оказываются в логове крыс. Части H.E.A.T. удаётся выбраться. Годзилла начинает защищать свою охотничью территорию и прорывает тоннель к бухте, в результате чего гигантские грызуны оказываются под водой.

На Манхэттене начинает странным появляться и исчезать странное существо — Крэсклер. Годзилла оказывается малоэффективным в борьбе с ним, а атомный луч делает Крэсклера только сильнее. H.E.A.T. выясняют, что оно связано с человеком по имени Сидней Вэлкер. В результате сильных стрессов во сне он подсознательно вызывает монстра и направляет его в те места, которые связаны с его стрессами. Элси и Рэнди проникают в центр, где обнаруживают находящегося в коме Вэлкера, заставляют его очнуться и дать выход стрессу наружу, в результате чего монстр исчезает.

Ксенобиолог Александр Прелорэн обнаруживает на дне океана древний космический корабль Тахионов и пропадает. H.E.A.T. снаряжает экспедицию. Они сталкиваются с криптоклидами и рептилианцами, охраняющими корабль. Они сталкиваются с Тахионами, желающими подать сигнал на родную планету для начала вторжения. Благодаря Крэйвену героям удаётся вырваться с корабля. Корабль был уничтожен. Годзилла расправляется с криптоклидами. Но двое Тахионов проникают в тела ксенобиологов и выживают.

H.E.A.T. прибывают в джунгли Санта Марты, где проявляются плотоядные растения и гигантские пчёлы, которые создают улей. Годзилла вступает в битву с Королевой пчёл. Однако начинается извержение вулкана, и герои пытаются спастись.

В Мексике в древней пирамиде, построенной ацтеками пробуждается огнедышащее чудовище Кветцалкотла. H.E.A.T. помогает Колен — орнитолог и бывший жених Элси. Кетцалькоатль защищает своё гнездо. Однако Годзилле удаётся справиться с Кветцалкотлем и его птенцами.

H.E.A.T. отправляется в Шотландию к озеру Лох-Несс, где разбушевался легендарное чудовище. Годзилла противостоит Лох-Несскому чудовищу. Оказывается, что виной всему оказывается доктор Хай Тейлор, похитивший детёныша монстра. Но Годзилла освобождает детёныша, который вместе с родителем уходит обратно в глубины острова.

Команда отправляется Нигерию, где появляется гигантская летучая мышь. Тем временем выжившие Тахионы оборудуют «точку Омега», созданную для контролирования мутантов, что входит в их планы по захвату Земли.

Пришельцы обосновались на острове Del Diablo в тихом океане. Они собирают армию из зомбированных солдат майора Хикса и монстров для разрушения крупных населённых пунктов. В армию входят Гигантская летучая мышь, Си-Рекс, Гигантская крыса, Эль Гюсано, Королева пчёл, Королевская Кобра, Кибер-Зилла и Годзилла. Также им удаётся похитить Элси и отправить сигнал о начале вторжения на родную планету. Тем временем герои проникают на остров…

Космические корабли Тахионов вторгаются на Землю и убивают мутантов. Тахионы Элси удаётся узнать тайны пришельцев. Летучая мышь выходит из под контроля и уничтожает корабли пришельцев, а Годзилла расправляется с Кибер-Зиллой. С пришельцами покончено. Уцелевших мутантов переправляют на остров на остров Del Diablo, где создаётся институт по их изучению.

В Японии появляется гигантская Королевская Кобра. Японские учёные тестируют Робо-Йети. Годзиллу ослепил яд Кобры, в связи с чем ему придётся объединить силы с Йети.

H.E.A.T. вместе с другой исследовательской группой отправляются в Антарктиду для исследования Ледяных Грызунов. Однако им приходится сражаться не только с чудовищами, но и с ещё одной враждебно настроенной группой…

Годзилла в ярости. Отношения Одри и Нико на грани разрыва. Помимо того героям предстоит отправиться в джунгли Амазонии, где находится колония гигантских термитов. H.E.A.T. придётся противостоять насекомым прежде, чем те уничтожат лес…

Секретную базу на Канарах атакуют пауки. Пока H.E.A.T. ищет оружие, пауков становится больше. Оказывается, что за нашествием стоит гигантская самка, воспроизводящая всё новых и новых особей. Также в происходящее неожиданно вмешивается Годзилла.

Камерон Винтер скрестил клетки Годзиллы и хамелеона, в результате чего создал ужасное подобие Годзиллы, способное менять цвет. Первым делом Винтер планирует с помощью хамелеона уничтожить Годзиллу, но на его пути снова встаём H.E.A.T., а также французское сопротивление…

В амазонских джунглях обнаружена лаборатория, в которой находится результат биологических экспериментов — разумная субстанция, способная принимать форму различных изученных живых существ, в том числе и членов команды H.E.A.T.. Теперь команде Ника Таттопулоуса придётся не только противостоять разнообразным чудовищам, но и пытаться разобраться кто из них «поддельный»…