Después de que el Godzilla original es asesinado en la ciudad de Nueva York, el Dr. Nick Tatopoulos insiste en que los militares registren el Madison Square Garden en busca de posibles huevos restantes. De hecho, ha quedado un huevo, inexplicablemente puesto en un área diferente del resto del edificio demolido, y eclosiona.

Después de creer que el nuevo Godzilla ha sido destruido por los militares, Nick convence a su nuevo H.E.A.T. organización para permanecer juntos con el fin de investigar las otras criaturas mutadas que él espera que aparezcan en todo el mundo, y están de acuerdo, comenzando sus investigaciones con misteriosas desapariciones de barcos en Jamaica.

H.E.A.T. viaja a América Central para investigar su último avistamiento de criaturas y se encuentran con un peligroso monstruo subterráneo que se parece a un enorme híbrido de una lombriz de tierra y una babosa.

Nick es contactado por Cameron Winter, un viejo compañero de la universidad, con una oferta de contratación de H.E.A.T. Supuestamente con este fin, Winter atrae a Randy para que plante un dispositivo experimental operado por computadora en Godzilla que, sin que Randy y el resto de H.E.A.T. lo desconozcan, en realidad tiene el propósito de controlar a Godzilla.

Se crea una nueva forma de microorganismo, diseñada mediante ingeniería genética para consumir derrames de petróleo y otros contaminantes creados por el hombre en la ciudad de Nueva York, pero muta y se convierte en una enorme masa de protoplasma en constante crecimiento que devora todo a su paso.

Una colonia de enormes ratas mutantes aparece en escena, causando estragos en la metrópolis en expansión por la noche. Pronto, el problema se intensifica cuando aparece Godzilla y comienza a atacar a las ratas en defensa de su territorio, causando así más destrucción a la ciudad.

Un poderoso monstruo gigante que posee la capacidad de descargar rayos crepitantes de energía eléctrica destructiva aparece repentinamente en medio de la ciudad de Nueva York y comienza a causar estragos, solo para desaparecer misteriosamente en medio de un ataque.

Nick y H.E.A.T. se adentra en las profundidades del mar para investigar la misteriosa desaparición del destacado científico Dr. Alexander Preloran y su propio equipo de investigación, y allí H.E.A.T. descubre una nave espacial oculta que pertenece a una raza de alienígenas no humanoides hostiles y avanzados que esperan conquistar la Tierra con la ayuda de un monstruo gigante mascota.

H.E.A.T. viaja a una isla en el curso de una de sus investigaciones de criaturas, y no solo encuentra plantas carnívoras mutadas, que atacan a los animales grandes, incluidos los seres humanos, sino que también descubre que la isla está gobernada por un enjambre de abejas gigantes, todo bajo el dirección de una reina ultra enorme. El mismo Godzilla se enfrenta a la reina, mientras H.E.A.T diseña la destrucción de la isla para proteger al mundo exterior de la amenaza de las abejas gigantes, y tanto Godzilla como H.E.A.T. escapar de la isla justo a tiempo.

México está bajo el asedio de una bestia mutada que se parece a un lagarto alado gigante, que se llama Quetzalcóatl en honor a la deidad mitológica azteca a la que también se parece [por coincidencia, por supuesto]. H.E.A.T. investiga y descubre que la bestia voladora está protegiendo un nido cuyos huevos están a punto de eclosionar, creando así la amenaza de numerosas criaturas que aterrorizan al planeta.

H.E.A.T. viaja al Lago Ness, en Escocia, para buscar a (¿Qué más?) Nessie, el famoso Monstruo del Lago Ness en persona. Esto se debe a que el famoso Monstruo del Lago Ness ha abandonado su habitual timidez para atacar inexplicablemente un instituto científico escocés.

Los alienígenas finalmente lanzan un asalto a la Tierra, utilizando un poderoso dispositivo para dejar a todos los monstruos de la Tierra bajo su control, incluso el Godzilla original regresa de la tumba, ahora un cyborg parcial, ¿puede el Godzilla actual atreverse a atacar a su "Madre", o se volverá contra el equipo?

Durante la búsqueda del murciélago, H.E.A.T. descubre que muchas de las mutaciones anteriores contra las que lucharon ellos y Godzilla siguen vivas, y que ahora han reaparecido como resultado de que los alienígenas han tomado el control de cada una de las criaturas como parte de su plan para conquistar el planeta. Los alienígenas pronto tienen a todas las mutaciones bajo su control, incluido Godzilla, y utilizan a los kaiju, respaldados por varias naves alienígenas merodeadoras, para someter a la humanidad atacando las principales ciudades del mundo.

H.E.A.T. llega a Japón [¡por fin!] en el transcurso de una de sus investigaciones, para encontrarse con lo que parece ser un simio gigantesco, que procede a amenazar al equipo. Godzilla es llamado para defenderlos, y durante la batalla se descubre que el kaiju antropoide es en realidad un robot gigante (probablemente inspirado en el Mechani-Kong de la película de Toho King Kong Escapes) diseñado y controlado por científicos japoneses, en particular la ingeniera maestra Dra. Ifukube, como defensa especial contra la epidemia de mutaciones gigantes que asolan la nación isleña, y que simplemente intentaba ahuyentar al equipo H. E.A.T. por razones de competencia nacionalista [ah, hay que adorar lo que el concepto de nacionalismo hace por el espíritu de cooperación entre la humanidad; *se oye otro "¡ggggrrr, por favor, ahórranos tus elucubraciones, Chris!" de todos los visitantes conservadores y "moderados" de mi sitio*].

Otro equipo de investigación científica desaparece, esta vez en el Polo Sur [¡vaya, estos equipos de investigación son un auténtico coñazo, pero qué harían las series y películas de ciencia ficción y terror sin ellos!], y una vez más, el H.E.A.T. se desplaza hasta allí para investigar, sospechando de nuevo un problema de criaturas [¡piensa en todo el trabajo que se perdería el H.E.A.T. si no fuera por los equipos de investigación que desaparecen!]

Tatopoulos descubre que Godzilla está sufriendo cambios inusuales, haciéndose físicamente más pequeño, y también actuando de forma más desagradable y menos sujeta a su control. Al investigar más a fondo, descubre que el origen puede estar relacionado con los informes sobre termitas mutantes gigantes en la selva amazónica. Al viajar allí, Randy inventa un dispositivo que emite señales de audio de una frecuencia específica, lo que crea una confusión masiva entre la colonia de termitas. Como resultado, Godzilla vuelve a la normalidad.

En otra investigación en el Caribe [¡los beneficios adicionales de trabajar para ese equipo son excelentes!], H.E.A.T. descubre un nido de enormes arañas mutantes, controladas por una única araña mucho más grande que el resto [esto es inusual, ya que las arañas son organismos independientes y no viven en colmenas o colonias como hacen varios insectos, como las abejas y las hormigas, y por tanto no están gobernadas por una "reina", hecho que también fue ignorado por la película sobre la paranoia de las arañas Aracnofobia]. Mientras Godzilla lucha contra la enorme araña "maestra" (posiblemente inspirada en Spiega), el peligro llega cuando Craven utiliza un nuevo (y ridículo) dispositivo diseñado para permitirle "comunicarse" con Godzilla, que en realidad tiene el peligroso (y embarazoso) resultado de hacer que Godzilla se retire, dejando así la isla y el equipo H.E.A.T. una vez más a merced de la infestación de arañas.

Cuando parece que Godzilla se ha vuelto salvaje, y ahora está atacando la ciudad de Nueva York de la misma manera que lo hizo su predecesor (en la película Godzilla de Centrópolis), el comandante Hicks es llamado una vez más para destruir al Rey Kaiju.

Un extraño objeto desciende del espacio exterior y se fusiona con el camión de control remoto de un niño. El objeto resulta ser un ser que, de alguna manera, puede asimilar la maquinaria tecnológica en su interior, adoptando así los atributos de dicha tecnología. De este modo, la entidad se vuelve progresivamente más grande y poderosa, por lo que se le denomina Juggernaut [¡no confundir con Cain Marko!].

Monique se entera por el comandante Hicks de que se ha creado una nueva y extraña forma de vida mediante ingeniería genética y que se ha dejado abandonada en un viejo laboratorio de Brasil. Convence a sus aliados del H.E.A.T. para que vayan a investigar, y pronto descubren que la criatura es en realidad una bestia que absorbe el ADN, conocida como el Mímico, que puede, como su nombre indica, adoptar los atributos físicos y de comportamiento exactos de cualquier criatura viva con la que entre en contacto. Así, el Mímico imita la apariencia de todos los miembros del H.E.A.T. por turnos, y la paranoia reina, ya que todos los miembros del grupo deben desconfiar continuamente de los demás mientras buscan una forma de destruir a la criatura, ya que nadie puede ser quien parece ser. Finalmente, el Mímico imita el tamaño, la apariencia y el poder de Godzilla [¡tanto para la ley de conservación de la masa!], y los dos Grandes G se enfrentan, luchando entre sí hasta el punto de que se paralizan.